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1. « Abondance et diversité de la vie microbienne dans la croûte océanique »Ashworth Eloïse et Cohen Mishal09/12/2010 Abundance and diversity of microbial life in oceancrustCara M. Santelli, Beth N. Orcutt, Erin Banning, Wolfgang Bach, Craig L. Moyer, Mitchell L. Sogin, Hubert Staudigel & Katrina J. Edwards http://simone95svt.free.fr/sorties/2009/Alpes/photos/Chenaillet/Chenaillet09bT.jpg

2. Basalte: Formation à partir du refroidissement rapide du magma au contact de l'eau. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux Formation en coussin du basalte de la Dorsale Est Pacifique Principal composant de la couche supérieure de la croûte océanique. D’après Santelli et al., 2008 (modifié)

3. Surfaces de la roche volcanique = verre volcanique (composant réactif). Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux Verre basaltique avant oxydation Verre basaltique altéré après oxydation D’après Santelli et al., 2008 (modifié)

4. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux But :Évaluer l’abondance, la richesse et la diversité phylogénétique procaryotique de la Dorsale Est Pacifique non sédimentée.

5. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux Echantillonnages : • R/V Atlantis (ROV Alvin): 5 échantillons de lave basaltique sur laDorsal Est Pacifique (DEP) • Ka’imikai-o-Kanaloa (ROV Pisces V): 4 échantillons de lave basaltique autour d’Hawaï. Navires de recherche scientifique et submersibles Source: http://www.mbari.org

6. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux Carte des sites d’échantillonnages D’après Santelli et al., 2008 (modifié)

7. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux Extraction et séquençage d’ADN : • Amplification de la région 16S ARNr (banque de gènes) Analyses Phylogénétiques : • Séquençage et matrice de distance • Richesse: Indice Chao 1 et analyses de raréfaction PCR quantitative: • Quantifier les copies de gènes CARD-FISH : • Hybridation

8. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux Bactéries Archées Bactéries + Archées Micrographies de cellules hybridées sur le basalte (CARD-FISH) D’après Santelli et al., 2008 (modifié)

9. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux Richesse bactérienne provenant de différents habitats et environnements étudiés (méthode de raréfaction) D’après Santelli et al., 2008 (modifié)

10. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux Diagramme de Venn représentant la richesse d’UTOs estimée et partagée entre les communautés basaltiques de la DEP et d’Hawaï (Chao 1) D’après Santelli et al., 2008 (modifié)

11. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux Diagramme de distribution des groupes taxonomiques identifiés dans différents environnements océaniques D’après Santelli et al., 2008 (modifié)

12. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux Quelles sources énergétiques approvisionnent cette biosphère? 1er Cas: DOM Croissance des microorganismes chimiolithoautotro- phes H Mn+ DOM H2S CH4 CO2 He Cu Li Ba Fe+ H H Mn+ Mn+ Fe+ H Energie pour l’hétérotrophie H Fe+ Réactions de réduction DOM SOURCES HYDROTHERMALES Lave Basaltique Conditions Anaérobiques

13. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux 2ème Cas: Réactions d’altération du basalte Augmentation de la biomasse procaryotique Études en laboratoires Diversité phylogénétique et nature unique du biotope basaltique Création de micro-environnements Développement de voies métaboliques

14. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux • Organisation et contenu de l’article: • Matériel et méthodes: résumé et détaillé. • Certaines figures peu claires (légendes : supplément). • Bonne remise en question des résultats + précision lorsqu’il y a des sous-estimations.

15. Contexte Matériel et méthodes Résultats et discussion Critiques Autres travaux

16. MERCI À : Ms. Katrina J. Edwards, University of Southern California Photo: Philip Channing Mme Carole Borchiellini, Centre d'Océanologie de Marseille Photo: https://www.com.univ-mrs.fr Mr Pierre Chevaldonné, Centre d'Océanologie de Marseille Photo: https://www.com.univ-mrs.fr

17. Bibliographie Articles scientifiques : Fry J.C., Parkes R.J., Cragg B.A., Weightman A.J., Webster G. (2008) Prokaryotic biodiversity and activity in the deep subseafloor biosphere. FEMS Microbiology Ecology 66 : 181-196. Lysnes K., Thorseth I. H., Steinsbu B. O., Øvreås L., Torsvik T., Pedersen R. B. (2004) Microbial community diversity in seafloor basalt from the Arctic spreading ridges. FEMS Microbiology Ecology 50: 213–230. Mason Olivia U., Di Meo-Savoie Carol A., Van Nostrand Joy D., Zhou Jizhong, Fisk Martin R., Giovannoni Stephen J. (2009) Prokaryotic diversity, distribution, and insights into their role in biogeochemical cycling in marine basalts. The ISME Journal 3 : 231–242. Orcutt Beth N., Bailey Brad, Staudigel Hubert, Tebo Bradley M., Edwards Katrina J. (2009) An interlaboratory comparison of 16S rRNA gene-based terminal restriction fragment length polymorphism and sequencing methods for assessing microbial diversity of seafloor basalts. Environmental Microbiology 11: 1728–1735. Santelli Cara M., Edgcomb Virginia P., Bach Wolfgang, Edwards Katrina J. (2009) The diversity and abundance of bacteria inhabiting seafloor lavas positively correlate with rock alteration. Environmental Microbiology 11 : 86-98. Santelli Cara M., Orcutt Beth N., Banning Erin, Bach Wolfgang, Moyer Craig L., Sogin Mitchell L., Staudigel Hubert et Edwards Katrina J. (2008) Abundance and diversity of microbial life in ocean crust. Nature 453 : 653-656.

18. Bibliographie • Ouvrage: Pomerol Charles, Renard Maurice (1995) Eléments de géologie. Armand Colin Editeur, Paris. • Sites Internet: LAROSA Maxime. Les fumeurs noirs[en ligne]. <http://spidermax.free.fr/les%20fumeurs%20noirs/conditions/conditions.htm>. 03/11/2010. Schémas de la formation de la lithosphère océanique [en ligne]. <http://static0.intellego.fr/uploads/1/1/1163/media/DIJON%20SCHEMAS/FORMATION%20LITHOSPHERE%20OCEANIQUE.gif>. 03/11/2010. Woods Hole Oceanographic Institution. Submersible Alvin and Research Vessel Atlantis[en ligne]. < http://www.whoi.edu/page.do?pid=49486 >. 11/11/2010.

19. Merci pour votre attention!