Download
1 / 9
90 likes | 205 Views
Bc. Jakub Malohlava. Konvergenční testy. Termodynamika solvatace protonu v klastrech vody. Simulace. Monte Carlo výpočet souborových středních hodnot za pomocí Markovových řetězců parallel tempering simulace M replik současně při různých teplotách. Inicializační soubory. GLOBAL.INI
E N D
Bc. Jakub Malohlava Konvergenční testy Termodynamika solvatace protonu v klastrech vody
Simulace • Monte Carlo • výpočet souborových středních hodnot za pomocí Markovových řetězců • parallel tempering • simulace M replik současně při různých teplotách
Inicializační soubory • GLOBAL.INI • NN – Počet molekul vody v klastru • INTERACT.INI • WW_DIATOM_POTENTIAL_TYPE – 0 default, 1 TIP3P, 2 TIP4P, 3 TIP5P, 4 TIP5PA, 5 KJ • ADMIX_TYPE – Index příměsi v interakčním modelu KJ, 0 čistý klastr, 1 s příměsí • CALC_POLARIZABILITY – Výpočet polarizační energie u modelu KJ, 1 - ano • MAIN.INI • EQUILIB – Počet ekvilibrizačních kroků. • NOSS – Počet simulačních kroků. • OMIT – Počet MonteCarlo cyklů mezi vzorkováním. • RESULTS_SAVE – Četnost ukládání výsledků. • RND_SEED_VAL – 0 Začátek sekvence z náhodného čísla. • TYPE_OF_PROGRAM – 1 Během simulace je použit pouze jeden potenciál. 2 – Počátek ze souboru z přerušeného výpočtu. 3 – Výpočet multiple histogram.
MC.INI • SWITCH_ON_MOVE - Zapnout posun molekul při simulaci, TRUE – bude docházet k posunu. • SWITCH_ON_ROT – Zapnout rotaci molekul při simulaci, TRUE – bude docházet k rotaci. Pokud tam bude cokoli jineho, rotace se vypne. • SET_RATIO – Poměr počtu přijatých konfigurací k počtu navržených konfigurací. • SET_RATIO_ROT – Poměr přijatých rotací k navrženým. • MULTI_HIST.INI • VARIANTA – 1 – Aritmetický průměr, 2 – Tsai-Jordan metoda průměrování hustoty stavu. • MULTIPLE_HISTOGRAM – 1 – Bude použita metoda multiple histogram. • ENERGY_LOW – Nejnižší hodnota energie histogramu[eV]. • ENERGY_UP – Nejvyšší hodnota energie histogramu[eV]. • NUM_ENERG_DEAL – Počet dílků v histogramu. • MH_DOWN_TEMPER - Dolní mez teploty, pro kterou budou počítány termodynamické veličiny. • MH_UP_TEMPER – Horní mez teploty, pro kterou budou počítány termodynamické veličiny. • NUM_MH_TEMPER – Počet teplot, pro které budou počítány Multiple Histogram veličiny.
POL_ENERG.INI • STOP_IT – 1 – pevný počet iterací el. pole, 2 – iterování do dosažení určité přesnosti. • NMB_IT – Počet iterací pokud STOP_IT = 1. • ACCUR_IT – Požadovaná přesnost výpočtu při STOP_IT = 2. • WATER_PT.INI • NUMBER_OF_SYSTEMS – Počet systémů (tzn. počet teplot nebo energií, při kterých poběží dané simulace). • NUMBER_OF_CALC_SYSTEMS – Počet systémů, na kterých dochází k měření, musí být ≤ NUMBER_OF_SYSTEMS, vynechány jsou nejvyšší teploty. • DOWN_T_E – Spodní mez, tzn. nejnižší teplota nebo energie, při které poběží daná simulace. • UP_T_E – Horní mez, tzn. nejvyšší teplota nebo energie, při které poběží daná simulace. • NASOBEK – Míra exponenciálního rozvržení teplot systému, je rovna podílu z rozdílu dvou nejvyšších teplot a dvou nejnižších teplot. • ZEBRICEK – 0 – načte teploty ze souboru, jinak bude rozložení teplot exponenciální. • SIMUL_EXCHANGE_RAT – Pravděpodobnost navrhnuti výměny systému (výměna systému / (výměna systému + simulace systému))
