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Initiation à Pubmed. Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé. Plan de l’exposé. 1. La base de données Medline 1.1. Vue d’ensemble 1.2. Accès 2. Recherche dans PubMed 2.1. Recherche simple : avantages et inconvénients 2.2. Recherche avancée : avantages et inconvénients

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initiation pubmed

Initiation à Pubmed

Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé

plan de l expos
Plan de l’exposé
  • 1. La base de données Medline
    • 1.1. Vue d’ensemble
    • 1.2. Accès
  • 2. Recherche dans PubMed
    • 2.1. Recherche simple : avantages et inconvénients
    • 2.2. Recherche avancée : avantages et inconvénients
    • 2.3. Le MeSH
    • 2.4. Construire une équation de recherche
    • 2.5. Outils PubMed (détails, limites, historique, …)
  • 3. Exploitation des résultats
    • 3.1. Les formats de visualisation
    • 3.2. Envoyer…
    • 3.3. Open access / accès aux articles
    • 3.4. Veille (RSS)
1 vue d ensemble de medline
1. Vue d’ensemble de Medline

MEDLINE = MedicalLiteratureAnalysis and Retrieval System)  Système de recherche et d’analyse de la littérature médicale

Base de données bibliographique commencée en 1949 jusqu’à nos jours

Informatisée en 1972, catalogage rétrospectif 1949-1972

Contient plus de 19,5 millions de fiches (màj. 08/02/2010) reprenant approximativement 5.000 périodiques

Couvre les sciences de la vie et l’information biomédicale

Compilé et hébergé par la NLM (NCBI) aux U.S.

1 2 acc s medline
1.2. Accès à Medline
  • Accès via interfaces payantes
    • Exemples : ERL WebSpirs, EBSCO, Dialog,…
    • Relativement coûteux et langage de recherche pas toujours évident à maîtriser
    • Politique commerciale douteuse pour certains
  • Accès via interfaces gratuites
    • Exemples : PubMed, Medsum, GoPubMed, eTBLAST, Medscape, Twease
    • Disponible sur n’importe quel ordinateur relié à internet
    • Facilité de recherche
    • PubMed est le plus connu et le plus employé (il reprend d’autres bases de données également)
2 1 recherche simple dans pubmed
2.1. Recherche simple dans PubMed
  • Avantages
    • Rapidité
    • Ne nécessite pas de connaissances particulières (intuitivité)
    • Pratique si on sait précisément ce que l’on cherche (référence exacte d’un article)
  • Inconvénients
    • Recherche limitée si on ne connaît pas précisément ce qu’on cherche (bibliographie sur un sujet, d’un auteur, etc.)
    • Risque d’erreur facile (mauvaise orthographe, etc.)
    • Peut générer du bruit documentaire oudu silence documentaire (mauvaise recherche, complexité)
d monstration de recherche simple
Démonstration de recherche simple

Exemple :

Je recherche l’article «  Tobacco Control and Free Speech -- An American Dilemma» de Bayer R. et Kelly M. paru dans le New England Journal of Medicinedu 13 janvier 2010.

Se rendre sur la page d’accueil de PubMed(pubmed.com ou pubmed.org sont des raccourcis)

Introduire : - soit totalité ou partie titre exact ;- soit les noms des auteurs ;- soit un mélange des deux (mots du titre et noms d’un ou plusieurs auteurs)  recherche de type « Google »

2 2 recherche avanc e dans pubmed
2.2. Recherche avancée dans PubMed
  • Avantages
    • Permet une recherche très fine, très précise
    • Possibilités de recherche approfondies (bibliographie, etc.)
    • Champs de recherche distincts, clarté des éléments
    • Aide à la saisie (proposant les termes)
    • Passage par le thésaurus MeSH (voir ci-après)
  • Inconvénients
    • Nécessité de connaître les possibilités
    • Nécessité de savoir comment utiliser ces possibilités
    • Est moins intuitive que la recherche simple
d monstration simple de recherche avanc e
Démonstration simple de recherche avancée
  • Recherche de tous les articles de Prignot J. parus depuis 2000 :
    • Cliquer sur Advanced Search
    • Dans le menu déroulant du SearchBuilder, choisirle champ Author
    • Entrer le nom de l’auteur : Prignot J (il existe une aide à la saisie)
    • Cliquer sur le bouton AND
    • Les termes s’ajoutent dans le champ supérieur.
    • Dans le SearchBuilder, choisirle champ Publication Date
    • Entrer les années 2000 à 2010 (ou seulement 2000 ; ‘present’ est mis par défaut)
    • Cliquer sur le bouton AND
    • Cliquer sur le bouton  6 résultats
    • Tous les champs comportent un qui facilite la recherche (« autorités »)
    • On peut ajouter autant de champs que nécessaire en les combinant grâce aux opérateurs booléens
2 3 le mesh
2.3. Le MeSH

Ex : ‘vitamin C’ renvoie à ‘AscorbicAcid’

  • MeSH = MedicalSubjectHeadings
  • Thésaurus
    • Mises à jour et corrections régulières
    • Structure hiérarchisée
    • Recherche automatisée facilitée par l’emploi des synonymes
    • Plus de 25.000 descripteurs
    • Plus de 160.000 entrées
    • Par ordre alphabétique / hiérarchique
  • Traduction en français par l’Inserm : « MeSH bilingue »( http://ist.inserm.fr/mesh/html/mesh.html )Rem. : Ne fonctionne pas au moment de rédiger ce document
2 3 le mesh suite
2.3. Le MeSH (suite)
  • ‘(Topical) Qualifiers’ / ‘(Topical) Subheadings’
    • qualificatifs pour préciser la recherche
    • 83 subheadings
    • Liste 2010 : http://www.nlm.nih.gov/mesh/topsubscope.html
  • Exemple : on recherche des informations sur la mortalité de la maladie d’Alzheimer en relation avec les effets des médicaments.
    • Recherche dans le MeSH en langage naturel: ‘Alzheimer’ Alzheimer’sdiseaseest le terme retenu
    • Ajout des subheadings ‘mortality’ et ‘drugtherapy’
      • 50 résultats
2 4 construire une quation de recherche
2.4. Construire une équation de recherche
  • Méthode « facile »
    • Utiliser les boutons dans la recherche avancée, en combinant les recherches par les boutons AND, OR, NOT
  • Méthode « expert »
    • Utilisation de crochets pour les qualificatifs de champs
    • Utilisation de guillemets pour les expressions
    • Opérateurs booléens AND, OR et NOT
      • AND = ET (restreint la recherche)
      • OR = OU (élargit la recherche)
      • NOT = SAUF (rejette des termes)
    • Troncature gauche/droite : le symbole utilisé est l’astérique *
2 5 outils de pubmed
2.5. Outils de PubMed
  • 2.5.1. Le bouton Clear
    • Permet d’effacer l’équation en cours pour recommencer une nouvelle recherche
  • 2.5.2. Le bouton Preview
    • Affiche un aperçu des résultats, pour vérifier la pertinence de la recherche sans perdre le temps d’affichage.
  • 2.5.3. Les limites
    • Permettent d’affiner la recherche sur les points suivants : date, type d’article, espèce (humains/animaux), langues, genre, âges, etc.
2 5 outils de pubmed suite
2.5. Outils de PubMed (suite)
  • 2.5.4. L’historique
    • Affiche toutes les recherches déjà effectuées et leurs résultats. On peut combiner des recherches (pour ne pas devoir recommencer…) ou relancer une recherche déjà effectuée.
  • 2.5.5. Les détails
    • Affichent un détail de l’équation de recherche et les résultats que cette recherche génère.
    • Le bouton « URL » permet d’enregistrer le lien hypertexte et de le placer dans les favoris, cela peut servir de veille manuelle, en quelque sorte.
2 5 outils de pubmed suite1
2.5. Outils de PubMed (suite)
  • 2.5.6. Les ressources
    • MeshDatabase: consultation du MeSH
    • JournalsDatabase: informations sur les périodiques
    • Single Citation Matcher : trouver les citations d’un article
    • ClinicalQueries: recherche avancée pour cliniciens
    • Topic-SpecificQueries: recherches spécifiques pour cliniciens et chercheurs dans le domaine de la santé
3 1 les formats de visualisation
3.1. Les formats de visualisation

En anglais « Display Settings ».

Ce sont des options d’affichage des résultats de la recherche. Il y a 3 types d’options :

  • Le format
  • Le nombre de résultats par page
  • Le tri
3 1 les formats de visualisation suite
3.1. Les formats de visualisation (suite)

3.1.1. Les formats

Summary : le format par défaut : références de l’article en HTML avec lien vers l’abstract.

Summary (text) : idem que Summary mais au format texte uniquement, sans liens html. Assez rébarbatif…

Abstract : idem que Summary, avec l’abstract et des liens supplémentaires.

Abstract (text) : idem que Abstract mais au format texte uniquement, sans liens html. Même remarque…Rem : Les formats texte sont parfois utiles pour l’export vers certains logiciels.

3 1 les formats de visualisation suite1
3.1. Les formats de visualisation (suite)

3.1.1. Les formats (suite)

MEDLINE : le format le plus complet, similaire à une fiche au format MARC, avec les codes de champs spécifiques à PubMed.

XML : format balisé XML

PMID List : simple liste des numéros de référence des articles , au format texte.PMID = PubMedIDentification, qui équivaut au numéro d’inventaire de chaque notice.

3 1 les formats de visualisation suite2
3.1. Les formats de visualisation (suite)

3.1.2. Le nombre de résultats par page

Vous pouvez choisir le nombre de résultats à afficher par page : 5, 10, 20, 50, 100, 200 résultats.

3.1.3. Le tri

Recentlyadded: tri par derniers ajouts dans PubMed

Pub Date : tri par date de publication

First / Last author: tri par premier / dernier auteur

Journal: tri par périodique

Title: tri par titre

3 2 envoyer les r sultats
3.2. Envoyer les résultats

3.2.1. File : en tant que fichier

- Summary (text) : fichier texte reprenant les références des articles

- Abstract (text) : fichier texte reprenant les abstracts des articles

- MEDLINE : fiches bibliogaphiques, comparables au MARC (très complet)

- XML : fichier balisé en XML

- PMID List : uniquement liste des numéros de référence des articles (PubMed I.D.)

Un tri est possible : chronologique, par date d’ajout, par auteur, par titre, par périodique.

3 2 envoyer les r sultats suite
3.2. Envoyer les résultats (suite)

3.2.2. Collections

Permet de se connecter à un compte MyNCBI et de sauver sa recherche, comme une sorte de bibliothèque virtuelle des références que l’on veut conserver.

L’enregistrement à MyNCBI est gratuit.MyNCBI permet aussi la veille (voir ci-après)

3 2 envoyer les r sultats suite1
3.2. Envoyer les résultats (suite)

3.2.3. Order

Se connecte à la plate-forme LoansomeDoc, afin de commander des articles.

3.2.4. Clipboard

Envoie les résultats vers le presse-papiers de PubMed. Ce Clipboard permet de contenir jusqu’à 500 items ; c’est une sorte de « panier ». Il conserve les références pendant 8 heures maximum.

3 2 envoyer les r sultats suite2
3.2. Envoyer les résultats (suite)

3.2.5. E-mail

Permet d’envoyer les résultats par email. Idem que pour envoyer par fichier, on peut en outre choisir le nombre de références à envoyer, à partir de laquelle commencer, et ajouter un texte éventuel (pour envoyer à un collègue, par exemple).

3 3 open access
3.3. Open Access

La plupart des articles ne proposent quun abstract, et le full text est souvent payant.

Il existe néanmoins des articles « gratuits » en « open access » ou en « free full text ».

Pour ne filtrer que ceux-là : cliquer sur « Free Full Text » en haut à droite de la page de résultats. Si cette option n’apparaît pas, c’est qu’il n’y en a pas…!

3 3 open access suite
3.3. Open Access (suite)

Un article en open access est TOUJOURS signalé dans la page de résultats par la mention « Free article ».

Un clic sur ce lien amène à l’abstract. Ensuite dans le coin supérieur droit, à côté du « Send to », un lien vers l’article proprement dit est proposé. Un clic redirige vers le site de l’éditeur ou un site proposant l’article en entier.

Il est à noter que ce lien existe aussi pour les articles payants (ou avec abonnement au périodique).

3 4 veille
3.4. Veille

Deux types de veille existent :

via inscription par MyNCBI – envoi par email automatique sur base quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle.

Pour cela, utiliser le lien « Save search »

via RSS, par un fichier XML

webographie sources
Webographie / sources

Bibliographic Service Division : Data, News and Update Information / National Library of Medicine. - NLM, décembre 2009. - URL : http://www.nlm.nih.gov/bsd/revup/revup_pub.html#med_update . - Consulté le 25 janvier 2010.

PubMed Tutorial / National Library of Medicine. - NLM, décembre 2009. - URL : http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/ . - Consulté le 25 janvier 2010.

A la découverte du MeSHDatabase de Pubmed / Dailland, Françoise ; Kaelblen, Laurent . - Médiathèque de l’Université Paris Descartes, octobre 2008. – URL : http://mediatheque.parisdescartes.fr/article.php3?id_article=2105. -Consulté le 25 janvier 2010.

MEDLINE / Wikipedia. –WikimediaFundation, Janvier 2010. - URL : http://en.wikipedia.org/wiki/MEDLINE. -Consulté le 25 janvier 2010.

PubMed Help / National Library of Medicine. –NLM, février 2010. – URL : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helppubmed&part=pubmedhelp . - Consulté le 16 février 2010

Souvenirs personnels du cours de M. Alain Somville (HENaCMalonne)