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La Química y las Supercomputadoras

La Química y las Supercomputadoras. Dr. Jorge Garza Olguín Coordinador del Laboratorio de Supercómputo y Visualización en Paralelo. Universidad Autónoma Metropolitana - Iztapalapa. Industria Farmacéutica. Biomoléculas. Partes de una computadora:. * Monitor. * Teclado. * CPU.

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Presentation Transcript

  1. La Química y las Supercomputadoras Dr. Jorge Garza Olguín Coordinador del Laboratorio de Supercómputo y Visualización en Paralelo Universidad Autónoma Metropolitana - Iztapalapa

  2. Industria Farmacéutica

  3. Biomoléculas

  4. Partes de una computadora: * Monitor * Teclado * CPU - Memoria RAM - Memoria en Disco Duro - Procesador

  5. Cómputo de Alto Rendimiento (HPC) • Procesadores trabajando todo el tiempo. • Sistema disponible en cualquier momento. • Sistema operativo estable. • Trabajos con una larga duración. • Trabajos que requieren varios procesadores. • Muchas operaciones con enteros y números de punto flotante.

  6. R A M P P P P P Sistemas de Memoria Compartida 18 Procesadores R10000

  7. R R R R R R A M P P P P P Sistemas de Memoria Distribuida CM5 (Thinking Machine) 32 Procesadores

  8. Cúmulos de PCs Nodo Maestro Nodos Esclavos

  9. Diferente conectividad Diferentes tipos de cúmulos * Tareas no concurrentes * Tareas concurrentes Técnicas de Programación * PVM * MPI

  10. Filosofía de programación con MPI Maestro Paso de Mensaje Paso de mensaje: Terminación de tareas, paso de datos

  11. Dentro de un programa se puede paralelizar solamente una parte Empieza programa ... Empieza MPI ... Termina MPI ... Final del programa

  12. En todos los nodos se ejecuta el mismo programa Cada nodo está etiquetado cuando transcurre el proceso Ancho de Banda y Latencia

  13. TCP/IP > 1000 Mb/s Diferentes tipos de conectividad * Fast Ethernet (10-100 Mb/s) * Gigabit Ethernet ( > 1000 Mb/s) * Giganet * Myrinet * Quadrics

  14. 20 nodos duales Pentium III * 1 GHz * 1 Gb RAM 1 Switch Giganet con 32 Puertos 1.25 Gb/s 24 Tarjetas de red cLAN Giganet Primer Cúmulo en la UAMI (2000): Presupuesto: $71,000.00 USD

  15. Software: * SO/LINUX * GNU compilers * NWChem * Gaussian 98 * DFT++

  16. CO3= HF/aug-cc-pVTZ (220 basis set functions)

  17. Dipéptido de Alanina MP2/6-311G** 252 funciones de base 8 procesadores SP2: 7000 s/iter Izta: 5300 s/iter

  18. Cúmulo de Xeones (2003) * 32 Procesadores Xeon a 2.8 GHz Conectadocon un swicth Gigabit Ethernet * 64 Procesadores Xeon a 2.8 GHz Conectados con un switch Myrinet

  19. * Cúmulo de G5 (2004) 12 procesadores G5 * Cúmulo de Itanium (2004) 12 procesadores Itanium 2

  20. PIII X-I X-II It2 G5 Master Node GRID SGI

  21. Control de trabajos • Open PBS • Filas • Recursos • MAUI • Despachador de recursos

  22. Directorio Dr. Tomás Viveros Dr. Jorge Garza jgo@xanum.uam.mx Dr. Andrés Cedillo cedillo@xanum.uam.mx Dr. Enrique Díaz diaz@xanum.uam.mx Ing. Juan Carlos Rosas jcarlos@xanum.uam.mx

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