Miriam Böhm
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Miriam Böhm Anne Weiland. Was sind Protein-Protein- Interaktionen?. Protein-Protein-Interaktionen beziehen sich auf die Assoziation von Proteinmolekülen und das Studium dieser Assoziationen die Interaktion zwischen Proteinen ist sehr wichtig für biologische Funktionen

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Presentation Transcript
Miriam b hm anne weiland

Miriam Böhm

Anne Weiland


Miriam b hm anne weiland

Was sind Protein-Protein- Interaktionen?

  • Protein-Protein-Interaktionen beziehen sich auf die Assoziation von Proteinmolekülen und das Studium dieser Assoziationen

  • die Interaktion zwischen Proteinen ist sehr wichtig für biologische Funktionen

  • beispielsweise wird ein Signal außerhalb der Zelle in die Zelle über Protein-Protein-Wechselwirkungen der Signalmoleküle weitergeleitet

  • Bsp.: G-Proteine

  • BioGRID: Biological General Repository for Interaction Datasets

  • beinhaltet Interaktion zwischen Proteinen


Miriam b hm anne weiland

  • The Samuel Lunenfeld Research Institute of Mount Sinai Hospital,Toronto

  • Link zu dieser Seite: http://www.mshri.on.ca/

  • erste veröffentlichte Ausgabe im Juli 2002, zu der Zeit unter dem Namen The GRID bekannt

  • Protein Interaktionen, welche durch high-troughput- Verfahren (HTP), wie two-hybrid oder massenspektrometrisch in der Hefe Saccharomyces cerevisiae entdeckt wurden

  • ursprünglich für den Gebrauch im Labor gedacht um Interaktionsdaten, die durch HTP gewonnen werden, zu verwalten


Miriam b hm anne weiland

  • heute sind weitere Spezies vertreten:

  • Caenorhabditis elegans Drosophila melanogaster

    • Homo sapiens

    • Arabidopsis thaliana Bos taurus Canis familiaris Danio rerio Mus musculus Rattus norvegicus Schizosaccharomyces pombe Takifugu rubripes Xenopus laevis

  • frei zugängliche Datenbank, Daten frei downloadbar als tab- delimited text-file oder im PSI-MI XML Format



  • Miriam b hm anne weiland

    Identifier, mit denen Proteininteraktionen in BioGRID gesucht werden können:

    HPRD ID: 05100

    LocusID: NM_006572

    Entrez-Gene ID: 10672

    SwissProt: Q 14344

    Uniprot: Q 14344PIR: I57490RefSeq: NM_006572

    MIM: 604406HGNC: 4381

    Wormbase: -

    Flybase ID: - RATMAP: -

    NCBI CDNA AccessionNCBI CDNA GINCBI Protein AccessionNCBI Protein GIMGDRGDZFIN

    TremblSGD ID

    NREF


    Miriam b hm anne weiland

    PSI-MI XML Format gesucht werden können:

    • PSI: Proteomics Standard Initiative

    • MI: molecular interaction

    • PSI beabsichtigt, einen gemeinschaftlichen Standard für die Repräsentation von Daten in der Proteomik zu definieren, um das Verständis, den Vergleich und den Austausch der Daten zu erleichtern


    Miriam b hm anne weiland

    ... gesucht werden können:


    Miriam b hm anne weiland

    Änderungen in den Bereichen: gesucht werden können:

    • experiment Description

    • interaction

    • protein Interactor

    • protein Participant

    • interactor

    • participant

    • feature

    • feature Range

    • Administrative changes

    PSI-MI XML Version 2.5 vs. PSI-MI XML Version 1

    mehr dazu unter dem Link: http://www.psidev.info/index.php?q=node/31



    Miriam b hm anne weiland

    BioGRID Links gesucht werden können:

    • Arabidopsis Information Resource

    • BioPIXIE

    • Database of Interacting Proteins

    • Entrez-Gene

    • Flybase

    • Gene DB

    • Gene Ontology

    • Germ Online

    • Hugo Gene Nomenclature Committee

    • Human Protein Reference Database

    • IntAct Project

    • MIPS: MPact

    • Molecular Interactions Database

    • Mount Sinai Hospital

    • Mouse Genome Informatics

    • MySQL

    • Osprey Network Visualization System

    • PHP

    • Proteomics Standards Initiative

    • Pubmed

    • Rat Genome Database

    • RatMap

    • Saccharomyces Genome Database

    • Samuel Lunenfeld Research Institute

    • Sun Microsystems

    • Swiss-Prot / TrEMBL

    • SystemsX

    • The International Molecular Exchange Consortium (IMEx)

    • WormBase

    • Zebrafish Information Network


    Verwendung
    Verwendung gesucht werden können:

    • ermöglicht die Suche nach Interaktionen eines Proteins/Gens mit anderen

    • sehr spezielles Einsatzgebiet

    • Protein/Gen sollte gut bekannt sein

    • Verlinkung mit anderen Datenbanken


    Ursprung der daten
    Ursprung der Daten gesucht werden können:

    1) HTP-Verfahren

    • hohe Anzahl von Interaktionen erkannt

    • fehlerbehaftet

    • Grundlage zur Weiterarbeit

      2) aus der Primärliteratur

    • oft wenige Interaktionen pro Publikation

    • hohe Genauigkeit der Daten


    Ursprung der daten1
    Ursprung der Daten gesucht werden können:

    • z.B. Proteindaten von Saccharomyces cerevisiae


    Beispiel
    Beispiel gesucht werden können:

    • GNA13: codiert eine alpha-Untereinheit eines menschlichen G-Proteins

    www.thebiogrid.org


    Ausblick
    Ausblick gesucht werden können:

    • mehr Modellorganismen

    • artübergreifende Vorhersagen

    • BLAST-basierte Alignment-Suche

    • Vereinfachung der Installation lokaler Versionen

    • Regulation des Einlesens von LC Daten

    • bessere Visualisierung


    Quellen
    Quellen gesucht werden können:

    - http://www.thebiogrid.org/

    - http://psidev.sourceforge.net/mi/xml/doc/user/

    - http://www.psidev.info/index.php?q=node/60

    - http://www.informatik.uni- rostock.de/~lin/WinterSim2006/Talks/Kerrien.pdf

    - http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index

    - http://de.wikipedia.org/

    - BioGRID: a general repository for interaction datasets, C. Stark et al.; Nucleic Acids Res, 34 (Database issue): D535-9, 2005

    - The GRID: the General Repository for Interaction Datasets. Breitkreutz et al.; Genome Biol, 4 (3): R23, 2003