1 / 294

De microbi ë le cel Van molecuul tot leven

De microbi ë le cel Van molecuul tot leven. Cursus voor tweedejaars Biologen November 2008 Docenten: Fred Boogerd (cursusleider), en Hans Westerhoff. Leerstof: de leerstof bestaat uit basisdeel en vier thema delen.

grady-tyler
Download Presentation

De microbi ë le cel Van molecuul tot leven

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. De microbiële celVan molecuul tot leven • Cursus voor tweedejaars Biologen • November 2008 • Docenten: • Fred Boogerd (cursusleider), en Hans Westerhoff. • Leerstof: de leerstof bestaat uit basisdeel en vier thema delen. • 'Brock: Biology of microorganisms' (twelfth edition); Auteurs: MT Madigan and JM Martinko. De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  2. De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  3. De microbiële celVan molecuul tot leven De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  4. College ppt: komt op blackboard • En: • www.bio.vu.nl\hwconf\teaching De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  5. Ik behandel: • Groei • Regulatie • Evolutie • Genomics De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  6. Groei Het maken van leven Algemene Microbiologie

  7. Groei: 4 verschillende betekenissen Maken: Het maken van de benodigde materie Vergroten: Het vergroten van het organisme Vermeerderen: Het vermeerderen van het celaantal Veranderen: Het differentiëren naar verschillende celtypes De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  8. Groei: 4 verschillende betekenissen Maken: Het maken van de benodigde materie • Voeding en Metabolisme (Hfdstk 5.1-5.3 & 5.14-5.17) Vergroten: Het vergroten van het organisme • Celvolumegroei (Hfdstk. 6.1-6.3) Vermeerderen: Het vermeerderen van het celaantal • (Hfdstk. 6.4 -6.6) Veranderen: Het differentiëren naar verschillende celtypes De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  9. Eerst maar even differentiatie • Differentiatie • Sporen • Exospore, coat, cortex en dan ongeveer een cel • Dehydratie, Dipicolinezuur, SASP’s • Differentiatie ‘tot eukaryoot’ • Kern, Organellen • Differentiatie tot multicellulair organisme De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  10. Groei: 4 verschillende betekenissen Maken: Het maken van de benodigde materie • Voeding en Metabolisme (Hfdstk 5.1-5.3 & 5.14-5.17) Vergroten: Het vergroten van het organisme • Celvolumegroei (Hfdstk. 6.1-6.3) Vermeerderen: Het vermeerderen van het celaantal • (Hfdstk. 6.4 -6.6) Veranderen: Het differentiëren naar verschillende celtypes De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  11. Microbiële groei: Principes • Reproductie! • Alle reacties gekatalyseerd door enzymen • Organismen kunnen (bijna) alles maken wat mogelijk is • ONmogelijkheden: geconserveerde zaken • ‘Verwende organismen’ • Enzymen zijn eiwitten, soms met cofactoren De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  12. Microbiële groei is: Reproductie (dwz meer van hetzelfde; de machine maakt zichzelf) Algemene Microbiologie

  13. Reproductie dus: wat moeten ze maken? • Membraan en celwand: • Lipiden • polysacchariden • Eiwit: • Aminozuren • Prosthetische groepen en cofactoren • Coenzymen: • ATP, ADP • NADH • Coenzym Q • … • DNA en RNA: • Nucleotiden De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  14. Alle reacties gekatalyseerd door enzymen Elk enzym wordt gecodeerd door een gering aantal (een) gen(en) Algemene Microbiologie

  15. Organismen kunnen (bijna) alles zelf maken! • Tabel 13.1: duizenden genen • (bv. E. coli: 4 000) De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  16. Table13.1 De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  17. Organismen kunnen (bijna) alles zelf maken! • Tabel 13.1: duizenden genen • (bv. E. coli: 4 000) • Tabel 13.2: Hoog percentage metabole genen • (bv. E. coli: (21%=800)) De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  18. 13.2 De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  19. Omvangrijk metabolisme; het kan ‘alles’, ……………………………………….. De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  20. Fig. 13.2 De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  21. Omvangrijk metabolisme:Kan ‘alles’, maar toch zijn er beperkingen.Welke? De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  22. Balansprincipe • Groei is een langdurig steady state proces en moet dus in balans zijn (micro-organisme als voorbeeld voor de planeet aarde en de mens) • Toename is netto import plus netto productie De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  23. Metabole rijkdom • Alles kan gemaakt worden wat mogelijk is • Toename is netto import plus netto productie; voor de meeste stoffen is import niet nodig De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  24. Metabole beperkingen • Sommige dingen kunnen niet gemaakt worden • En moeten dan dus geïmporteerd worden • En moeten dan dus in het groeimedium zitten • Toename is netto import plus netto productie X De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  25. Metabole beperkingen, nog preciezer • Sommige dingen kunnen niet gemaakt worden • En moeten dan dus geïmporteerd worden • En moeten dan dus in het groeimedium zitten • Toename is netto import plus netto productie X X De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  26. Metabole beperkingen • Sommige dingen kunnen niet gemaakt worden: Gibbs energie noch elementen • En moeten dan dus geïmporteerd worden • En moeten dan dus in het groeimedium zitten • Voor Gibbs energie (gaat verloren in processen) moet de balans positief zijn • Voor elementen moet de balans nul zijn • Toename is netto import plus netto productie X X De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  27. Welke elementen zijn van belang voor levende organismen? • C • H • O • N • S • P • K • Fe, Mg, Mn, Ca, Co De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  28. Behouden grootheden(kunnen niet gemaakt worden) • Elementen: • C • H =Electronen (redox) +H+ • N • {O (komt gratis van water)} • S • P • Vrije energie (gaat verloren, maar kan niet gemaakt worden is dus ook nodig) (‘ATP’) De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  29. Omvangrijk metabolisme:Kan ‘alles’, maar toch zijn er beperkingen.Welke?De behouden grootheden De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  30. Behouden grootheden(kunnen niet gemaakt worden) • Elementen: • C • H =Electronen (redox) +H+ • N • {O (komt gratis van water)} • S • P • Vrije energie (gaat verloren, maar kan niet gemaakt worden is dus ook nodig) (‘ATP’) De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  31. Gibbs harvest Gibbs Overzicht metabolisme; katabolisme, anabolisme en centrale rol van twee energiëen De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  32. Gibbs harvest Gibbs Overzicht metabolisme; katabolisme, anabolisme en centrale rol van twee energiëen: vlinderdas (bow-tie) structuur Gibbs harvest De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  33. Vlinderdas voor elk benodigde substantie celstructuur voedingsstoffen ATP De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  34. Belangrijkste Gibbs energiedrager= ATP Of eigenlijk ADP: ADP~P=ATP Algemene Microbiologie

  35. Behouden grootheden(kunnen niet gemaakt worden) • Elementen: • C • H =Electronen (redox) +H+ • N • {O (komt gratis van water)} • S • P • Vrije energie (gaat verloren, maar kan niet gemaakt worden is dus ook nodig) (‘ATP’) De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  36. Vlinderdas voor elk benodigde substantie Pyruvaat en Acetyl-CoA (‘C’) celstructuur voedingsstoffen De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  37. Pyruvaat en acetyl • Pyruvaat: • CH3-CH2-COOH • AcetylCoA • CH3-COO-CoA • Eigenlijk is Coenzym A de C2 drager De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  38. Vlinderdas voor elk benodigde substantie celstructuur voedingsstoffen Glutamaat (‘N’) De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  39. Vlinderdas voor elk benodigde substantie celstructuur voedingsstoffen NADH ‘H’ of ‘e-’ of ‘redox’ De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  40. NADH 2-electron drager of eigenlijk.. • NADH = NAD+ + H+ + 2e- • NAD is de 2-electroncarrier en heeft dan de vorm NADH De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  41. De absolute vereisten van Gibbs energie en Koolstofbron leidden tot: Classificatie van organismen naar voor groei benodigde Gibbs energie- en koolstofbron (gemakkelijke test) Hoe wordt dit dan getest? Algemene Microbiologie

  42. Hoe wordt dit dan getest? Een batterij van platen met verschillende groeimedia De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  43. Wat zijn mogelijke Gibbs energiebronnen? • Licht • Anorganische stoffen • …… • …… • Organische stoffen De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  44. In voeding moet dus Gibbs vrije energie zitten • Troof: voedsel (Grieks trophē, voedsel ) • Licht voor fototrofe organismen • Hoog energetische stof voor chemotrofe organismen: • Anorganisch: chemolithotrofe organismen • (Grieks Lithos: steen) • Organisch: chemoorganotrofe organismen De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  45. Hoofdstuk 5:Voeding Diversiteit wat betreft Gibbs energiebron • zie sectie 5.14 • fotonen: fototroof • chemische stoffen: chemotroof • organisch: chemoorganotroof • anorganisch: chemolithotroof De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  46. energie koolstof troof Hoofdstuk 5:Voeding: Diversiteit wat betreft koolstofbron voor biomassa • CO2: autotroof • Organisch materiaal: heterotroof • chemoorganoheterotroof bestaat • chemoorganoautotroof is zeldzamer • (want als je organische stoffen hebt voor energie kun je ze ook gebruiken voor koolstof) • chemolithoheterotroof komt voor (Fe2+voor energie, organische stof voor koolstof) Fig. 5.23 De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  47. Oefenvraag Wat zijn we zelf voor organisme? Chemolithoautotroof? Neen: chemo-organo-hetero-troof Algemene Microbiologie

  48. Chemoorganoheterotroofvoorbeeld P. denitrificans Fig. 5.23a De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  49. Oefenvraag: wat voor type is dit organisme? Chemolithoautotroof Fig. 5.23b De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

  50. Gecombineerd: Diversiteit naar energie- en koolstofbron Zie ook Fig. 20.1 De microbiële cel, november 2008: colleges Westerhoff

More Related