1 / 11

Jmol Intro

Maria Pinjanainen, LPT "Love hides in the molecular structures...". Jmol Intro. Molekyylistruktuurien esitys Perinteiset menetelmät. Rajoitukset. Ratkaisut. Esimerkkejä. Puutteet?. 2D ratkaisut. Perinteinen esitystapa:. 2D rajoitukset.

kaden
Download Presentation

Jmol Intro

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Maria Pinjanainen, LPT "Love hides in the molecular structures..." Jmol Intro

  2. Molekyylistruktuurien esitys • Perinteiset menetelmät. • Rajoitukset. • Ratkaisut. • Esimerkkejä. • Puutteet?

  3. 2D ratkaisut • Perinteinen esitystapa:

  4. 2D rajoitukset • 3D struktuurien esitys voi olla tätä vaativampaakin.

  5. Rautalankaa: • Hofmannin malli metaanista, ~1860. • 1970-luvun rautalankamalli biomolekyylistä.

  6. 3D ratkaisuja:Rasmol, Chime • Edistyksellisiä ohjelmia. • Pystyvät esittämään monia ominaisuuksia molekyyleistä pelkän rakenteen lisäksi. • Toimivat tavallisella työasemalla. • Puutteita: • Vaativat aina asennuksen työasemaan. • Lisäksi MDL Chime plugin on rajoitteinen, se toimii vain osissa käyttöjärjestelmistä.

  7. Jmol • Kuten RasMol/MDL Chime: • Monipuolinen, sovellus tai applet. • Avoin lähdekoodi. (GPL)‏ • Sekä akateeminen että kaupallinen käyttö luvallista. • Riippumaton käyttöjärjestelmästä. (Java)‏ • Ei vaadi erillistä asennusta. Javan toiminnot työasemalla riittävät.

  8. Jmol, lisää • Tukee monia selaimia: • IE, Mozillat, Safari, Opera, Konqueror • Hyvä 3D ilman laitevaatimuksia • Monet tiedostot, myös pakatut. • Animaatiot. • Vibraatiot. • “Unit sell” ja symmetria toiminnot. • Mittaustoiminnot. • Etäisyys, kulma, torsion kulma. • Vienti kuviksi ja myös PovRay:lle.

  9. Esimerkkejä • Course; Molecular Structures • Ajankohtaisesti varustettu Moodle. • RNA-Binding Domain • Proteiineja. • Stereochemistry • Havainnollistamista, tehtäviä tavallisella webbisivulla. • Drawing 2D stuctrures • Jmol havainnollistamassa 2D piirrosta. • Jmol demot, animaatiot • Lukuisia esimerkkejä ja vapaita ohjeita.

  10. Esimerkkejä lisää... • Jmol työpöydällä • Vetysidosten esimerkki, verkossa • Muita asiaan liittyviä ohjelmia: • Editori, toimii myös työpöydällä • Specview, toimii myös työpöydällä • Myös spektrien esittäminen on tärkeää. • Harjoitustehtävä, esimerkki. • Spektrien tulkinnan harjoituksia varten.

  11. Jmolin puutteita • Jmolin käyttöönotto webissä vaatii perehtymistä ja rakentamista. • Jmol vaatii Moodlessa ns. “lisäosia” ja Jmol kehittyy melko nopeasti. Se on Moodlen ylläpidolle “haastava”. • Markomolekyylit, polymeerit ja niiden mukaan liitetyt tiedot saattavat vaatia paljon resursseja. • Se voi aiheuttaa riippuvuutta...

More Related