1 / 57

Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk

Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk. - Botanická informatika ako časť rozvíjajúcej sa disciplíny “biodiversity informatics” Medzinárodné štandardy na tvorbu taxonomických databáz - Metadáta a ich popis

karan
Download Presentation

Botanick á informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol. marhold @savba.sk

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Botanická informatika 2 Karol Marhold kontakt: karol.marhold@savba.sk

  2. - Botanická informatika ako časť rozvíjajúcej sa disciplíny “biodiversity informatics” • Medzinárodné štandardy na tvorbu taxonomických databáz • - Metadáta a ich popis • Digitalizácia jednotkových údajov z herbárových zbierok, národné a medzinárodné projekty • Medzinárodné projekty a medzinárodné organizácie v oblasti informačných zdrojov o biodiverzite • Ďalšie informačné databázy dostupné na internete

  3. Biologické zbierky • Zbierky prírodných objektov (herbáre, zoologické zbierky) • Živé zbierky (záhrady, génové banky, zbierky kultúr) • Zbierky dát (výsledky mapovania výskytu druhov, výsledky monitoringu) • Multimediálne zbierky (zvuky, obrázky) • Prírodné látky (DNA) • Dáta o zbierkach • - Metadáta – údaje popisujúce zbierku • Jednotkové dáta – dáta popisujúce jednotlivé objekty v zbierkach

  4. Metadáta - obsah Popisné dáta Všetky záznamy (na každej úrovni): názov, opis, adresa, kontaktná osoba, URL Údaje špecifikujúce zbierky: druh zbierky, druh objektov, počet objektov, počet druhov, kód zbierky (Index Herbariorum, atp.), stupeň digitalizácie Kľúčové slová Taxonomické skupiny, geografický rozsah, časové rozpätie

  5. Metadáta - štruktúra, príklad Organizácia Zbierky Časti zbierok

  6. Detailne štrukturovaný záznam vo formáte xml  <site> <country>Afghanistan</country> <place>Tangi Gharuh</place> <lat>34.16</lat> <long>69.48</long> </site> <date> <day>21</day> <month>8</month> <year>1952</year> </date> 

  7. Neštrukturovaný záznam vo formáte xml  <site> <text> BRASIL, Rio Grande do Sul: Parque Nacional dos Aparados da Serra, Itaimbezinho (mun. Cambará do Sul). Nascasca de árvore da mata: junto ao canyon. Alt. 1200 m. </text> </site> <date> <text> 16 Apr. 1993 </text> </date> 

  8. http://www.biocase.org/index.shtml

  9. Schéma prenosu jednotkových dát BioCASE software C

  10. http://www.gbif.org/

  11. Global Biodiversity Information Facility

  12. Resource Resource Resource Resource Resource Resource Metadata Metadata Metadata Metadata Metadata Metadata Architektúra GBIF User Metadata and name query ( UDDI ) ( UDDI ) Provider query Index Index Portal Portal Registry Registry Request Marshaller Request Marshaller Metadata Metadata Cache Cache Institutions Providers Services Institutions Providers Services Available providers Metadata response Query Engine Query Engine Accounting Accounting Publish availability Metadata and statistics Full data response DiGIR DiGIR Full data query Synonyms SOAP SOAP Name provider Name provider Data provider Data provider HTTP HTTP Provider Services Provider Services Provider Services Provider Services other other Resource Resource Metadata Metadata

  13. Nodes Services Records Informačný model GBIF GBIF Portal Participant Nodes Data Nodes holds metadata for Services Registry provide Taxonomic Name Service Specimen/Observation Service General Resource Service Name List Service … holds metadata for supply Taxonomic Names Specimen/Observation Records HTML Pages Images … Biodiversity Data Index provides index of

  14. Rôzne možnosti poskytovania dát v GBIF GBIFIndex GBIFPortál GBIFRegister Portál účastníkaB Portál účastníka C Portál účastníkaA Depozit dát Depozit dát Decentralizované Centralizované

  15. Euro+Med PlantBase - European Initiative for the Euro+Med PlantBase Trvanie: IX. 2000 - VIII. 2003 www:www.euromed.org.uk partnerské krajiny projektu

  16. http://ww2.bgbm.org/EuroPlusMed/query.asp

  17. A Pan-European Species-directories Infrastructure - PESI Trvanie: V. 2008 - IV. 2011 www:www.eu-nomen.eu/portal/index.php Integrácia databáz: Vyššie rastliny (Euro+Med PlantBase) Terestrická makrofauna (Fauna Europaea) Morské organizmy všetkých skupín (European Register of Marine Species)

  18. Provisional Global Plant Checklist http://www.bgbm.fu-berlin.de/IOPI/GPC/query.asp • Flora Europaea (ESFEDS) • Catalogue of the Flowering Plants and Gymnosperms of Peru (Peru Checklist) • Australian Plant Name Index (APNI) • USDA Plants Database (PLANTS) • Vascular Plants of Russia and Adjacent Countries • Med-Checklist (Vol. 1 & 3) • Euro+Med preliminary checklist (version: May, 2002)

  19. http://www.floraiberica.org

  20. Federácia databáz (založená v roku 1996 zástupcami 18 globálnych databáz) • Cieľom je vytvoriť globálnu databázu, ktorá by zahŕňala všetky známe organizmy • Spolupráca s ITIS na projekte Catalogue of Life • ITIS – Integrated Taxonomic Information System (partnerstvo agentúr a organizácií z USA, Kanady a Mexika)

  21. http://www.sp2000.org

  22. http://www.chromosomes.sav.sk/

  23. http://www.cbif.gc.ca/spp_pages/brass/index_e.php

More Related