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IF803 - Introdução à Biologia Molecular Computacional

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IF803 - Introdução à Biologia Molecular Computacional. Profa. Katia Guimarães 2007/2. Conteúdo Programático.

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Presentation Transcript
conte do program tico
Conteúdo Programático

1. Visão geral da Biologia Molec. Computacional 2. Alinhamento de Seqüências e Seqüenciamento de DNA 3. Classificação de Seqüências Biológicas 4. Estruturas de Dados Biológicos e Busca em Cadeias 5. Introdução à Biologia celular 6. Famílias de Proteínas e Predição de Estruturas 7. Bancos de Dados Biológicos

refer ncias bibliogr ficas
Referências Bibliográficas

Handbook of Computational Molecular Biology.

Srinivas Aluru - Chapman & Hall/CRC, 2006.

An Introduction to Bioinformatics Algorithms.

Neil C. Jones and Pavel Pevzner - The MIT Press, 2004.

Computational Molec. Biology - An Algorithmic Approach.

Pavel Pevzner - The MIT Press, 2000.

Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes

and Proteins. A. Baxevanis & F. Ouellette - Wiley, 1998.

Introduction to Computational Molecular Biology.

J. C. Setubal & J. Meidanis - PSW Publ. Co., 1997.

Essential Cell Biology: An Intr. to the Molec. Biol. of the Cell.

Bruce Alberts et al. - Garland Pub., 1997.

calend rio acad mico
Calendário Acadêmico

Início das aulas: 02/10/2007

Aulas: Terças, 10:00-12:00hs e Quintas, 08:00-10:00hs

Não teremos aula nos dias:

Quinta, 25/out -- Reunião geral do CIn

Quinta, 01/nov -- X-Meeting

Quinta, 15/nov -- Feriado Proclamação da República

Término das aulas: 24/01/2008

projetos e avalia o
Projetos e Avaliação

O curso terá vários projetos que serão introduzidos ao longo do semestre.

Eles vão requerer programação, de preferência em: C, C++, Python ou Perl.

Alunos de Computação que não dominam nenhuma destas linguagens e alunos de outros cursos devem falar com a profa. Katia sobre isso na primeira semana de aula.

vis o geral da biologia molecular computacional
Visão Geral da Biologia Molecular Computacional

História   Ciências envolvidas   Estrutura e função do DNA, do RNA

e das proteínas Tipos de Problemas Computacionais

Métodos da Biologia Computacional

alinhamento de seq ncias e seq enciamento de dna
Alinhamento de Seqüências e Seqüenciamento de DNA

  Replicação de DNA, Clonagem e

Construção de Bibliotecas    Alinhamento de duas seqüências    Alinhamento de múltiplas seqüências    Repeats, Contigs e Scaffolds    Alguns programas de montagem de DNA 

(Phred/Phrap/Consed, CAP3)

seq enciamento de dna
Seqüenciamento de DNA

Uso de métodos bioquímicos

para determinar a ordem dos

nucleotídeos em uma amostra.

Método

Chain-termination

classifica o de seq ncias biol gicas
Classificação de Seqüências Biológicas

Estrutura do DNA: Genes, intron, exons,

regiões reguladoras, sítios de ligação

Anotação de Seqüências

Estrutura e função do DNA, do RNA e das proteínas

Tradução, transcrição e o código genético

estruturas de dados biol gicos e busca em cadeias
Estruturas de Dados Biológicos e Busca em Cadeias

Tries

Patricia

Suffix Trees

Suffix Arrays

introdu o biologia celular
Introdução à Biologia celular

Sinalização intra-celular Regulação gênica

Expressão gênica Análise de Dados de Micro-array

Redes de Genes Complexos e processos metabólicos

fam lias de prote nas e predi o de estruturas
Famílias de Proteínas e Predição de Estruturas

Protein Data Bank (PDB) Níveis de representação de proteínas Domínios conservados e famílias de proteínas Predição de estruturas de proteínas

bancos de dados biol gicos
Bancos de Dados Biológicos

   Seqüências de DNA    Genomas    Seqüências de proteínas    Estruturas de proteínas    Interação proteína-proteína    Caminhos metabólicos    Microarrays    Diversos (SNPs, doenças)

bancos de dados biol gicos14
Bancos de Dados Biológicos

NCBI / NLM / NIH Gen Bank

Protein Data Bank

Europian Bioinformatics Institute