baculovirus keanekaragaman dan isolasi dari tanah n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
Baculovirus : Keanekaragaman Dan Isolasi Dari Tanah PowerPoint Presentation
Download Presentation
Baculovirus : Keanekaragaman Dan Isolasi Dari Tanah

Loading in 2 Seconds...

  share
play fullscreen
1 / 12
tirzah

Baculovirus : Keanekaragaman Dan Isolasi Dari Tanah - PowerPoint PPT Presentation

256 Views
Download Presentation
Baculovirus : Keanekaragaman Dan Isolasi Dari Tanah
An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript

  1. Baculovirus : Keanekaragaman Dan Isolasi Dari Tanah SAMYUNI PROGRAM PASKA SARJANA UNIVEERSITAS SEBELAS MARET SURAKARTA TAHUN 2013

  2. PENDAHULUAN Baculovirus, berasaldaribahasa Latin baculum , yang berarti “batang/tongkat” mengacupadamorfologinukleokapsid virus. Baculovirusadalahkelompok virus serangga yang mengandung DNA beruntaiganda 80 sampai 180 kbp. Baculovirusmenginfeksipopulasiserangga, lebihdari 600 spesiesterutamaordoLepidoptera , Hymenoptera , Diptera , dariordoLepidoptera, Hymenoptera, Diptera,Coleoptera , Neuptera , SiphonopteradanTrichptera. Pengetahuantentangkeanekaragamanalam, intra danantarspesifik, berkontribusipadaklasifikasi yang lebihbaikdaribaculovirus, sertamenjadipentingkhususnyauntukdesain bio-insektisida. Baculovirusesdiklasifikasikansesuaidengantanamaninang yang terisolasi.

  3. KeragamanBaculovirus Granulovirus genus memilikikecilovicylindrical OBSdari 0,25-0,5 m dengan diameter yang mengandungviriontunggaldan r menulis protein denganpenampilan granular bawahmikroskopcahayadisebutgranulin. Nucleopolyhedrovirusmemiliki polyhedral OBS, yang jauhlebihbesardengan diameter (1 - 15 μm) danterdiridarierat protein terkait yang disebutpolyhedrin. Beberapa virus hanyaberisisatunukleokapsid (single nucleopolyhedrosis viruses; SNPVs), sementara yang lain mengandungbanyak (3 sampai 10) nukleokapsid (Multiple nucleopolyhedrosis; MNPVs). Menurutbentuk, ukuran, strukturdan protein utamapembentuk OBs, Baculovirusdigolongmenjadidua genera utama : nucleopolyhedrovirus (NPV) dangranulovirus (GV).

  4. KeragamanBaculovirus Berdasarkananalisisfilogenetik, Baculovirusdigolongkanmenjadi 4 genera: Alphabaculovirus, Betabaculovirus, Gammabaculovirus, danDeltabaculovirus. Alphabaculovirus, mencakupbaculovirusspesifiklepidoptera, dandibagikedalamGrup I (cladedanclade b) danGrup II berdasarkanpadajenis protein fusogenik; Betabaculovirus, terdirigranulovirusspesifiklepidopteran, danterdapatduacladesyaitu : clade a danclade b; Gammabaculovirus , meliputibaculovirusspesifikhymenopteran; danDeltabaculovirus yang hanyaterdiriCuniNPV. Saatini 57 genombaculoviruslengkapdisimpandiGenBank, terdiridari 41 Alphabaculoviruses, 12 Betabaculoviruses, 3 Gammabaculoviruses, dan 1 Deltabaculovirus. Materi gen antara 90-181 gen (Alphabaculovirus : 118-169; Betabaculovirus : 116-181; Gammabaculovirus : 90-93; Deltabaculovirus : 109)

  5. Tidakadalaporansebelumnyatentangmendapatkandanmenggunakanbaculovirusdiisolasidaritanah. Baculovirusesseringdiidentifikasidengankarakteristikmorfologidangejalapadatanamaninang. Hal inidimungkinkanuntukmendapatkanpolafragmenrestriksibaculovirusdansebagaipembeda DNA genomnyaantaraspesies. Paparanini, meyampaikanujicobaisolasi, pemurniandankarakterisasimolekulermenggunakantigaenzimrestriksi, dalamempatbaculovirus yang berbedaisolatdiperolehdaritanahpadalahanjagung yang penuh larva FAW (ulatgrayak)di Coahuila dan Nuevo León

  6. BAHAN DAN METODE 1. Koloniserangga Larva ulatgrayak, dipeliharadengankondisiterkendalidanpadapakanbuatan. 2. IsolasidanamplifikasiBaculovirus IsolatBaculovirus, diperolehdaritanahpetaktanamanjagungdi Coahuila dan Nuevo Leon, Meksiko. Sampeltanahdiambilpadakedalaman 5 - 10 cm, sebanyak 600-800 g. Sampel, 25 g tanahdimasukkanpada 100 ml pakanbuatan, dan FAW instarpertamadankeduaditempatkanpadapakantersebut. Larva yang mati, dianggapterinfeksiolehisolasibaculovirus. Isolat-isolatbaculovirusdiamplifikasiin vivopadainstar FAW ketigadandimurnikandenganfiltrasidansentrifugasi. Konsentrasibadanoklusi virus (OBS) yang dihitungdenganhemacytometerdandisimpandalamaquades 500 μLpada 0 ° C sampaidigunakan. 3. Aktivitasdayabunuhseranggadariisolatbaculovirus Pakansetiapwadahdiinokulasidengan 1 dari 7 baculovirusmulaidari 2,0 × 101 sampai 4,0 × 106 OBs/mm2, dan 20 larva FAW per perlakuan yang terinfeksipadamasing-masing 3 ulangan. Larva kontrolditempatkandalamcawandenganperlakuanpakanbuatanhanyadenganaquadest. Kematiandiukursetiaphariselama 25 hari. Kematiandiujidenganrumus Abbott, ujiTukey, danstatistik Program SAS.

  7. BAHAN DAN METODE… 4. Pemurniantubuhoklusidanvirion Pemurnian OBSdaribaculovirusdengansukrosa (40-66% b/b), menggunakantabungpollyalomer 50 ml. Konsentrasisukrosatinggiditambahkanpadacawandalam, dankonsentrasiterendahditabungluar. Gradienterkumpuldisentrifugasipada ultracentrifuge 24.000 rpm, suhu 4 °C selama 1 jam dengan rotor SW 28. Band yang terbentukdenganpipet Pasteur, dipindahkanketabung polypropylene denganaquadest 20 ml dandisentrifugasipada 10.000 rpm, disuspensidalam aliquots aquadest 500 μL, dandisimpanpadasuhu 4 °C sampaidigunakan. Untukmengeluarkanvirion, OBSdimurnikandenganditambahkan alkali 300 uLdan 100 μL buffer TE, diinkubasipada 25 °C denganperputaran 140 rpm selama 90 menit. Viriondimurnikanpadawadahsukrosadari 20 - 60% denganultrasentrifugasipada 28.000 rpm selama 1,5 jam. Kemudian band birumengandungviriondikumpulkandenganpipet Pasteur dankemudiandilakukansentrifugasipada 28.000 rpm selama 40 menit. ViriondisimpanditabungEppendorfpadasuhu 4 °C sampaidigunakan. 5. Ekstraksi DNA danpencernaandenganenzimrestriksi Untukmengekstrak DNA, viriondimurnikandenganperlakuan 400 uL buffer proteinase K dan 100 uLlarutanproteinase K dandiinkubasi 2 jam dalam bath, suhu 37 °C. Selanjutnya, ditambahkan 500 mLlarutanfenol: kloroform: alkoholisoamil (25: 24: 1), dandisentrifugasipada 13.000 rpm selama 5 menit, faseencerdikumpulkandandipindahkanketabung lain. Kemudiantambahkan 500 μLIsopropanol, diinkubasi 10 menitpada 4 °C dandisentrifugasipada 13.000 rpm selama 10 menit, peletdikumpulkandenganditambah 30 μLaquadestdandisimpanpadasuhu -20 °C, sampaidigunakan. Setiapisolat DNA diuraidengantigaenzimrestriksi, EcoRI, HindIIIdanBamHIinkubasiselama 2 jam pada 37 °C pada gel agarosa 0,6 %, 30 V selama 18 - 24 jam dalamelektroforesishorisontalruangMaxicelldengan buffer TBE. PenandaberatmolekuldigunakanTangga 1 kb, diwarnaidenganetidiumbromidadandiujidenganTransilluminator UV.

  8. HASIL DAN PEMBAHASAN Pengamatandibawahmikroskop, menunjukkanbahwatigadariempatisolatbaculovirus yang diperolehdaritanahterdapatdua genera Baculoviridae : Granulovirus (GV) danNucleopolyhedrovirus (NPV) .

  9. HASIL DAN PEMBAHASAN… Empatisolatbaculovirusdiujipadatiga larva instar FAW terbuktipatogen, tapiterdapatvariasidalamtingkatvirulensi, dimanaisolat AN2 menunjukkantingkatpatogentertinggi, disusultingkatvirulensiolehisolat AN1, NAV1, dan CAD. Isolat AN1, NAV1, dan CAD, berisicampurandari NPVs dan GVs, sementara AN2isolathanyaberisipolyhedra genera NPV, inimenujukkankarakteristikmolekul yang terdapatpadafragmenrestriksi DNA.

  10. HASIL DAN PEMBAHASAN… Isolatmenunjukkantingkataktivitasbiologisdalamspesiesinang yang samadanmenunjukkanpola pita yang berbeda, sehinggamudahmenunjukkanperbedaangenotipepadabaculovirus. Terdapattigapola pita dariempatisolat, yaituIsolat CAD dan NAV1menunjukkanpola pita yang sama, isolat AN1dan AN2memilikipola yang berbeda, berarti strain berbedapada OBS, tergantungpadaasaltanah. Isolat NAV1dan CAD menunjukkanprofil yang sangatmiripdenganenzimrestriksiEcoRIdanHindIII, danjugasamavirulensinya. PenggunaanEcoRI, HindIIIdanBamHI, menunjukkanperbedaanpolafragmen DNA dengancara yang samamengakibatkankematianpadaSpodopterafrugiperda.

  11. KESIMPULAN Menurutbentuk, ukuran, strukturdan protein utamapembentuk OBs, Baculovirusdigolongmenjadidua genera utama : nucleopolyhedrovirus (NPV) dangranulovirus (GV). Berdasarkananalisisfilogenetik, Baculovirusdigolongkanmenjadi 4 genera: Alphabaculovirus, Betabaculovirus, Gammabaculovirus, danDeltabaculovirus Isolat CAD dan NAV1menunjukkanpola pita yang sama, isolat AN1dan AN2memilikipola yang berbeda Perbedaandalamtingkatvirulensidimungkindenganadanya band yang berbedaberisi gen yang terlibatdalamvirulensi.

  12. DAFTAR PUSTAKA Amer, Haitham Mohamed, 2011. Baculovirus expression vector system : An efficient tool for the production of heterologous recombinant proteins. African Journal of Biotechnology Vol. 10(32), pp. 5927-5933, 4 July, 2011 Miele, Solange Ana Belen et al, 2011. Baculovirus : Molecular Insightson Their Diversity and Conservation. International Journal of Evolutionary Biology Volume 2011, Article ID 379424, 15 pages Velasco, Claudio Rios et al, 2012. Characterization of baculovirus isolates obtained from soil by restriction fragment patterns . African Journal of Microbiology Research Vol. 6(21), pp.4546-4549, 9 June, 2012