1 / 9

Ons onderzoek

Ons onderzoek. Waarom bioinformatica ?. Wat is onze onderzoeksvraag?. Hoe verschilt de aanwezigheid van cyanobacteriën en Escherichia coli op verschillende plaatsen en tijden in de Waal?. Roos  biologisch/ medisch Inge  technisch. Ons onderzoek.

mayten
Download Presentation

Ons onderzoek

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Ons onderzoek Waarom bioinformatica? Wat is onze onderzoeksvraag? Hoe verschilt de aanwezigheid van cyanobacteriën en Escherichiacoli op verschillende plaatsen en tijden in de Waal? Roos  biologisch/ medisch Inge  technisch

  2. Ons onderzoek Hoe zijn we op deze onderzoeksvraag gekomen? Een aantal ideeën • Hoe zijn de vissen genetisch aangepast aan de vervuiling in de waal? • Huisplanten/ landplanten sterven bij een overvloed aan water, waterplanten echter niet. Wat is het gen dat dit mogelijk maakt is dit een algemeen gen voor alle waterplanten Soortenanalyse Overstroming riolen in Groesbeek

  3. Hoe gaan we dat onderzoeken? Watersamples nemen Het protocol voor het nemen van de samples voeg meteen 1.5 ml NaAc 3M toe verzamel 15 ml water (in een falcontube) voeg 33 ml pure ethanol toe vries in (-20C) • 3 keer over 4 maanden • 28 juni 2012 • 5 september 2012 • 22 oktober 2012 • 3 verschillende plekken in de Waal • Tussen de stenen • Aan het strandje • In de stroming

  4. Hoe gaan we dat onderzoeken? Sequenced(leve DNA Leiden) op 16s rRNA met behulp van de ion torrent De resultaten werden ingestuurd naar MG-rast opzoek naar E. coli en cyanobacteriën in de resultaten.

  5. Resultaten Mg-rast

  6. Onze ervaring Wat hebben we geleerd? Waar liepen we tegenaan? Soorten-/ functieanalyse Sequencen duurde langer dan verwacht DNA-kennis • Werking van onderzoek • Beter overzicht van DNA • Metagenomics/ genomen • Hoe gaat een DNA-analyse precies in zijn werk.

  7. Onze ervaring Wat was het leukst? Wat was bijzonder? Het RNA uit onze zelf genomen samples bekijken • Het veldwerk

More Related