Estudios genómicos en par ásitos helmintos

1. Estudios genómicos en parásitos helmintos Cecilia Fernández

2. Biología básica • Identificación/desarrollo de productos control (drogas, vacunas) diagnóstico (Ag) Objetivos • Los parásitos no son organismos “modelos” • Las especies relevantes son diversas Dificultades Desarrollos tecnológicos: secuenciación, (bio)informática Análisis del genoma Protozoarios Análisis del transcriptoma Helmintos • Estrategias “clásicas” Estudios genómicos en parásitos

3. Tomado de: ‘Molecular Biology of the Cell’ Alberts y col, 3a Ed, 1994 (Fig 7.24) • contienen UTRs 5’ y 3’ • incluyen información de ARNnc (que no codifican para proteínas) • no contienen intrones • frecuencia nivel de transcripción Clonas genómicas vs clonas de ADNc Tomado de: ‘Molecular Biology of the Cell’ Alberts y col, 3a Ed, 1994 (Fig 7.24)

4. El transcriptoma permite conocer cómo se procesan los genes Tomado de: Blumenthal, Briefings in functional genomics and proteomics. vol 3. no 3. 199–211, 2004

6. Los helmintos son organismos que causan infecciones crónicas, con alta prevalencia en todo el mundo Importancia  Poseen genomas grandes (108 pb/102 Mb) Las especies relevantes son diversas Dificultades Estudios genómicos en parásitos helmintos Proyectos EST: Secuenciación sistemática de ADNc seleccionados al azar de genotecas de diferentes estadios • Nematodos ~ 750,000 ESTs (excl. C. el.) • Trematodos •Algunos cestodos Datos dbEST (NCBI), 08/11 • Estrategia • “clásica” ~450,000 ESTs

7. ‘Genoma parcial’ del organismo Tomado de Parkinson y Blaxter (2004) Methods in Mol Biol270: 93-126 Ensamblaje (‘clustering’) y análisis de ESTs

8. Deuterostomados Lofotrocozoarios Protostomados Ecdisozoarios Anelids Tomado de Balavoine G. ‘Evolution and development of protostomes’ Los helmintos… Nematodos y Platelmintos (Cestodos y Trematodos) integran grupos distintos de metazoarios

9. ¿Qué tipo de información se busca extraer de los datos genómicos? Genomas de ● Datos acerca de la evolución del parasitismo ● Datos acerca de las interacciones parásito-hospedero

10. Estudios genómicos en “helmintos” de vida libre (organismos modelos) Genomas de: ● Nematodo Caenorhabditis elegans (1997) - http://www.wormbase.org (Caenorhabditis spp. 4 especies adicionales) ● Platelminto - Turbelario Schmidtea mediterranea (2008) - http://smedgd.neuro.utah.edu

11. Estudios genómicos en parásitos helmintos ● Nematodos Brugia malayi Meloidogyne spp. (M. incognita y M. hapla) Trichinella spiralis Ascaris suum Haemonchus contortus - 1a versión terminada y publicada (2007, 2008 y 2011 y 2013) ● Platelmintos Trematodos Schistosoma spp. (S. mansoni, S. japonicum y S. haematobium) - 1a versión terminada y publicada (2009 y 2012) Cestodos Echinococcus spp. (E. multilocularis y E. granulosus) Taenia solium Hymenolepis microstoma - 1a versión terminada y publicada (2013)

12. Información genómica y/o transcriptómica en el phylum nematodos * * * * * * * * Filogenia (ARNr 18S) especies con proyecto EST ( ‘genoma parcial’ ) y/oproyecto genoma (*) * * Modificado de: Mitreva y colTrends in Genetics 21(10): 573-81, 2005

13. Secuencias predichas de “genomas parciales”vs proteoma de C. elegans Tomado de: Parkinson y col. Nature Genetics 36(12): 1259-67, 2004

14. C. elegans Tomado de: Parkinson y col. Nature Genetics 36(12): 1259-67, 2004 “Espacio génico” del phylumNematodos C. elegans: 20,000 genes (12,000 flías) 22,000 polipéptidos Otros: 30 especies (28 parásitos) ~ 93,000 “genes” (60,000 flías) (> 250,000 ESTs) •50% sin homólogos fuera del phylum Nematodos • 15% en todos los grupos de nematodos: la mayoría (90%) con homólogos fuera del phylum ~ 1,300 específicos de nematodos

15. Aunque poseen un plano corporal uniforme… • los nematodos son extraordinariamente diversos • el genoma de C. elegans representa una porción pequeña del espacio génico del phylum

16. Algunos genes identificados a partir de ESTs • poseen ortólogos fuera del phylum • no están presentes en el genoma de C. elegans • genes perdidos en la evolución del linaje de C. elegans • genes asociados con el parasitismo (?)

17. El complejo de genes Hox en la evolución de los nematodos Tomado de: Aboobaker y Blaxter, Current Biology 13: 37-40, 2003

18. Genes asociados con el parasitismo: ‘factores de virulencia’ adquiridos por transferencia horizontal Meloidogyne spp. (parásitos de las raíces de plantas) habrían adquirido 12 genes de bacterias del suelo por transferencia horizontal (HGT) Incongruencia entre las filogenias del gen y de la especie Varios genes habrían sido “donados” por rizobios (bacterias fijadoras de nitrógeno en nódulos en raíces de leguminosas) con los que estos nematodos comparten . el nicho . los mecanismos de interacción con la planta NodL: N-acetil transferasa que participa en la síntesis del factor Nod, glicolípido involucrado en el intercambio de señales entre la bacteria y la planta Tomado de: Mitreva et al. TIG 21(10): 573-81, 2005

19. NEMBASE: una base de datos de ESTs de nematodos http://www.nematodes.org Tomado de: B. Elsworth et al, International Journal for Parasitology 41 (2011) 881–894

20. “NEMBASEen acción” ● Relevamiento de genes de Tylenchina potencialmente adquiridos por HGT Pregunta: ¿Qué genes específicos de Tylenchina (aparte de los de celulasas) habrían sido adquiridos por HGT? Se trata de identificar tribus de proteínas de Tylenchina, sin contrapartes en otros nematodos y con similtud significativa con genes de fuera del phylum. Se identificó una tribu con alta homología con proteínas virales (ARN polimerasas ARN dependientes de Picornavirales) ¿Podría tratarse de proteínas derivadas de virus de nematodos?

21. “NEMBASEen acción” ● Genes de Strongylida asociados al parasitismo Pregunta: ¿Qué genes específicos de Strongylida pueden considerarse asociados al parasitismo? ● Genes involucrados con la biosíntesis del hemo en filarias Pregunta: ¿Existen diferencias en la biosíntesis del hemo entre las filarias que poseen la bacteria endosimbionte Wolbachia y otros nematodos?

22. Estudios genómicos ennematodos http://www.nematode.net Ver también Martin et al (2009) NAR

23. “Next (second)-generation sequencing” (NGS) Una revolución en las tecnologías de secuenciación: cambio cualitativo en los costos y el volumen de datos generados Tomado de Kumar et al Worm1: 42-50, 2012 Transcriptómica (RNASeq) y genómica de “nueva generación”

24. Tomado de: ‘Molecular Biology of the Cell’ Alberts y col, 3a Ed, 1994 (Fig 7.24) • contienen UTRs 5’ y 3’ • incluyen información de ARNnc (que no codifican para proteínas) • no contienen intrones • frecuencia nivel de transcripción Secuenciación de ADN vs secuenciación de ADNc Secuenciación sin clonado Tomado de: ‘Molecular Biology of the Cell’ Alberts y col, 3a Ed, 1994 (Fig 7.24)

25. Trancriptómica (RNASeq) de nueva generación de nematodos aAccessed on the NCBI SRA interface (http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/); excluding data for Caenorhabditis species. WUGSC is the Washington University of St. Louis Genome Sequencing Center. Data from some published studies are not available on public databases [Heterodea glycines ]. Clade: Nematode clades are as defined in Blaxter et al. 1998 . I: Dorylaimia, including Dorylaimida and Trichocephalida; II: Enoplia; III: Spirurina, including Spiruromorpha and Ascaridida; IV: Tylenchina, including Cephalobomorpha, Strongyloidoiea and Tylenchida; V: Rhabditina, including Rhabditida, Strongylida and Diplogasterida. a: Data not available. The data submitters say that their analyses have ‘produced sequences from 16 814 isogroups and 47 252 singletons’. Tomado de Blaxter et al Parasite Immunology34: 108-120, 2012

26. Caracterización del transcriptoma de Ancylostoma caninum 48,326 transcriptos de Ac 21,000 genes de Ce 11,609 genes de Bm Transcriptos de Ac con homólogos en Ce y Bm Transcriptos de Bm con homólogos en Ce y Ac La comparación revela que: • el transcriptoma de los nematodos es diverso (tanto A. caninum como C. elegans integran el Clado V) •existirían genes “relacionados con el parasitismo” (A. caninum (Clado V) y B. malayi (Clado III) integran clados distintos) Tomado de: Wang y col. BMC Genomics 211:307, 2010

27. Genomas de nematodos publicados Tomado de Kumar et al Worm1: 42-50, 2012

28. http://www.nematodegenomes.org Tomado de Kumar et al Worm1: 42-50, 2012

29. “50 Helminth Genomes Iniciative” (WTSI) http://www.sanger.ac.uk/research/initiatives/globalhealth/research/ helminthgenomes/

30. Estudios genómicos en parásitos helmintos ● Nematodos Brugia malayi Meloidogyne spp. (M. incognita y M. hapla) Trichinella spiralis Ascaris suum Haemonchus contortus - 1a versión terminada y publicada (2007, 2008 y 2011 y 2013) ● Platelmintos Trematodos Schistosoma spp. (S. mansoni, S. japonicum y S. haematobium) - 1a versión terminada y publicada (2009 y 2012) Cestodos Echinococcus spp. (E. multilocularis y E. granulosus) Taenia solium Hymenolepis microstoma - 1a versión terminada y publicada (2013)

31. Evolución del parasitismo de cestodos Evolución del parasitismo de cestodos Tomado de Tsai et al Nature 2013

32. “Heatmap” de vías metabólicas de platelmintos: versatilidad metabólica reducida Tomado de Tsai et al Nature 2013

33. Metabolismo reducido y dependiente del hospedero Metabolismo de lípidos reducido: no sintetizan ácidos grasos ni colesterol; no obtienen energía de los ácidos grasos Posible ausencia de peroxisomas Metabolismo de aminoácidos reducido: No sintetizan Phe, Trp, Tyr ni Lys como los trematodos, además la biosíntesis de Pro y Ser se habría perdido en el linaje de los cestodos Ausencia de síntesis de molibdopterina y de molibdoenzimas

34. Detoxificación reducida y dependiente del hospedero Citocromo P450: tan sólo 1 gen (mamíferos del orden de 80 genes, Schmidtea mediterranea del orden de 50) Ausencia de tiorredoxina y glutatión reductasas convencionales (aunque expansión de tiorredoxinas) Familias multigénicas de GSTs de clase µ, no así de otras clases de GSTs

35. Desafíos de la era ‘post-genómica’... •interpretar el genoma (ADN) y el transcriptoma (ADNc derivados de genes expresados en distintos estadios) junto con estudios de las proteínas expresadas (proteoma) y vías metabólicas (metaboloma) de los organismos • comparar estos procesos fisiológicos con los de los hospederos para contribuir al desarrollo de nuevas estrategias de control de las parasitosis

36. Bibliografía • Brindley et al (2009) Helminth genomics: the implications for human health. PLoS NTD 3(10):e538 Una revisión actualizada a 2009 de los proyectos genoma y transcriptoma de helmintos patógenos del hombre. Genómica y transcriptómica de nematodos: • Parkinson & Blaxter (2004) Expressed sequence tags: analysis and annotation. Methods Mol Biol 270: 93 Capítulo de un volumen de protocolos experimentales que describe una plataforma de herramientas para el análisis de ESTs. • Parkinson et al (2004) A transcriptomic analysis of the phylum Nematoda. Nat Genet 36(12):1259 Una estudio global del transcriptoma de 30 especies de nematodos, incluyendo 28 parásitos. • Mitreva et al (2005) Comparative genomics of nematodes. Trends in genetics 21(10): 573 Otra revisión que enfatiza la idea de diversidad molecular del Phylum; incluye las evidencias de adquisición de genes de bacterias fijadoras de nitrógeno por transferencia horizontal por parte de los nematodos de plantas. • Wang et al (2010) Characterizing Ancylostoma caninum transcriptome and nematode diversity. BMC Genomics 11:307 Caracterización muy completa del transcriptoma de un helminto, utilizando tanto estrategias de generación de ESTs “clásicas” como con las nuevas herramientas de secuenciación. • Blaxter et al (2012) Genomics and transcriptomics across the diversity of the Nematoda. Parasite Immunology 34: 108 Revisión de las estrategias usadas para generar información molecular del Phylum y de las herramientas disponibles para el análisis de los datos. • Kumar et al (2012) Toward 959 nematode genomes. Worm 1: 42 Artículo que revisa algunas de las ideas discutidas en la revisión anterior y presenta el proyecto de secuenciar 100 (959) genomas de nematodos.

37. Bibliografía Genómica y transcriptómica de platelmintos: • Verjovski-Almeida et al (2003) Transcriptome analysis of the acoelomate human parasite Schistosoma mansoni. Nat Genet 35(2):148 • Hu et al (2003) Evolutionary and biomedical implications of a Schistosoma japonicum complementary DNA resource. Nat Genet 35(2):139 Artículos que describen análisis exhaustivos del transcriptoma (ESTs) de dos especies de Schistosoma patógenas del hombre. • Protasio, Tsai et al (2012) A systematically improved high quality genome and transcriptome of the human blood fluke Schistosoma mansoni. PLoS Negl Trop Dis 6(1): e1455 Artículo que describe el análisis más completo disponible hasta el momento del genoma de S. mansoni integrando datos de un relevamiento exhaustivo del transcriptoma, utilizando RNASeq. • Tsai, Zarowiecki, Holroyd et al (2013) The genomes of four tapeworm species reveal adaptations to parasitism. Nature 270: 93 Artículo que describe la 1a versión del genoma de cuatro especies de cestodos (una secuencia de alta calidad de Echinococcus multilocularis y “borradores” de los genomas de E. granulosus, Taenia solium e Hymenolepis microstoma). • Los datos de genómica de platelmintos están disponibles en: GeneDB http://www.genedb.org/Homepage SchistoDB http://SchistoDB.net