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Initiation à Pubmed. Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé. Plan de l’exposé. 1. La base de données Medline 1.1. Vue d’ensemble 1.2. Accès 2. Recherche dans PubMed 2.1. Recherche simple : avantages et inconvénients 2.2. Recherche avancée : avantages et inconvénients

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initiation pubmed

Initiation à Pubmed

Formation destinée aux bibliothécaires du RBD Santé

plan de l expos
Plan de l’exposé
  • 1. La base de données Medline
    • 1.1. Vue d’ensemble
    • 1.2. Accès
  • 2. Recherche dans PubMed
    • 2.1. Recherche simple : avantages et inconvénients
    • 2.2. Recherche avancée : avantages et inconvénients
    • 2.3. Le MeSH
    • 2.4. Construire une équation de recherche
    • 2.5. Outils PubMed (détails, limites, historique, …)
  • 3. Exploitation des résultats
    • 3.1. Les formats de visualisation
    • 3.2. Envoyer…
    • 3.3. Open access / accès aux articles
    • 3.4. Veille (RSS)
1 vue d ensemble de medline
1. Vue d’ensemble de Medline
  • MEDLINE = Medical Literature Analysis and Retrieval System)  Système de recherche et d’analyse de la littérature médicale
  • Base de données bibliographique commencée en 1949 jusqu’à nos jours
  • Informatisée en 1972, catalogage rétrospectif 1949-1972
  • Contient plus de 19,5 millions de fiches (màj. 08/02/2010) reprenant approximativement 5.000 périodiques
  • Couvre les sciences de la vie et l’information biomédicale
  • Compilé et hébergé par la NLM (NCBI) aux U.S.
1 2 acc s medline
1.2. Accès à Medline
  • Accès via interfaces payantes
    • Exemples : ERL WebSpirs, EBSCO, Dialog,…
    • Relativement coûteux et langage de recherche pas toujours évident à maîtriser
    • Politique commerciale douteuse pour certains
  • Accès via interfaces gratuites
    • Exemples : PubMed, Medsum, GoPubMed, eTBLAST, Medscape, Twease
    • Disponible sur n’importe quel ordinateur relié à internet
    • Facilité de recherche
    • PubMed est le plus connu et le plus employé (il reprend d’autres bases de données également)
2 1 recherche simple dans pubmed
2.1. Recherche simple dans PubMed
  • Avantages
    • Rapidité
    • Ne nécessite pas de connaissances particulières (intuitivité)
    • Pratique si on sait précisément ce que l’on cherche (référence exacte d’un article)
  • Inconvénients
    • Recherche limitée si on ne connaît pas précisément ce qu’on cherche (bibliographie sur un sujet, d’un auteur, etc.)
    • Risque d’erreur facile (mauvaise orthographe, etc.)
    • Peut générer du bruit documentaire oudu silence documentaire (mauvaise recherche, complexité)
d monstration de recherche simple
Démonstration de recherche simple
  • Exemple :

Je recherche l’article «  Tobacco Control and Free Speech -- An American Dilemma» de Bayer R. et Kelly M. paru dans le New England Journal of Medicinedu 13 janvier 2010.

  • Se rendre sur la page d’accueil de PubMed(pubmed.com ou pubmed.org sont des raccourcis)
  • Introduire : - soit totalité ou partie titre exact ;- soit les noms des auteurs ;- soit un mélange des deux (mots du titre et noms d’un ou plusieurs auteurs)  recherche de type « Google »
2 2 recherche avanc e dans pubmed
2.2. Recherche avancée dans PubMed
  • Avantages
    • Permet une recherche très fine, très précise
    • Possibilités de recherche approfondies (bibliographie, etc.)
    • Champs de recherche distincts, clarté des éléments
    • Aide à la saisie (proposant les termes)
    • Passage par le thésaurus MeSH (voir ci-après)
  • Inconvénients
    • Nécessité de connaître les possibilités
    • Nécessité de savoir comment utiliser ces possibilités
    • Est moins intuitive que la recherche simple
d monstration simple de recherche avanc e
Démonstration simple de recherche avancée
  • Recherche de tous les articles de Prignot J. parus depuis 2000 :
    • Cliquer sur Advanced Search
    • Dans le menu déroulant du SearchBuilder, choisirle champ Author
    • Entrer le nom de l’auteur : Prignot J (il existe une aide à la saisie)
    • Cliquer sur le bouton AND
    • Les termes s’ajoutent dans le champ supérieur.
    • Dans le SearchBuilder, choisirle champ Publication Date
    • Entrer les années 2000 à 2010 (ou seulement 2000 ; ‘present’ est mis par défaut)
    • Cliquer sur le bouton AND
    • Cliquer sur le bouton  6 résultats
    • Tous les champs comportent un qui facilite la recherche (« autorités »)
    • On peut ajouter autant de champs que nécessaire en les combinant grâce aux opérateurs booléens
2 3 le mesh
2.3. Le MeSH
  • MeSH = Medical Subject Headings
  • Thésaurus
    • Mises à jour et corrections régulières
    • Structure hiérarchisée
    • Recherche automatisée facilitée par l’emploi des synonymes
    • Plus de 25.000 descripteurs
    • Plus de 160.000 entrées
    • Par ordre alphabétique / hiérarchique
  • Traduction en français par l’Inserm : « MeSH bilingue »( http://ist.inserm.fr/mesh/html/mesh.html )Rem. : Ne fonctionne pas au moment de rédiger ce document

Ex : ‘vitamin C’ renvoie à ‘Ascorbic Acid’

2 3 le mesh suite
2.3. Le MeSH (suite)
  • ‘(Topical) Qualifiers’ / ‘(Topical) Subheadings’
    • qualificatifs pour préciser la recherche
    • 83 subheadings
    • Liste 2010 : http://www.nlm.nih.gov/mesh/topsubscope.html
  • Exemple : on recherche des informations sur la mortalité de la maladie d’Alzheimer en relation avec les effets des médicaments.
    • Recherche dans le MeSH en langage naturel: ‘Alzheimer’ Alzheimer’s disease est le terme retenu
    • Ajout des subheadings ‘mortality’ et ‘drug therapy’
      • 50 résultats
2 4 construire une quation de recherche
2.4. Construire une équation de recherche
  • Méthode « facile »
    • Utiliser les boutons dans la recherche avancée, en combinant les recherches par les boutons AND, OR, NOT
  • Méthode « expert »
    • Utilisation de crochets pour les qualificatifs de champs
    • Utilisation de guillemets pour les expressions
    • Opérateurs booléens AND, OR et NOT
      • AND = ET (restreint la recherche)
      • OR = OU (élargit la recherche)
      • NOT = SAUF (rejette des termes)
    • Troncature gauche/droite : le symbole utilisé est l’astérique *
2 5 outils de pubmed
2.5. Outils de PubMed
  • 2.5.1. Le bouton Clear
    • Permet d’effacer l’équation en cours pour recommencer une nouvelle recherche
  • 2.5.2. Le bouton Preview
    • Affiche un aperçu des résultats, pour vérifier la pertinence de la recherche sans perdre le temps d’affichage.
  • 2.5.3. Les limites
    • Permettent d’affiner la recherche sur les points suivants : date, type d’article, espèce (humains/animaux), langues, genre, âges, etc.
2 5 outils de pubmed suite
2.5. Outils de PubMed (suite)
  • 2.5.4. L’historique
    • Affiche toutes les recherches déjà effectuées et leurs résultats. On peut combiner des recherches (pour ne pas devoir recommencer…) ou relancer une recherche déjà effectuée.
  • 2.5.5. Les détails
    • Affichent un détail de l’équation de recherche et les résultats que cette recherche génère.
    • Le bouton « URL » permet d’enregistrer le lien hypertexte et de le placer dans les favoris, cela peut servir de veille manuelle, en quelque sorte.
2 5 outils de pubmed suite1
2.5. Outils de PubMed (suite)
  • 2.5.6. Les ressources
    • Mesh Database : consultation du MeSH
    • Journals Database : informations sur les périodiques
    • Single Citation Matcher : trouver les citations d’un article
    • Clinical Queries : recherche avancée pour cliniciens
    • Topic-Specific Queries : recherches spécifiques pour cliniciens et chercheurs dans le domaine de la santé
3 1 les formats de visualisation
3.1. Les formats de visualisation

En anglais « Display Settings ».

Ce sont des options d’affichage des résultats de la recherche. Il y a 3 types d’options :

  • Le format
  • Le nombre de résultats par page
  • Le tri
3 1 les formats de visualisation suite
3.1. Les formats de visualisation (suite)

3.1.1. Les formats

Summary : le format par défaut : références de l’article en HTML avec lien vers l’abstract.

Summary (text) : idem que Summary mais au format texte uniquement, sans liens html. Assez rébarbatif…

Abstract : idem que Summary, avec l’abstract et des liens supplémentaires.

Abstract (text) : idem que Abstract mais au format texte uniquement, sans liens html. Même remarque…Rem : Les formats texte sont parfois utiles pour l’export vers certains logiciels.

3 1 les formats de visualisation suite1
3.1. Les formats de visualisation (suite)

3.1.1. Les formats (suite)

MEDLINE : le format le plus complet, similaire à une fiche au format MARC, avec les codes de champs spécifiques à PubMed.

XML : format balisé XML

PMID List : simple liste des numéros de référence des articles , au format texte.PMID = PubMedIDentification, qui équivaut au numéro d’inventaire de chaque notice.

3 1 les formats de visualisation suite2
3.1. Les formats de visualisation (suite)

3.1.2. Le nombre de résultats par page

Vous pouvez choisir le nombre de résultats à afficher par page : 5, 10, 20, 50, 100, 200 résultats.

3.1.3. Le tri

Recentlyadded: tri par derniers ajouts dans PubMed

Pub Date : tri par date de publication

First / Last author: tri par premier / dernier auteur

Journal : tri par périodique

Title : tri par titre

3 2 envoyer les r sultats
3.2. Envoyer les résultats

3.2.1. File : en tant que fichier

- Summary (text) : fichier texte reprenant les références des articles

- Abstract (text) : fichier texte reprenant les abstracts des articles

- MEDLINE : fiches bibliogaphiques, comparables au MARC (très complet)

- XML : fichier balisé en XML

- PMID List : uniquement liste des numéros de référence des articles (PubMed I.D.)

Un tri est possible : chronologique, par date d’ajout, par auteur, par titre, par périodique.

3 2 envoyer les r sultats suite
3.2. Envoyer les résultats (suite)

3.2.2. Collections

Permet de se connecter à un compte MyNCBI et de sauver sa recherche, comme une sorte de bibliothèque virtuelle des références que l’on veut conserver.

L’enregistrement à MyNCBI est gratuit.MyNCBI permet aussi la veille (voir ci-après)

3 2 envoyer les r sultats suite1
3.2. Envoyer les résultats (suite)

3.2.3. Order

Se connecte à la plate-forme LoansomeDoc, afin de commander des articles.

3.2.4. Clipboard

Envoie les résultats vers le presse-papiers de PubMed. Ce Clipboard permet de contenir jusqu’à 500 items ; c’est une sorte de « panier ». Il conserve les références pendant 8 heures maximum.

3 2 envoyer les r sultats suite2
3.2. Envoyer les résultats (suite)

3.2.5. E-mail

Permet d’envoyer les résultats par email. Idem que pour envoyer par fichier, on peut en outre choisir le nombre de références à envoyer, à partir de laquelle commencer, et ajouter un texte éventuel (pour envoyer à un collègue, par exemple).

3 3 open access
3.3. Open Access
  • La plupart des articles ne proposent quun abstract, et le full text est souvent payant.
  • Il existe néanmoins des articles « gratuits » en « open access » ou en « free full text ».
  • Pour ne filtrer que ceux-là : cliquer sur « Free Full Text » en haut à droite de la page de résultats. Si cette option n’apparaît pas, c’est qu’il n’y en a pas…!
3 3 open access suite
3.3. Open Access (suite)
  • Un article en open access est TOUJOURS signalé dans la page de résultats par la mention « Free article ».
  • Un clic sur ce lien amène à l’abstract. Ensuite dans le coin supérieur droit, à côté du « Send to », un lien vers l’article proprement dit est proposé. Un clic redirige vers le site de l’éditeur ou un site proposant l’article en entier.
  • Il est à noter que ce lien existe aussi pour les articles payants (ou avec abonnement au périodique).
3 4 veille
3.4. Veille

Deux types de veille existent :

  • via inscription par MyNCBI – envoi par email automatique sur base quotidienne, hebdomadaire ou mensuelle.
  • Pour cela, utiliser le lien « Save search »
  • via RSS, par un fichier XML
webographie sources
Webographie / sources
  • Bibliographic Service Division : Data, News and Update Information / National Library of Medicine. - NLM, décembre 2009. - URL : http://www.nlm.nih.gov/bsd/revup/revup_pub.html#med_update . - Consulté le 25 janvier 2010.
  • PubMed Tutorial / National Library of Medicine. - NLM, décembre 2009. - URL : http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/ . - Consulté le 25 janvier 2010.
  • A la découverte du MeSHDatabase de Pubmed / Dailland, Françoise ; Kaelblen, Laurent . - Médiathèque de l’Université Paris Descartes, octobre 2008. – URL : http://mediatheque.parisdescartes.fr/article.php3?id_article=2105. -Consulté le 25 janvier 2010.
  • MEDLINE / Wikipedia. –WikimediaFundation, Janvier 2010. - URL : http://en.wikipedia.org/wiki/MEDLINE. -Consulté le 25 janvier 2010.
  • PubMed Help / National Library of Medicine. –NLM, février 2010. – URL : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helppubmed&part=pubmedhelp . - Consulté le 16 février 2010
  • Souvenirs personnels du cours de M. Alain Somville (HENaCMalonne)