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J. Mol. Biol. (1990), 403-410 - PowerPoint PPT Presentation


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Uno de los artículos científicos más citados de la historia de la biología molecular. J. Mol. Biol. (1990), 403-410. B asic L ocal A lignment S earch T ool. E s la herramienta de software más importante de la Bioinformática porque:.

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Presentation Transcript

Uno de los artículos científicos más citados de la historia de la biología molecular.

J. Mol. Biol. (1990), 403-410


B historia de la biología molecular.asic Local Alignment Search Tool

Es la herramienta de software más importante de la Bioinformática porque:

1.- La comparación de secuencias permite obtener información sobre secuencias desconocidas

2.- Es un método rápido

3.- Es un método fiable, tanto por la solidez de su análisis estadístico como por el grado de desarrollo del software

4.- Es un método flexible, que permite comparar secuencias en múltiples escenarios

5.- Es una herramienta consolidada y de uso generalizado, ya que cualquier persona con un ordenador conectado a Internet la puede utilizar

Características del programa BLAST


Mapping – ID historia de la biología molecular.– Exploring

Usos de BLAST


BLAST compara una secuencia problema ( historia de la biología molecular.query sequence) de nucleótidos o de proteínas con todas las secuencias de una BD para encontrar regiones de similitud local. Al mismo tiempo calcula la significación estadística de cada resultado. Permite inferir relaciones funcionales y evolutivas, así como identificar miembros de una familia de genes o de proteínas.

¿ Para qué sirve BLAST ?


Menú de BLAST historia de la biología molecular.

Selecciona la versión de BLAST que vas a utilizar

Opciones avanzadas de BLAST

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi


Versiones básicas de BLAST (1) historia de la biología molecular.


Versiones especializadas de BLAST historia de la biología molecular.


Para hacer una búsqueda con BLAST (NCBI) historia de la biología molecular.

1.- http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

2.- Escoge una versión del programa BLAST

3.- Introduce la secuencia problema

4.- Selecciona la base de datos

5.- Selecciona el algoritmo adecuado a la búsqueda

5.- Selecciona los parámetros de la búsqueda

6.- ¡BLAST!

7.- Analiza los resultados

¿ Cómo se hace una búsqueda con BLAST ?


1.- Escoge la versión del programa BLAST adecuada historia de la biología molecular.


Formulario de búsqueda en BLASTP historia de la biología molecular.


1.- Teclea la secuencia completa historia de la biología molecular.

2.- Pega una secuencia en formato FASTA

3.- Introduce el identificador de la secuencia

Opciones

2.- Introduce la secuencia problema


Menú desplegable para seleccionar la BD historia de la biología molecular.

Botones de ayuda

3.- Selecciona la BD y organismo


BLASTP historia de la biología molecular.

BLASTN

4.- Selecciona el algoritmo adecuado


La selección de los parámetros condiciona notablemente los resultados de la búsqueda

Si no lo tienes claro, utiliza los parámetros que aparecen por defecto

5.- Selecciona los parámetros de la búsqueda


6.- Inicia la búsqueda resultados de la búsqueda


La búsqueda se está realizando… resultados de la búsqueda


Se puede cambiar el formato de presentación de los resultados.

Más información.

Después del encabezamiento, los resultados aparecen divididos en tres grandes bloques: en forma de gráfico, en una tabla que describe las secuencias encontradas y en forma de alineamiento.

7.- Página con los resultados de la búsqueda





Enlaces a la BD Protein del NCBI resultados.

Página de resultados: la tabla


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/tutorial/Altschul-1.html resultados.

La estadística que hay detrás de BLAST




Si no quieres trabajar conectado a Internet para preservar la confidencialidad de los datos, puedes descargarte el programa y las BD para instalarlos en un ordenador personal.

Puedes descargar gratuitamente el programa y las BD de BLAST


ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ la confidencialidad de los datos, puedes descargarte el programa y las BD para instalarlos en un ordenador personal.

Directorio de descargas del programa BLAST


ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ la confidencialidad de los datos, puedes descargarte el programa y las BD para instalarlos en un ordenador personal.

Directorio de descargas de las BD de BLAST


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762/ la confidencialidad de los datos, puedes descargarte el programa y las BD para instalarlos en un ordenador personal.

Instalación del programa

Comandos para usar el programa

Puedes descargar el manual de uso de BLAST


(Protein) la confidencialidad de los datos, puedes descargarte el programa y las BD para instalarlos en un ordenador personal.

(Protein)

(Protein)

(Protein)

Versiones básicas de BLAST (2)


Hay tres buenas razones para comparar secuencias a nivel de proteína en vez de a nivel de nucleótidos:

1.- El código genético está degenerado: secuencias de nucleótidos aparentemente muy distintas pueden codificar la misma proteína.

2.- Las secuencias de proteínas contienen más información (4,32 bits por residuo) que las secuencias de nucleótidos (2 bits por residuo). Esto implica que con secuencias proteicas se pueden obtener resultados significativos con alineamientos más cortos.

3.- Las matrices de sustitución (PAM, BLOSUM) utilizadas para puntuar alineamientos de proteínas son mucho más sofisticadas que las utilizadas para alinear nucleótidos y reflejan mucho mejor la similitud biológica entres dos secuencias.

Lógicamente, las secuencias no codificantes sólo se pueden comparar a nivel de nucleótidos.

¿Para qué traducir las secuencias de nucleótidos?


Se suele utilizar para: proteína en vez de a nivel de nucleótidos:

1.- Identificar una proteína (el parecido es del 100%)

2.- Identificar proteínas homólogas

3.- Seleccionar proteínas homólogas de varios organismos para hacer alineamientos múltiples de secuencia o análisis filogenéticos

4.- Identificar regiones comunes en proteínas distintas (dominios conservados)

BLASTP


BLASTP proteína en vez de a nivel de nucleótidos:


Se suele utilizar para: proteína en vez de a nivel de nucleótidos:

1.- Localizar en un genoma oligonucleótidos, cDNA, EST, productos de PCR o elementos repetitivos

2.- Identificación de secuencias de DNA y anotación del DNA genómico

3.- Localizar secuencias homólogas en otras especies (genes de RNA o proteínas, regiones reguladoras, etc.)

4.- Generación de contigs a partir de las lecturas cortas obtenidas durante la secuenciación

5.- Eliminar subsecuencias pertenecientes a vectores

6.- Detectar otros tipos de contaminación

BLASTN


When a query sequence is searched against a database, both strands of the query are examined. The plus strand is the sequence in the FASTA file. The minus strand is the reverse complement of this sequence.

If the similarity between the query and subject sequences is on the same strand, both sequences are labeled as being on the plus strand and the coordinates increase from left to right. Even if an alignment is labeled as "Plus/Plus," the encoded gene may be on the minus strand.

When the minus strand of the query sequence is similar to a database sequence, the alignment is reported with either the subject or query sequence in reversed coordinates. In NCBI-BLAST, the database sequences are flipped, but in WU-BLAST, the query coordinates are flipped.

Las hebras Plus y Minus


NCBI-BLAST (same strand) strands of the query are examined. The

NCBI-BLAST (different strand)

WU-BLAST (different strand)

Las hebras Plus y Minus


BLASTX se utiliza cuando se tiene sospecha de que la secuencia de nucleótidos codifica una proteína

Se suele utilizar para:

1.- Localizar genes que codifican proteínas en el DNA genómico

2.- Determinar si un transcrito (en forma de cDNA o EST) corresponde a una proteína conocida

3.- Distinguir las regiones codificantes y no codificantes de un mRNA

BLASTX


Alignments from BLASTX are complicated by both strand and reading frame. The query sequence is translated in three frames on both the plus and minus strands. With three nucleotides per codon, the coordinates of the query sequence increase by threes. Minus strand matches invert the query coordinates.

BLASTX


BLASTX reading frame. The query sequence is translated in three frames on both the plus and minus strands. With three nucleotides per codon, the coordinates of the query sequence increase by threes. Minus strand matches invert the query coordinates.


TBLASTN se usa cuando el análisis con BLASTP no ha tenido éxito porque la proteína no aparece en las BD

Se suele utilizar para:

1.- Localizar una proteína en el DNA genómico

2.- Localizar exones en el DNA genómico

3.- Identificar los transcritos (en forma de cDNA o EST) de organismos poco caracterizados, que puedan corresponder a la proteína problema o a una proteína homóloga

TBLASTN


TBLASTN éxito porque la proteína no aparece en las BD


TBLASTN éxito porque la proteína no aparece en las BD


TBLASTX se utiliza para encontrar genes difíciles de encontrar mediante métodos convencionales

Se suele utilizar para:

1.- Descubrir en el DNA genómico nuevos genes (en la misma especie o en especies distintas) que no han sido encontrados por métodos tradicionales (genes dentro de genes, procesamientos alternativos o genes con bajo nivel de expresión)

2.- Descubrir transcritos (en forma de cDNA o EST) cuyos productos aún no están en las BD de proteínas

TBLASTX


6 pautas de lectura posibles en cada secuencia encontrar mediante métodos convencionales


TBLASTX encontrar mediante métodos convencionales


TBLASTX encontrar mediante métodos convencionales


Algunas recomendaciones encontrar mediante métodos convencionales