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Miriam Böhm Anne Weiland

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Miriam Böhm Anne Weiland - PowerPoint PPT Presentation


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Miriam Böhm Anne Weiland. Was sind Protein-Protein- Interaktionen?. Protein-Protein-Interaktionen beziehen sich auf die Assoziation von Proteinmolekülen und das Studium dieser Assoziationen die Interaktion zwischen Proteinen ist sehr wichtig für biologische Funktionen

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Presentation Transcript
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Miriam Böhm

Anne Weiland

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Was sind Protein-Protein- Interaktionen?

  • Protein-Protein-Interaktionen beziehen sich auf die Assoziation von Proteinmolekülen und das Studium dieser Assoziationen
  • die Interaktion zwischen Proteinen ist sehr wichtig für biologische Funktionen
  • beispielsweise wird ein Signal außerhalb der Zelle in die Zelle über Protein-Protein-Wechselwirkungen der Signalmoleküle weitergeleitet
  • Bsp.: G-Proteine
  • BioGRID: Biological General Repository for Interaction Datasets
  • beinhaltet Interaktion zwischen Proteinen
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The Samuel Lunenfeld Research Institute of Mount Sinai Hospital,Toronto

  • Link zu dieser Seite: http://www.mshri.on.ca/
  • erste veröffentlichte Ausgabe im Juli 2002, zu der Zeit unter dem Namen The GRID bekannt
  • Protein Interaktionen, welche durch high-troughput- Verfahren (HTP), wie two-hybrid oder massenspektrometrisch in der Hefe Saccharomyces cerevisiae entdeckt wurden
  • ursprünglich für den Gebrauch im Labor gedacht um Interaktionsdaten, die durch HTP gewonnen werden, zu verwalten
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heute sind weitere Spezies vertreten:

  • Caenorhabditis elegans Drosophila melanogaster
          • Homo sapiens
          • Arabidopsis thaliana Bos taurus Canis familiaris Danio rerio Mus musculus Rattus norvegicus Schizosaccharomyces pombe Takifugu rubripes Xenopus laevis
  • frei zugängliche Datenbank, Daten frei downloadbar als tab- delimited text-file oder im PSI-MI XML Format
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Identifier, mit denen Proteininteraktionen in BioGRID gesucht werden können:

HPRD ID: 05100

LocusID: NM_006572

Entrez-Gene ID: 10672

SwissProt: Q 14344

Uniprot: Q 14344PIR: I57490RefSeq: NM_006572

MIM: 604406HGNC: 4381

Wormbase: -

Flybase ID: - RATMAP: -

NCBI CDNA AccessionNCBI CDNA GINCBI Protein AccessionNCBI Protein GIMGDRGDZFIN

TremblSGD ID

NREF

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PSI-MI XML Format

  • PSI: Proteomics Standard Initiative
  • MI: molecular interaction
  • PSI beabsichtigt, einen gemeinschaftlichen Standard für die Repräsentation von Daten in der Proteomik zu definieren, um das Verständis, den Vergleich und den Austausch der Daten zu erleichtern
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Änderungen in den Bereichen:

  • experiment Description
  • interaction
  • protein Interactor
  • protein Participant
  • interactor
  • participant
  • feature
  • feature Range
  • Administrative changes

PSI-MI XML Version 2.5 vs. PSI-MI XML Version 1

mehr dazu unter dem Link: http://www.psidev.info/index.php?q=node/31

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BioGRID Links

  • Arabidopsis Information Resource
  • BioPIXIE
  • Database of Interacting Proteins
  • Entrez-Gene
  • Flybase
  • Gene DB
  • Gene Ontology
  • Germ Online
  • Hugo Gene Nomenclature Committee
  • Human Protein Reference Database
  • IntAct Project
  • MIPS: MPact
  • Molecular Interactions Database
  • Mount Sinai Hospital
  • Mouse Genome Informatics
  • MySQL
  • Osprey Network Visualization System
  • PHP
  • Proteomics Standards Initiative
  • Pubmed
  • Rat Genome Database
  • RatMap
  • Saccharomyces Genome Database
  • Samuel Lunenfeld Research Institute
  • Sun Microsystems
  • Swiss-Prot / TrEMBL
  • SystemsX
  • The International Molecular Exchange Consortium (IMEx)
  • WormBase
  • Zebrafish Information Network
verwendung
Verwendung
  • ermöglicht die Suche nach Interaktionen eines Proteins/Gens mit anderen
  • sehr spezielles Einsatzgebiet
  • Protein/Gen sollte gut bekannt sein
  • Verlinkung mit anderen Datenbanken
ursprung der daten
Ursprung der Daten

1) HTP-Verfahren

  • hohe Anzahl von Interaktionen erkannt
  • fehlerbehaftet
  • Grundlage zur Weiterarbeit

2) aus der Primärliteratur

  • oft wenige Interaktionen pro Publikation
  • hohe Genauigkeit der Daten
ursprung der daten1
Ursprung der Daten
  • z.B. Proteindaten von Saccharomyces cerevisiae
beispiel
Beispiel
  • GNA13: codiert eine alpha-Untereinheit eines menschlichen G-Proteins

www.thebiogrid.org

ausblick
Ausblick
  • mehr Modellorganismen
  • artübergreifende Vorhersagen
  • BLAST-basierte Alignment-Suche
  • Vereinfachung der Installation lokaler Versionen
  • Regulation des Einlesens von LC Daten
  • bessere Visualisierung
quellen
Quellen

- http://www.thebiogrid.org/

- http://psidev.sourceforge.net/mi/xml/doc/user/

- http://www.psidev.info/index.php?q=node/60

- http://www.informatik.uni- rostock.de/~lin/WinterSim2006/Talks/Kerrien.pdf

- http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index

- http://de.wikipedia.org/

- BioGRID: a general repository for interaction datasets, C. Stark et al.; Nucleic Acids Res, 34 (Database issue): D535-9, 2005

- The GRID: the General Repository for Interaction Datasets. Breitkreutz et al.; Genome Biol, 4 (3): R23, 2003

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