rna interferens n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
RNA-interferens PowerPoint Presentation
Download Presentation
RNA-interferens

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 24

RNA-interferens - PowerPoint PPT Presentation


  • 88 Views
  • Uploaded on

RNA-interferens. «Junk DNA». Human genome project 1,5 % av genomet koder for proteiner Hva med resten? Ikke-kodende? Søppel? Genregulering Epigenetisk regulering. Cytoplasma. RNA. Det finnes store mengder RNA som ikke translateres videre til proteiner: Ribosomalt RNA Transfer-RNA

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about 'RNA-interferens' - rocco


Download Now An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
junk dna
«Junk DNA»
  • Human genomeproject
  • 1,5 % av genomet koder for proteiner
  • Hva med resten? Ikke-kodende? Søppel?
  • Genregulering
  • Epigenetisk regulering
slide4
RNA
  • Det finnes store mengder RNA som ikke translateres videre til proteiner:
    • Ribosomalt RNA
    • Transfer-RNA
    • Ribozymer
    • InterferendeRNA-molekyler
      • Sistnevnte har vært kjent siden 70-tallet, men har vært avfeid som små degradasjonsprodukter
rna interferens1
RNA-interferens
  • siRNA (små interfererende RNA)
  • Mikro-RNA
  • Mellomformer
sirna
siRNA
  • Antatt fylogenetisk eldst. Forsvar mot virus eller andre innkommende genetisk elementer.
  • Antatt å være viktigst for leddyr, nematoder, planter og sopp
  • Oftest eksternt dobbelttrådet RNA (viralt RNA) som kuttes opp
  • 21-25 bp med to overhengende baser i hver ende
  • 100% match med målsekvens – fører til destruksjon av mål-RNA
  • Innkommende RNA blir brukt som våpen mot «seg selv»
sirna1
siRNA
  • «Primitivt» immunsystem
  • Spesifikt forsvar mot infeksiøse agens
  • Hukommelse?
mikro rna
Mikro-RNA
  • Reguleringsmolekyl som dannes av cellen selv
  • Foldet struktur med hårnål-former som kuttes opp
  • Ikke nødvendigvis 100% match med målsekvens (hyppigst 100% hos planter, sjelden hos pattedyr
  • 19-23 bp, med 2 overhengende baser i hver ende
  • Antatt å være viktigst hos planter og mennesker
  • Utgjør 2-3% av det humane genom, og antas å være involvet i regulering av ca 30% av humane gener.
oppdagelsen
Oppdagelsen
  • Petunia
    • Tilførsel av pigmentgen med kraftig promotor ga uventet effekt: Førte til at mange planter delvis mistet fargen helt. Både tilført gen og plantens eget ble inaktivert. Kalt ko-suppresjon (Napoli 1990)
oppdagelsen forts
Oppdagelsen forts.
  • Caenorhabditiselegans
    • (Fire 1998). RNA hadde da blitt sirklet inn som sannsynlig substrat. Fire gjorde de avgjørende forsøkende på C. elegans og påviste at korte komplementære dsRNA-fragmenter var tilstrekkelig for å gi tilsvarende effekt på proteinsyntesen hos denne organismen.
    • Mange viktige oppdagelser siden har vært gjort under forsøk med C. elegans.
rnai apparatet
RNAi-apparatet
  • Dicer
  • RISC
  • Argonaut (subenheten som står for kuttingen i RISC)
unntakene
Unntakene
  • Endogene siRNA (av gener med mange repetitive regioner)
    • involvert i kromatinregulering
  • ExogenemiRNA
    • Flere DNA-virus (F.eks. CMV) koder for miRNA-molekyler som kan hemme cellens antivirale respons)
  • shRNA
    • Bioteknologisk løsning der man lager små RNA-molekyler som danner én enkelt hairpinsom kan fungere som siRNA. Dannes ved transkripsjon av f.eks. plasmid i målcellen.
anvendelse
Anvendelse
  • Forskningsverktøy
    • Gen-knockdown i cellekulturer
      • Syntetiske dsRNA med ønsket spesifisitet
      • Plasmider eller virus (retrovirus, AAV) som vektor
  • Behandling:
    • Virale infeksjoner
    • Kreft
    • Degenerative sykdommer
virale infeksjoner
Virale infeksjoner
  • RSV
    • Knockdown av RSV’s N-protein (nukleoprotein)
    • siRNA tilført med nesespray
    • Fase 2-studie (DeVincenzo 2010)
    • 88 pasienter, randomisert, dobbeltblind
    • 38% reduksjon i antall dyrkningsbekreftede RSV-infeksjoner (p=0,009)
virale infeksjoner1
Virale infeksjoner
  • Hepatitt C
    • En rekke in vitro-forsøk har vist meget god effekt
    • Levering av molekylet til leveren er en utfordring
    • Bæremolekyler (lipider, apolipoprotein m.m.)
    • På forsøksstadiet
    • microRNA-122 (miR-122) er viktig for HCV-translasjon (uviss mekanisme)
    • Helsyntetiske nukleinsyresekvenser (LNA) er benyttet på sjimpanser med HCV-infeksjon. Ga markant virus-suppresjon.
    • Fase 1-studie på mennesker på gang
cancer
Cancer
  • Cancer pancreatis
    • Knockdown av KRAS-genet med siRNA tilført i biodegraderbarepolymerer. Injisert direkte i tumoren. Fase 2-studie på gang
  • Familiær tykktarmspolypose
    • Knockdown av beta-kateninmed siRNA produsert av rekombinant E.coli tilført peroralt.
    • Gode resultater i dyreforsøk. Fase 1 på gang.
nevrodegenerative sykdommer
Nevrodegenerative sykdommer
  • Huntingtons sykdom
    • Knockdown av htt (huntingtonproteinet)
    • Museforsøk. shRNA-gen satt inn i adenoassosiert virus.
    • Injisert IV
    • Signifikant symtomreduksjon og reduksjon av patologiske lesjoner i hjerne.
fordeler
Fordeler
  • Små doser – få bivirkninger
  • Lett å designe og produsere
  • Spesifikk effekt
utfordringer
Utfordringer
  • RNA-levering til målorgan
  • Nukleaser i vev
  • Immunaktivering (via TLR)
  • Off target effects
  • Escape-mutasjoner
  • Levertoksisitet i høye doser
crispr
CRISPR
  • Lignende system hos bakterier
  • Utgangspunktet er her DNA-molekyler
  • Forsvar mot bateriofager eller plasmider
  • Biter av innkommende DNA blir brukt som våpen mot andre identiske sekvenser
  • Clusteredregularlyinterspacedshortpalindromicrepeats (CRISPR)