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Miriam Böhm Anne Weiland - PowerPoint PPT Presentation


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Miriam Böhm Anne Weiland. Was sind Protein-Protein- Interaktionen?. Protein-Protein-Interaktionen beziehen sich auf die Assoziation von Proteinmolekülen und das Studium dieser Assoziationen die Interaktion zwischen Proteinen ist sehr wichtig für biologische Funktionen

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Presentation Transcript

Miriam Böhm

Anne Weiland


Was sind Protein-Protein- Interaktionen?

  • Protein-Protein-Interaktionen beziehen sich auf die Assoziation von Proteinmolekülen und das Studium dieser Assoziationen

  • die Interaktion zwischen Proteinen ist sehr wichtig für biologische Funktionen

  • beispielsweise wird ein Signal außerhalb der Zelle in die Zelle über Protein-Protein-Wechselwirkungen der Signalmoleküle weitergeleitet

  • Bsp.: G-Proteine

  • BioGRID: Biological General Repository for Interaction Datasets

  • beinhaltet Interaktion zwischen Proteinen


  • The Samuel Lunenfeld Research Institute of Mount Sinai Hospital,Toronto

  • Link zu dieser Seite: http://www.mshri.on.ca/

  • erste veröffentlichte Ausgabe im Juli 2002, zu der Zeit unter dem Namen The GRID bekannt

  • Protein Interaktionen, welche durch high-troughput- Verfahren (HTP), wie two-hybrid oder massenspektrometrisch in der Hefe Saccharomyces cerevisiae entdeckt wurden

  • ursprünglich für den Gebrauch im Labor gedacht um Interaktionsdaten, die durch HTP gewonnen werden, zu verwalten


  • heute sind weitere Spezies vertreten:

  • Caenorhabditis elegans Drosophila melanogaster

    • Homo sapiens

    • Arabidopsis thaliana Bos taurus Canis familiaris Danio rerio Mus musculus Rattus norvegicus Schizosaccharomyces pombe Takifugu rubripes Xenopus laevis

  • frei zugängliche Datenbank, Daten frei downloadbar als tab- delimited text-file oder im PSI-MI XML Format



  • Identifier, mit denen Proteininteraktionen in BioGRID gesucht werden können:

    HPRD ID: 05100

    LocusID: NM_006572

    Entrez-Gene ID: 10672

    SwissProt: Q 14344

    Uniprot: Q 14344PIR: I57490RefSeq: NM_006572

    MIM: 604406HGNC: 4381

    Wormbase: -

    Flybase ID: - RATMAP: -

    NCBI CDNA AccessionNCBI CDNA GINCBI Protein AccessionNCBI Protein GIMGDRGDZFIN

    TremblSGD ID

    NREF


    PSI-MI XML Format gesucht werden können:

    • PSI: Proteomics Standard Initiative

    • MI: molecular interaction

    • PSI beabsichtigt, einen gemeinschaftlichen Standard für die Repräsentation von Daten in der Proteomik zu definieren, um das Verständis, den Vergleich und den Austausch der Daten zu erleichtern


    ... gesucht werden können:


    Änderungen in den Bereichen: gesucht werden können:

    • experiment Description

    • interaction

    • protein Interactor

    • protein Participant

    • interactor

    • participant

    • feature

    • feature Range

    • Administrative changes

    PSI-MI XML Version 2.5 vs. PSI-MI XML Version 1

    mehr dazu unter dem Link: http://www.psidev.info/index.php?q=node/31



    BioGRID Links gesucht werden können:

    • Arabidopsis Information Resource

    • BioPIXIE

    • Database of Interacting Proteins

    • Entrez-Gene

    • Flybase

    • Gene DB

    • Gene Ontology

    • Germ Online

    • Hugo Gene Nomenclature Committee

    • Human Protein Reference Database

    • IntAct Project

    • MIPS: MPact

    • Molecular Interactions Database

    • Mount Sinai Hospital

    • Mouse Genome Informatics

    • MySQL

    • Osprey Network Visualization System

    • PHP

    • Proteomics Standards Initiative

    • Pubmed

    • Rat Genome Database

    • RatMap

    • Saccharomyces Genome Database

    • Samuel Lunenfeld Research Institute

    • Sun Microsystems

    • Swiss-Prot / TrEMBL

    • SystemsX

    • The International Molecular Exchange Consortium (IMEx)

    • WormBase

    • Zebrafish Information Network


    Verwendung
    Verwendung gesucht werden können:

    • ermöglicht die Suche nach Interaktionen eines Proteins/Gens mit anderen

    • sehr spezielles Einsatzgebiet

    • Protein/Gen sollte gut bekannt sein

    • Verlinkung mit anderen Datenbanken


    Ursprung der daten
    Ursprung der Daten gesucht werden können:

    1) HTP-Verfahren

    • hohe Anzahl von Interaktionen erkannt

    • fehlerbehaftet

    • Grundlage zur Weiterarbeit

      2) aus der Primärliteratur

    • oft wenige Interaktionen pro Publikation

    • hohe Genauigkeit der Daten


    Ursprung der daten1
    Ursprung der Daten gesucht werden können:

    • z.B. Proteindaten von Saccharomyces cerevisiae


    Beispiel
    Beispiel gesucht werden können:

    • GNA13: codiert eine alpha-Untereinheit eines menschlichen G-Proteins

    www.thebiogrid.org


    Ausblick
    Ausblick gesucht werden können:

    • mehr Modellorganismen

    • artübergreifende Vorhersagen

    • BLAST-basierte Alignment-Suche

    • Vereinfachung der Installation lokaler Versionen

    • Regulation des Einlesens von LC Daten

    • bessere Visualisierung


    Quellen
    Quellen gesucht werden können:

    - http://www.thebiogrid.org/

    - http://psidev.sourceforge.net/mi/xml/doc/user/

    - http://www.psidev.info/index.php?q=node/60

    - http://www.informatik.uni- rostock.de/~lin/WinterSim2006/Talks/Kerrien.pdf

    - http://biodata.mshri.on.ca/osprey/servlet/Index

    - http://de.wikipedia.org/

    - BioGRID: a general repository for interaction datasets, C. Stark et al.; Nucleic Acids Res, 34 (Database issue): D535-9, 2005

    - The GRID: the General Repository for Interaction Datasets. Breitkreutz et al.; Genome Biol, 4 (3): R23, 2003


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