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生物計算 Computational Biology

生物計算 Computational Biology. 暨南大學資訊工程學系 黃光璿 (Guan-Shieng Huang) 2007/09/10. 課程資訊 Information. 時間：星期一早上 9:10 ~ 12:00 地點：科三 119 先修課程 ：演算法 授課對象：大學部三年級以上同學. 老師辦公室：科三 314 分機 4703 助教： 陳世群 ( 博三 , 科三 307, 分機 4876) 陳奎昊 ( 博二 , 科三 307, 分機 4876). 對於課程的要求 Requirements. 考試不作弊 不抄襲作業

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  1. 生物計算Computational Biology 暨南大學資訊工程學系 黃光璿 (Guan-Shieng Huang) 2007/09/10

  2. 課程資訊 Information • 時間：星期一早上 9:10 ~ 12:00 • 地點：科三 119 • 先修課程 ：演算法 • 授課對象：大學部三年級以上同學

  3. 老師辦公室：科三 314 分機 4703 • 助教： • 陳世群(博三, 科三307, 分機4876) • 陳奎昊(博二, 科三307, 分機4876)

  4. 對於課程的要求 Requirements • 考試不作弊 • 不抄襲作業 • 不遲交作業

  5. 評量方式 Grading • 期中、期末考50% • 程式作業20% • 兩次 • C/C++, C#, java • 紙上作業30% • 原則上每章一次作業

  6. 課本 Text Book • An Introduction to Bioinformatics Algorithms, by N. C. Jones and P. A. Pevzner, MIT Press, 2004. 開發書局代理, 02-8242-3988 • 投影片 • http://www.bioalgorithms.info

  7. 課程大綱 Syllabus • Review of algorithms and complexity • Molecular biology primer • Exhaustive search • Dynamic programming algorithms • Divide-and-conquer algorithms • Graph algorithms • Combinatorial pattern matching • Clustering and trees • Hidden Markov models • Randomized algorithms

  8. 課程進度 Schedule • 9/10 • 第一章: Introduction • 第二章: Algorithms and Complexity • 9/17, 9/29(中秋節彈性放假補課) • 第三章: Molecular Biology Primer • 10/1, 10/8 • 第四章: Exhaustive Search

  9. 10/15 • 第五章: Greedy Algorithms • 10/22, 10/29 • 第六章: Dynamic Programming Algorithms • 11/5 • 第七章: Divide-and-Conquer Algorithms • 11/12 • 期中考

  10. 11/19, 11/26 • 第八章: Graph Algorithms • 12/3, 12/10 • 第九章: Combinatorial Pattern Matching • 12/17, 12/24 • 第十章: Clustering and Trees

  11. 12/31 • 第十一章: Hidden Markov Models • 11/7 • 期末考

  12. Note 如有抄襲行為發生, 必定嚴厲處分

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