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Plate-forme bioinformatique Toulouse-Midi-Pyrénées Génopole

Plate-forme bioinformatique Toulouse-Midi-Pyrénées Génopole. C. Gaspin Contexte toulousain en bioinformatique Moyens, missions, actions Présentation des travaux des CDD financés par le RNG - A. Lucas : Site Web pour l ’analyse des données du transcriptome

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Plate-forme bioinformatique Toulouse-Midi-Pyrénées Génopole

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Presentation Transcript

  1. Plate-forme bioinformatique Toulouse-Midi-Pyrénées Génopole • C. Gaspin • Contexte toulousain en bioinformatique • Moyens, missions, actions • Présentation des travaux des CDD • financés par le RNG • - A. Lucas :Site Web pour l ’analyse des données du • transcriptome • - S. Carère & Y. Beausse :ProDom

  2. Plate-forme bioinformatique -Contexte Contexte bioinformatique local • Deux pôles historiques • -INRA : cartographie génétique & analyse de séquences • Multalin, ProDom, RNAlign, Sapssarn, Essa,FrameD, EuGene, iANT • Cartagene, MCQTL... • - IPBS : biologie structurale (modélisation 3D, dynamique • moléculaire,…) • Des forces dissiminées et/ou émergentes • - INSA : transcriptome, réseaux de régulation • - UPS : cartographie génétique, analyse de séquences, • analyse des données du transcriptome... • - ...

  3. Plate-forme bioinformatique -Moyens... Personnels permanents affectés à la plate-forme • 1DR2 INRA (30%) : responsabilité scientifique • D. Kahn,C. Gaspin • 1 IR INRA (100%) : responsabilité opérationnelle • D. Allouche • 1 IE CNRS (100%) : opérationnel janvier 2004 • J.M. Larré • 1 AI INRA unité de centre (X%): sécurité et administration • ? • Comité bioinformatique : relai entre la plate-forme et • les utilisateurs...

  4. Plate-forme bioinformatique-Moyens... Infrastructure matérielle Services Web ( IBM X440) Machines Projets ou plates-formes (ATG )Calculs intensifs Quadri-processeur DELL (700Mhz, 4Go mémoire 350Go d ’espace stockage) Baie de stockage EMC 1,0To Extensible à 22To (Storage Array Network)

  5. Plate-forme bioinformatique- ...missions,actions Offrir une infrastructure adaptée et performante • D. Allouche • Maintien et évolution de l’infrastructure matérielle • Maintien des bases de données • Maintien de l ’infrastructure logicielle • « Vitrine » des développements locaux • 2004 : Renforcement par un cluster de calcul pour accueillir les gros projets • Ex: ProDom, SIGENA, biologie structurale,...

  6. Plate-forme bioinformatique-Moyens, missions, actions Former les utilisateurs D. Allouche, C. Gaspin • Premier semestre 2004 • - Savoir utiliser l ’infrastructure de la plate forme • - Analyse des données d ’expression du transcriptome • Deuxième semestre 2004 • - Alignement de séquences

  7. Plate-forme bionformatique-...missions, actions Offrir un appui aux autres plate-formes D. Allouche • Activité en croissance ? • - Stockage/archivage des données • - Développements : jusqu’où ? • Plate-formes identifiées • - plate-forme séquençage/génotypage • Réalisation d ’un LIMS • Donnée disponibles via la plateforme bioinformatique • Formations • - plate-forme protéomique

  8. Plate-forme bioinformatique-...missions,actions Appui aux programmes scientifiques prioritaires D. Allouche • Activité en croissance • Participation aux : • - encadrement : plusieurs CDD et étudiants • - développements : Base de données, LIMS • - valorisation : • - formation • - expertise

  9. Plate-forme bioinformatique-...missions, actions Animation autour de la plate-forme D. Allouche,C. Gaspin • Séminaires/rencontres mensuels • - Décembre 2003 : Rencontre méthodologique • autour du déséquilibre de liaison • - Janvier 2004 : Séminaire de génomique • comparative • Séminaire annuel • - Novembre 2004 : bilan des activités

  10. Plate-forme bioinformatique -...missions,actions Répondre aux demandes d ’expertise C. Gaspin • Réunion • Orientation vers des compétences locales/extérieures • Réponse immédiate

  11. Plate-forme bioinformatique-...missions, actions Accès libre à des postes de travail D. Allouche • Locaux : salle de formation INRA (8 postes de travail) • Fréquence : 1j/mois puis selon disponibilité • Mode d ’accès : planning/inscription • Début de mise à disposition : premier semestre 2004 • Encadrement : personnel plate-forme

  12. Plate-forme bioinformatique-...missions,actions Relations avec les autres génopôles D. Allouche, C. Gaspin • Programmes scientifiques : Séminaire janvier 2004 • Ingéniérie de service • Formation

  13. Plate-forme bioinformatique-...missions,actions En résumé... • Des missions prioritaires • - Infrastructure • - Formation • - Communication • - Animation • Ouverture vers les programmes scientifiques • Ouverture vers les autres plate-formes

  14. Développement d ’un site web pour l ’analyse des données d ’expression du transcriptome A. Lucas Encadrement : D. Allouche, C.Cierco, C. Gaspin, S. Jasson

  15. Développement d ’un site web pour l ’analyse ... Objectifs • Mettre à disposition des outils statistiques et les • documenter • - Normalisation (centrer, réduire, log, combinaison) • - Analyse de données (ACP, K-means, SOM, classification • hiérarchique...) • - Visualisation (Nuage de points, histogramme, • boîte à moustaches, dendogramme) • Evaluer les outils de classification • - Logiciels : temps, mémoire • - Méthodes : temps, mémoire, nombre de classes,… • Développer des scripts pour l ’échange de données

  16. Développement d ’un site web pour l ’analyse ... Réalisation : site web • Logiciels de classification • - Vue synthétique de tous les logiciels • - Fiches pour chaque logiciel • - Développements spécifiques (AMAP, CTC) • Documentation • - Statistique : description des méthodes • - Biologie : publications associées • Application web • - Classification • - ACP

  17. Développement d ’un site web pour l ’analyse ... Vue synthétique des logiciels

  18. Développement d ’un site web pour l ’analyse ... Fiche logiciel

  19. Développement d ’un site web pour l ’analyse ... Fiche documentation

  20. Développement d ’un site web pour l ’analyse ... Développement d ’un site web pour l ’analyse ... Développements spécifiques • Paquetage Amap • - http://cran.r-project.org • - Amélioration de la classification hiérarchique (mémoire utilisée) • - ACP robuste • Paquetage CTC • - http://bioconductor.org • - Interfacer Xcluster avec R • - Permettre la visualisation des clusters avec des outils de type • TreeView

  21. Développement d ’un site web pour l ’analyse ... Evaluation : classification hiérarchique Logiciel Temps Mémoire %bien classés Xcluster 3mn11s 4.8M 90% R:Kmeans 5.10s 13.3M 94.6% R:SOM 2mn11s 16M 92.6% SAS:Fastclus 1.6s 36M 93.8% R:amap/hcluster 2mn23s 394M 90% R:Hclust 2mn21s 1.5G 90% R:Kmeans(1000)+Hclust 4s 25M 94.6% R:Kmeans(50)+Hclust 2.1s 13.7M 91.3%

  22. Développement d ’un site web pour l ’analyse ... Développement d ’un site web pour l ’analyse ... Conclusion • Service utile • - Outils bien documentés • - Application web s ’appuyant sur R • - Scripts disponibles pour passer d ’un logiciel à l ’autre • - Utilisé dans le cadre de formations et par quelques biologistes • - Développements intégrés dans une dynamique de projet • (R, bioconductor) • - Evolutivité : Base de données des logiciels et de • leurs caractéristiques • Accès restreint pour les gros jeux de données

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