DeepView – The Swiss- PdbViewer

1. DeepView – The Swiss-PdbViewer

2. Homology modeling First approach mode: выравнивание целевых последовательностей и шаблонов Optimise mode: представление запросов как modeling-projects от DeepView Oligomer modeling: моделирование multimericproteins GPCR mode: Модели 7 трансмембранных спиральных части с G-белковым рецептором Доступные режимы моделирования

3. The Optimise (project) mode

4. 1. Loading files • SwissModel>Load RawSequence –загрузка целевой последовательности FastA file • File>Import - загрузка целевой последовательности SWISS-PROT file

5. Finding homologous templatesПоиск гомологичных шаблонов Скачивание выбранного ExPDB файла, его сохранение и открытие через Deep View BLAST оценка Нажав Detail видим цель / детали шаблона выравнивания. Экспериментальные данные: метод и разрешение Ссылка на PDB, записи о PDB веб-сайтах Описание белков SwissModel>Find Appropriate ExPDB Templates

6. Finding homologous templates Edit>Blast Selection vs. ExPDB: result list Выберите один присоединенный код чтобы скачать файл Edit>Blast Selection vs. ExPDB

7. 2. Generating a modeling - project Наложения и выравнивание всех гомологичных шаблоны - click Fit>Magic Fit and Fit>Generate Structural Alignment - click Fit>Iterative Magic Fit (структурное выравнивание будет выполнено автоматически) Целевая последовательность Шаблоны Целевая последовательность Унифицированные шаблоны

8. Aligning the target sequence onto the templates Выравнивание последовательности-мишени на шаблонах Click Fit>Fit Raw Sequence для генерации последовательности согласованной между целью и шаблоном Это обеспечит ЦП с предварительной 3D-структурой, нужной для дальнейшей корректировки и лучшего согласования Создание предварительная 3D-структуры для цели

9. Viewing the threading energy

10. Manually refining the alignment Ручные процедуры выравнивания Оригинальный разрыв Внимание разрыв Перемещенный разрыв Удален пробел

11. ` Глобальные потоки энергии. Фланговые пробелы в энергии аминокислотных последовательностей. Нахождение разрыва ниже нулевого уровня Длинные связи соответствуют пробелам в последовательности-мишени

12. 3. Submitting a modeling - project • SwissModel>Submit Modelling Request: Swiss-Model Optimise Mode Адрес Вашей электронной почты, имя иназвание проекта Скопируйте первую строку в текстовое поле или нажмите кнопкуBrowse, чтобы выбрать ваш проект Before submitting the modeling-project After submitting the modeling-project

13. 4 . Improving a return model

14. Незначительные регулировки

15. Display Modes Режимы отображения

16. - Display>Slab: это включает и выключает Slab mode, который ограничивает молекулы, удаляя те группы, которые находятся слишком далеко от экрана (глубину Slab (в Å) можно регулировать в настройках> Display) - Slab mode позволяет просматривать сечение конкретных групп, что очень полезно для изучения интерьера белков

17. Обычные режимы отображения • Обеспечивает быстрое отображение реального времени и высокую частоту кадров рендеринга • Наиболее подходящий режим для прямого работы • В этих режимах можно применять все команды DeepView, включая все вычислительные и установочные инструменты

18. Display>UseOpenGL Rendering and Display>Render in solid 3D Preferences>Surfaces: Preferences>Ribbons: Preferences>3D Rendering

19. STEREOSCOPIC MODESСтереоскопические режимы отображения • Нажмите Display>Stereo View :включения и выключения стерео визуализации • Swiss-PdbVieverподдерживает три различных режима стерео: red and blue, side by side, and hardware stereo

20. Red and blue stereoКрасный и синий • Перекрывание изображений отображаются на дисплее. Красное изображение поворачивается ‘-2’ градуса вокруг вертикальной оси, а синее изображение - ‘+2’ градуса • Preferences>Stereo Display • Очки

21. Side by side stereoБок о бок • Оба изображения слегка наклоненный влево, каждый глаз будет видеть несколько иную сторону объекта и мозг будет сочетать в себе два изображения в 3D-объект • НастройкаStereoscopic View Settings - разделение, в пикселях: чем дальше друг от друга изображения, тем труднее поддерживать 3D - угол поворота в градусах

22. Аппаратное стерео • Режим выше / ниже стерео (Above/Below, АВ): двойная вертикальная синхронизация экрана: первая половина экрана (слева) освещается ,изображение восходит к верхней части экрана и отображает в нижней части уже справа. Изображения отображаются попеременно на экране с очень высокой частотой • Истинное стерео OpenGL: различные буфера экрана для левого глаза и правого глаза; переключение выполняет графическая карта при отправке соответствующего сигнала на излучательНет потери разрешения экрана

23. SETTING PREFERENCES

24. Loading preferences

25. Real time display preferences

26. Rock and Roll

27. Labels settings

28. Color settings

29. Ribbon preferences

30. Surface preferences

31. Electrostatic potential parameters

32. Electron density maps (EDM) parameters

33. E minimization preferences

34. H-bond detection threshold(порог обнаружения)

35. Ramachandran Plot preferences

36. Alignmentwindow(окно выравнивания) preferences

37. Swiss-Model server settings

38. DeepView file server settings For using BLAST and importing PDB files, you must define the Web server:

39. 3D rendering parameters

40. 3D light settings