Funkcionális genomika

1. Funkcionális genomika Gyakorlati alkalmazások

2. Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások bevezetés Párosítsuk a gélfotóra felvitt mintákat a megfelelő olvadáspontú termékekkel!

3. Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások bevezetés 5 2 6 3 4 Párosítsuk a gélfotóra felvitt mintákat a megfelelő olvadáspontú termékekkel!

4. Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások bevezetés 5 2 6 3 4 Ha a vizsgálat tárgya egy STR sorozat volt, mit mondhatunk el az egyes mintákról? (genotípus)

5. Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások bevezetés 5 2 6 3 4 Az STR-nek 2-típusa fordul elő az 5 vizsgált egyénben 2-es, 6-os: homozigóta, sokszor ismétlődik 3-as, 4-es: heterozigóta 5-ös: homozigóta, kevés ismétlődés

6. 3 páciens „A” gén expressziójának vizsgálata Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások II. pontmutáció detektálása Mire következtethetünk az olvadáspont analízisből?

7. 3 páciens „A” gén expressziójának vizsgálata Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások I. pontmutáció detektálása Mire következtethetünk az olvadáspont analízisből? 3 genotípus

8. Homozogóta vad típus 3 páciens „A” gén expressziójának vizsgálata Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások I. pontmutáció detektálása Mire következtethetünk az olvadáspont analízisből? 3 genotípus

9. Homozogóta vad típus 3 páciens „A” gén expressziójának vizsgálata Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások I. pontmutáció detektálása Heterozigóta Mire következtethetünk az olvadáspont analízisből? 3 genotípus

10. Homozogóta vad típus 3 páciens „A” gén expressziójának vizsgálata vizsgálata Homozogóta mutáns Real-Time PCR gyakorlati alkalmazások pontmutáció detektálása Heterozigóta Mire következtethetünk az olvadáspont analízisből? 3 genotípus

11. Egészséges Beteg Mit mondhatunk a betegség és a génexpresszió viszonyáról?

12. Egészséges Beteg Az adott génről képződő mRNS kópiaszám jelentősen lecsökken a betegekben. -> Kópiaszám meghatározás

13. Egészséges Beteg Háttérfluoreszcencia? Log-lineár fázis?

14. Egészséges Beteg

15. Egészséges Beteg Küszöbfluoreszcencia beállítása (Threshold)

16. Egészséges Beteg

17. Egészséges Beteg Ct értékek megállapítása

18. Egészséges Beteg

19. Egészséges Beteg Egészséges: 21 Beteg: 31 ∆Ct=2 (Ctb-Cte)

20. DNS chipek használatagénexpresszió változása az időben Mit állapíthatunk meg? A B C D v 0h 2h 4h 6h 8h 10h

21. DNS chipek használatagénexpresszió változása az időben A gén folyamatosan, állandó szinten expresszálódik, B gén csökkenő mértékben, C növekszik, D adott sejttípusban nem fejeződik ki A B C D v 0h 2h 4h 6h 8h 10h

22. Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Q és T gének minden időpontban ugyanazt az értéket veszik fel, egyértelmű a transzkripciós válaszaik közti hasonlóság. Mi a helyzet az S és V génekkel?

23. Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Megoldás: Pearson-féle korreláció Azt számszerűsíti, hogy két gén expressziós mintázata milyen mértékben emelkedik, vagy csökken együttesen.

24. Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Megoldás: Pearson-féle korreláció Azt számszerűsíti, hogy két gén expressziós mintázata milyen mértékben emelkedik, vagy csökken együttesen. =1: teljesen együtt mozognak =-1: teljesen együtt mozognak, de ellenkező irányba 0: a 2 gén expressziós változása nem esik egybe

25. Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Q és S gének összehasonlítása: 1: átlag és szórás kiszámítása mindkét génre Xs=2,83 SS=1,067 Xq= 2,5 Sq= 0,957

26. Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Q és S gének összehasonlítása: 2: S és Q sorok értékeiből kivonni az átlagukat és osztani a szórással: Snorm: -1,7; 0,16; 1,1; 1,1; 0,16; -0,5 Qnorm: -1,5; -0,5; 0,5; 1,5; 0,5; -0,5

27. Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Q és S gének összehasonlítása: Q1-et S1-el, Q2-t S2-vel, stb összeszorozni, a szorzatokat összeadni, majd elosztani az elemszámmal (6).

28. Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Q és S gének összehasonlítása: Végeredmény: ρ(Q,S)=0,897

29. Expressziós mintázatok közötti hasonlóság mérése Végezzétek el otthon ugyanezt a T és V génekkel Ρ (T,V)= -1