Séminaire AGENAE / GENANIMAL Dourdan, 15 – 16 octobre 2007

1. Séminaire AGENAE / GENANIMAL Dourdan, 15 – 16 octobre 2007 ¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤ Session « qualité des produits » ¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤¤ Présentation générale des projets concernant la qualité des produits animaux (carnés) Pierre Sellier (INRA, Jouy-en-Josas)

2. Neuf projets portant sur la qualité des produits carnés(2003- 2006) • Plusieurs espèces concernées (nom de projet souligné = projet générique) - Boeuf : QUALVIGENE, MUGENE, MUSCLON - Poulet : E-QTL*, QUALVIVOL - Mouton : TEXEL BELGE* - Porc : BIOMARK* - Canard : GENECAN - Truite arc-en-ciel : GFAT* * projet faisant l’objet d’un exposé spécifique lors de cette session

3. Neuf projets sur la qualité des produits carnés(2003 – 2006) • Caractères étudiés - qualité de la viande (organoleptique et/ou technologique) QUALVIGENE, MUGENE, QUALVIVOL - développement du tissu musculaire TEXEL BELGE, MUSCLON - développement du tissu adipeux E-QTL, GFAT - une large palette de caractères BIOMARK, GENECAN

4. Une grosse activité de « phénotypage » dans la plupart des projets -de grands effectifs d’animaux - de nombreux caractères L’exemple du programme bovin QUALVIGENE : - recueil de données « sur le terrain » pour des caractères qui ne sont pas mesurés en routine dans les dispositifs nationaux de contrôle de performances (ici, stations de CD pour les trois grandes races allaitantes), d’où la nécessité d’une logistique spécifique. - près de 3400 animaux (représentant 114 descendances paternelles) mesurés pour plusieurs dizaines de caractères. - une banque de données « phénotypes QV » rare et précieuse pour l’avenir, doublée d’une banque d’ADN génomique (animaux et ascendants). Autres exemples : BIOMARK, GENECAN, …

5. 2. Un recours fréquent aux approches de de transcriptomique comparative ● La majorité des projets « qualité des produits » reposent sur des études d’expression différentielle des gènes ou, du moins, comportent une phase de ce type. ● Utilisation de lignées résultant d’une sélection divergente sur un caractère dans les projets MUGENE (critère de sélection : croissance musculaire), QUALVIVOL et E-QTL (vitesse de croissance ou adiposité). ● Comparaison de l’expression des gènes pour d’autres modalités : - état de ploïdie du génome (triploïdes vs. diploïdes) et richesse en lipides du régime alimentaire chez la truite (métabolisme lipidique, projet GFAT), - mode de « reproduction » (clonage somatique vs. reproduction sexuée) chez le bovin (différenciation du tissu musculaire, projet MUSCLON), - développement de la musculature (mutant vs. normal) chez le mouton (hypertrophie musculaire, projet TEXEL BELGE), - système de production (mâle entier/alimentation intensive/abattage à 15-19 mois vs. mâle castré/pâturage/abattage à 30 mois) chez le bovin (qualité de la viande dont la tendreté, projet MUGENE)

6. 3. souvent, une approche protéomique venant en complément de l’approche transcriptomique - A travers l’étude du protéome musculaire, recherche de biomarqueurs de la tendreté de la viande bovine dans les projets MUGENE et QUALVIGENE. • Profils protéomiques comparés du muscle à deux stades de la gestation chez des bovins clonés et leurs témoins non clonés (projet MUSCLON). • Profils protéomiques comparés du muscle chez des moutons à musculature hypertrophiée ou normale (projet TEXEL BELGE)

7. 4. Des projets appartenant au domaine de recherche « QTL » • Un exemple typique de « whole genome scan » : le projet GENECAN, basé sur un réseau de 120 marqueurs microsatellites (à compléter dans le cadre du projet) et s’intéressant à de nombreux caractères (dépassant de beaucoup le seul aspect de la qualité du foie gras et du magret) chez le canard mulard (hybride interspécifique). • BIOMARK : un projet de cartographie fine de régions QTL déjà détectées chez le porc, et ceci dans des populations commerciales actuellement exploitées en France. • Le projet E-QTL (« expression QTL ») ou la méthodologie QTL (fondée sur l’analyse de liaisons génétiques) au service de l’exploitation des données d’expression des gènes (phénotypes). • Mise en relation de données d’expression et de résultats antérieurs de détection de QTL à l’aide de marqueurs microsatellites (projet QUALVIVOL)

8. 5. Un seul projet ciblé sur un phénotype extrême(TEXEL BELGE) • Recherche de la mutation causale pour un phénotype ovin d’hypertrophie musculaire dont le déterminisme monogénique était établi. • Analyse fine des effets associés au gène et des mécanismes d’action de ce gène. • Démarrage d’un programme d’introgression du gène dans une population ovine (« Lacaune viande »).

9. Résultats marquants - cf. les exposés qui suivent pour les projets BIOMARK, E-QTL, GFAT et TEXEL BELGE. - Projet MUGENE => brevet déposé en septembre 2006 pour un nouveau marqueur de la tendreté de la viande bovine dans la race Charolaise (gène DNAJA1). - Projet QUALVIGENE : l’intérêt, pour la sélection, de polymorphismes génétiques (DGAT1 et TG) brevetés dans d’autres pays (et sur d’autres populations) n’a pas été retrouvé dans les trois principales races à viande françaises. - Premiers résultats prometteurs concernant quelques gènes impliqués dans le métabolisme glycolytique musculaire et dans la régulation du potentiel glycolytique du muscle chez le poulet de chair (QUALVIVOL).