La diversité génétique et les tests d’assignation sur 7 races bovines françaises basés sur l’analyse d’ADN microsatellit

1. La diversité génétique et les tests d’assignation sur 7 races bovines françaises basés sur l’analyse d’ADN microsatellite

2. INTRODUCTION • Sélection perte de diversité génétique • Diversité génétique: adaptation aux changements de l’environnement, maladies, conditions de marché • But: déterminer le degré de parenté entre les différentes races bovines

3. 1) Echantillon MATERIEL ET METHODE

4. 2) Amplification microsatellite et analyse a)prélèvement sang+sperme: extraction ADN génomique. b)analyse de 23 marqueurs microsatellites c)amplification par 12 PCR d)Séparation sur gel

5. 3)Analyse de la diversité génétique a) utilisation de divers logiciels (ex: GENEPOP) b) analyse en composantes principales (PCA)

6. LES REGROUPEMENTS DE POPULATION • Nombreuses études: identification de la pop d’origine de l’individu par les microsatellites • Nombreuses approches: utilisation de marqueurs moléculaires • Comparaison de 2 approches en utilisant les fréquences alleliques des pop observées pour assigner un individu à une race 1)Méthode « directe » (Buchanan et al.) 2)Méthode basée sur simulation et coeff. De certitude

7. PROBLEMATIQUE • 2 restrictions à la 1ère méthode: • 1)pas de valeur P • 2)une seule pop. comme source probable d’un individu.

8. Suggestion: approche de simulation-exclusion exclusion des pop comme origine des individus et valeur P

9. Résultats 1)Les marqueurs de microsatellites: au total 215 allèles ont été observés à partir de 23 loci étudiés 2)Variabilité génétique: plus élevée dans les races locales que chez la Holstein *cas de la Holstein: 2 origines différentes a)50% de fermes locales b)50% de bv frçais provenant de l’insémination: déficit hétérozygote marqué

10. 3) Relations entre races: 3 groupements a)4 races alpines b)Charolais et Limousine c)Holstein française 4) Assignation de race cf tableau

13. DISCUSSION • Diversité génétique: essentielle pr productivité de l’agriculture or elle s’amoindrit 30% de races d’élevage menacées d’extinction en Europe Pq? • Isolement génétique • Manipulation biologique (ex: IA)

14. L’outil moléculaire: les séq microsatellites But: étudier l’histoire évolutive de chaque pop.et les relation phylogénétiques L’étude a éstimé la diversité génétique de +rs races bovines: des races domestiques avec effectif réduit( ex Tarentaise – de 15000 Anx) ont une variabilité génétique plus grande que des pop très largement répendues (Holstein 1 million d’individus)

15. Pq? • Course à l’amélioration dc petit nombre de reproducteurs • Généralisation de l’IA: amplification de ce phénomène et accroissement de la consanguinité

16. CONLUSION Les races alpines(locales) présentent des variabilités génétiques supérieures aux races commerciales (Holstein, Charolais): ces races représentent donc un potentiel évolutif important, il est donc indispensable de conserver les races traditionnelles comme réservoir génétique