deepview the swiss pdbviewer n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
Инструкция DeepView – The Swiss- PdbViewer PowerPoint Presentation
Download Presentation
Инструкция DeepView – The Swiss- PdbViewer

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 35

Инструкция DeepView – The Swiss- PdbViewer - PowerPoint PPT Presentation


  • 159 Views
  • Uploaded on

Федеральное агентство по образованию Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования «СИБИРСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ» Институт фундаментальной биологии и биотехнологии Кафедра биофизики. Инструкция DeepView – The Swiss- PdbViewer.

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about 'Инструкция DeepView – The Swiss- PdbViewer' - chaz


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
deepview the swiss pdbviewer

Федеральное агентство по образованию

Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего профессионального образования

«СИБИРСКИЙ ФЕДЕРАЛЬНЫЙ УНИВЕРСИТЕТ»

Институт фундаментальной биологии и биотехнологии

Кафедра биофизики

Инструкция DeepView– The Swiss-PdbViewer

Display Modes

EC 1.15.1.1Супероксиддисмутаза

Артеменко Карина

Красноярск 2014

slide2
Режимы отображения

3 режима отображения

slide3

Display>Slab - Сечение изображения

  • Глубину плиты можно регулировать в Preferences> Display

superoxide dismutase (Fe)

Normal and slab display.

slide4
Нормальный Режим отображения
  • Этот режим используется по умолчанию для Mac и Windows. Это позволяет быстро реальный отображение времени и высокую частоту кадров рендеринга. Таким образом, это наиболее подходящий режим для простой работы.
  • Этот режим позволяет применять все команды DeepView, в том числе всех вычислений и инструментам настройки.
  • Под Preferences меню вы можете настроить несколько вариантов, регулирующие внешний вид молекул при нормальном дисплее.
slide5
3D - изображение

1. Use OpenGL Rendering - ОтображаютсяЛенты и Поверхности

2. Render in solid 3D - Отображаются боковые цепи

slide11

Другие 3D-функции, которые можно установить вPreferences>3DRenderingsвключают в себя:

• использование сеток для рисования твердых объектов: это сделает более хорошие, но медленные, изображения

• реальное время показа твердых изображений

Наконец, нажав Preferences>3D Light, для определения позиции и интенсивности до трех источников света для освещения 3D визуализации.

slide13

Текущие ограничения OpenGL 3D визуализации включают в себя:

• Mac только: изображения появляются в 256 цветах на экране (но они будут всегда экономиться в миллионах цветов). Вы должны выделить достаточный объем оперативной памяти для программы, так чтобы все изображения (24 бита) могли находиться в памяти.

• Изображения, больше, чем экран, не могут быть предоставлены (для больших изображений следует использовать POV-Ray).

pov ray
POV-Ray изображение
  • File>Save>Pov3 или File>Save>MegaPov

(то же самое как Pov3, но с еще более гладкими цветами)

stereoscopic modes
STEREOSCOPIC MODES
  • Click Display>Stereo View:это включает вид стерео и выключает.
  • Swiss-PdbViever поддерживает три различных стерео режима: красный и синий (red and blue), бок о бок (side by side), и аппаратное стерео (hardware stereo).
  • Stereoscopic View Settings Preferences>Stereo Display. По умолчанию используется режим Side by side.
red and blue
Red and blue

Отображаются красные и синие перекрывающиеся изображения. Красное изображение вращается -2 градуса вокруг вертикальной оси и синее изображения вращается +2 градуса:

Preferences>Stereo Display. Угол поворота между двумя изображениями (2+2=4° по умолчанию).

side by side
Side by side

Левое изображение - изображение контроля. По умолчанию левое изображение вращается –2 градуса вокруг вертикальной оси, правое изображение +2 градуса:

slide18

Два фактора, корректируемые в диалоговом окне Stereoscopic View Settings dialog, влияющие на“side by side” стерео восприятие:

  • угол поворота в градусах
  • разделение в пикселях
hardware stereo
Hardware stereo

Два режима стерео:

  • Первый режим Above/Belowстерео (AB). В этом режиме экран разделен по вертикали на две части (Выше/ниже). Левое изображение отображается в верхней части экрана, а правое – нижней.
  • Второй режим - истинный OpenGL стерео в окне. Этот режим стерео использует способность OpenGL для поддержки различных экранных буферов для левого глаза и правого глаза. Этот режим является более удобным, чем стерео формат (AB).
slide20

Супероксиддисмутаза

EC 1. -. -. -Оксидоредуктазы (катализируют перенос электронов от одной молекулы, восстановитель, на другую ,окислитель).  

EC 1,15. -. - Включает в себя ферменты, которые действуют на супероксид- радикалов в качестве акцепторов.

ЕС 1.15.1 -. Действует на супероксид в качестве акцептора.

EC 1.15.1.1 Супероксиддисмутаза.

slide21
Супероксиддисмутаза
  • Супероксиддисмутаза (СОД) -относится к группе антиоксидантных ферментов.
  • Вместе с каталазой и другими антиоксидантными ферментами она защищает организм человека от постоянно образующихся высокотоксичных кислородных радикалов.
slide28

Вторичная структура + Ван-дер-Ваальсовы связи

slide30

Электростатический потенциал вэтиловом спирте (ε=27)

slide33

Цветовое распределение всех аминокислотных остатков

slide35

http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3TQJ

  • Структура супероксиддисмутазы (Fe) (SODB) от Coxiellaburnetii