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ICB –USP Disciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias Jaques Franco

Plataforma SOLiD. ICB –USP Disciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias Jaques Franco . Carvalho e t a l ,2010. Andreonte ,2011. Roche -454. Illumina- Solexa. ABI- SOLiD. c. c. ATGTCGTGCTGCCGAGCGGAGGTGAATGAGCCAGTAACTCCCAGCTCCGCTTCATCATTGGAGTCTGACG.

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Presentation Transcript

  1. Plataforma SOLiD ICB –USP Disciplina: Bioinformática Aplicada ao Estudo de Doenças Parasitárias Jaques Franco

  2. Carvalho et al ,2010

  3. Andreonte ,2011.

  4. Roche-454 Illumina-Solexa ABI-SOLiD c c • ATGTCGTGCTGCCGAGCGGAGGTGAATGAGCCAGTAACTCCCAGCTCCGCTTCATCATTGGAGTCTGACG • T012301123321023021123021001232332 Base -code Color-code

  5. SOLiD 4 SOLiD 5500

  6. Reação é catalisada por uma DNA ligase

  7. Nesse método os fragmentos de DNA são gerados e ligados aos adaptadores P1 e P2 que se ligam especificamente a uma microesfera

  8. Ciclo de hibridização a cada 35pb

  9. Saída do Sequenciador Os arquivos que representam as sequências obtidas estão no formato “csfasta”. Valor da qualidade associada a cada transição de base das sequências lidas estão no formato “qual”.

  10. Pipeline De novo Éum conjunto de softwares utilizados para montagens de genomas onde não se conhece a referência, ele faz a montagem dos “reads” e gera sequências maiores como contigs e scaffolds.

  11. Limitações 1.Leituras curtas de 35 pares de bases 2. Regiões repetitivas 3. Construção de bibliotecas 4. Custo das máquinas 5. Erros de montagem 6. Processamento, análise e interpretação de dados 8. DNA barcode

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