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Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação

Bioinformática. Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação. Florianópolis, 09 de novembro de 2010. Tópicos. Genbank Swiss-prot pdb. GENBANK. GENBANK. GENBANK: É um banco de seqüências de nucleotídeos e proteínas.

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Presentation Transcript

  1. Bioinformática Universidade Federal de Santa Catarina Programa de Pós-graduação em Bioquímica Apoios aos alunos de graduação Florianópolis, 09 de novembro de 2010.

  2. Tópicos • Genbank • Swiss-prot • pdb

  3. GENBANK

  4. GENBANK GENBANK: • É um banco de seqüências de nucleotídeos e proteínas. • Acesso irrestrito (grande parte) acessado pelo NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov • Construído pelo National Center ofBiothecnologyInformation (NCBI) em 1982. COLABORAÇÕES: • DNA Data Bank do Japão (DDBJ) • EuropeanBioinformaticsInstitutes (EBI, Hinxtin, UK). -> Todos estes centros recebem dados separadamente, estas informações são trocadas e integradas, de maneira que estes bancos contém o mesmo banco de dados, sendo grande parte deles disponível online.

  5. O National Center for Biotechnology Information (NCBI) Bethesda, MD • Aceita submissões de seqüências primárias. • Desenvolve ferramentas para analisar dados. • Criação de bancos específicos baseados na seqüência primária. • Fornece pesquisa livre e links

  6. Tráfego de navegaçãoao NCBI 600,000 500,000 400,000 300,000 200,000 100,000 Christmas and New Year’s Day 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 65 milhões de pb 61 milhões de seqüências Users per day

  7. 01/21/2007 9/19/2006

  8. Divisões do GENBANK PRI (28) Primate ROD (15) Rodent PLN (20) Plant and Fungal BCT (18)Bacterial/Archeal INV (7) Invertebrate VRT (7)Other Vertebrate VRL (4)Viral MAM (2) Mammalian PHG (1) Phage SYN (1) Synthetic ENV (4) Envir. samples UNA (1)Unannotated Organismo -Tradicional • Organizado por taxonomia • Submissões diretas (Sequin/Bankit) • Acuracidade (~1 error per 10,000 bp) • Bem caracterizado EST (570)Expressed Sequence Tag GSS (197) Genome Survey Sequence HTG (88) High Throughput Genomic PAT (27) Patent STS (9) Sequence Tagged Site CON (1) Contigs, virtual Functional - Bulk • Organizado por tipo de sequencia • Submissões por (ftp/email) • Menos acurado • Pouco caracterizado

  9. GENBANK funcional EST GSS GenBank HTG STS • ExpressedSequenceTag • Uma única passagem de leitura do cDNA • GenomeSurveySequence • Uma única passagem de leitura do gDNA • HighThroughputGenomic • Seqüências incompletas de clones • SequenceTagged Site • PCR-basedmappingreagents

  10. Banco de Seqüências do tipo EST Poucocaracterizada

  11. GSS, HTG, WGS GSS division or trace archive whole genome shotgun assemblies (wgs projects) assembly Draft sequence (HTG division) Whole BAC insert (or genome) shred sequence isolate clones

  12. HTG: Honeybee Draft Sequence LOCUS AC141845 147720 bp DNA linear HTG 19-MAR-2004 DEFINITION Apis mellifera clone CH224-4A2, WORKING DRAFT SEQUENCE, 14 unordered pieces. ACCESSION AC141845 VERSION AC141845.1 GI:29124029 KEYWORDS HTG; HTGS_PHASE1; HTGS_DRAFT. • Sequenciasnãoconcluidas de BAC • Gaps e pedaçosfora de ordem

  13. Genomascompletos - Projetos Shotgun • 685 projetos • Bactéria (320) • Sequencias ambientais (14) • Archaea (8) • Eucariotos (140), incluem: • Frango, em ratinhos, ratos, cães (2), chimpanzé, humano • Peixe (2) • Abelha, Anopheles, moscas das frutas (3) • Nematóides (2) • As leveduras (8), Aspergillus (2) • Arroz (2)

  14. ProjetosGenomasCompletos (WGS) wgs master[properties] ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/wgs/

  15. GENBANK: procurando por seqüências • Regiõesregulatórias. • Regiõesnão-traduzíveis. • Regiões codificantes para proteínas. • Regiõesintergênicas.

  16. Swiss-prot

  17. Swiss-prot • O swiss-protfoicriadodurante a tese de Amos Bairochem 1986 ligadoao Swiss Institute of Bioinformatics (SIB). • Contém todas as seqüências protéicas de proteínas com funções conhecidas. • Swiss-prot está disponível no endereço eletrônico www.expasy.ch/sprot/ conectado ao servidor ExPAsy. • ExPASy: ExpertProteinAnalysis System contém banco de dados + ferramentas online úteis. • Colaboração: European Bioinformatics Institute (EBI). • Automated TrEMBL (TRanslation of EMBL nucleotide sequences)

  18. Típico swiss-protentry • Proteína • Funçãoproteíca • bibliografia • Links com outros • bancos: • Estrutura • Domínio • Função

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