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Arabidopsis thaliana PHO1;H2. Arabidopsis thaliana PHO1;H2. 100. 100. Capsella rubella PHO1;H11. Capsella rubella PHO1;H11. 63. 64. Thellungiella halophila PHO1;H9. Thellungiella halophila PHO1;H9. 100. 100. Brassica rapa PHO1;H17. Brassica rapa PHO1;H17. 97. 97.

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slide1

Arabidopsis thaliana PHO1;H2

Arabidopsis thaliana PHO1;H2

100

100

Capsella rubella PHO1;H11

Capsella rubella PHO1;H11

63

64

Thellungiella halophila PHO1;H9

Thellungiella halophila PHO1;H9

100

100

Brassica rapa PHO1;H17

Brassica rapa PHO1;H17

97

97

Brassica rapa PHO1;H16

Brassica rapa PHO1;H16

77

84

Capsella rubella PHO1;H10

Capsella rubella PHO1;H10

100

100

Arabidopsis thaliana PHO1;H6

Arabidopsis thaliana PHO1;H6

100

100

Thellungiella halophila PHO1;H10

Thellungiella halophila PHO1;H10

87

85

Brassica rapa PHO1;H19

Brassica rapa PHO1;H19

58

50

Brassica rapa PHO1;H21

Brassica rapa PHO1;H21

a

b

100

100

Brassica rapa PHO1;H20

Brassica rapa PHO1;H20

Brassica rapa PHO1;H18

Brassica rapa PHO1;H18

59

54

86

79

Brassica rapa PHO1;H13

Brassica rapa PHO1;H13

Thellungiella halophila PHO1;H11

Thellungiella halophila PHO1;H11

100

100

Arabidopsis thaliana PHO1;H5

Arabidopsis thaliana PHO1;H5

100

100

100

100

Capsella rubella PHO1;H9

Capsella rubella PHO1;H9

Brassica rapa PHO1;H23

Brassica rapa PHO1;H15

50

52

Brassica rapa PHO1;H22

Brassica rapa PHO1;H23

91

Brassica rapa PHO1;H15

Brassica rapa PHO1;H22

93

Brassica rapa PHO1;H14

Brassica rapa PHO1;H14

100

90

100

100

100

91

  • Brassica rapaPHO1;H2

Brassica rapa PHO1;H2

Thellungiella halophila PHO1;H8

Thellungiella halophila PHO1;H8

98

70

98

Arabidopsis thaliana PHO1;H3

Arabidopsis thaliana PHO1;H3

74

97

99

Capsella rubella PHO1;H8

Capsella rubella PHO1;H8

Carica papaya PHO1;H3

Carica papaya PHO1;H3

Citrus clementina PHO1;H5

Citrus clementina PHO1;H5

Linum usitatissimum PHO1;H8

Linum usitatissimum PHO1;H8

99

99

Linum usitatissimum PHO1;H6

Linum usitatissimum PHO1;H6

60

66

Linum usitatissimum PHO1;H7

Linum usitatissimum PHO1;H7

100

100

54

Linum usitatissimum PHO1;H5

Linum usitatissimum PHO1;H5

98

100

Linum usitatissimum PHO1;H10

Linum usitatissimum PHO1;H10

100

100

Linum usitatissimum PHO1;H9

Linum usitatissimum PHO1;H9

100

100

70

Linum usitatissimum PHO1;H11

Linum usitatissimum PHO1;H11

74

Ricinus communis PHO1;H3

Ricinus communis PHO1;H3

90

91

Ricinus communis PHO1;H2

Ricinus communis PHO1;H2

51

Manihot esculenta PHO1;H3

Manihot esculenta PHO1;H3

63

63

Populus trichocarpa PHO1;H7

Populus trichocarpa PHO1;H7

98

99

Populus trichocarpa PHO1;H4

Populus trichocarpa PHO1;H4

100

100

Populus trichocarpa PHO1;H6

Populus trichocarpa PHO1;H6

100

100

65

Populus trichocarpa PHO1;H11

Populus trichocarpa PHO1;H11

62

Thellungiella halophila PHO1;H7

Thellungiella halophila PHO1;H7

84

88

Thellungiella halophila PHO1;H2

Thellungiella halophila PHO1;H2

75

69

87

83

Brassica rapa PHO1;H5

Brassica rapa PHO1;H5

61

Brassica rapa PHO1;H7

Brassica rapa PHO1;H7

70

Capsella rubella PHO1;H2

Capsella rubella PHO1;H2

100

100

100

100

Arabidopsis thaliana PHO1;H8

Arabidopsis thaliana PHO1;H8

Arabidopsis thaliana PHO1;H7

Arabidopsis thaliana PHO1;H7

100

100

Capsella rubella PHO1;H1

Capsella rubella PHO1;H1

100

100

Capsella rubella PHO1;H5

Capsella rubella PHO1;H5

100

100

Arabidopsis thaliana PHO1;H4

Arabidopsis thaliana PHO1;H4

62

100

100

84

78

Brassica rapa PHO1;H4

Brassica rapa PHO1;H4

Thellungiella halophila PHO1;H1

Thellungiella halophila PHO1;H1

Carica papaya PHO1;H2

Carica papaya PHO1;H2

Phaseolus vulgaris PHO1;H6

Glycine max PHO1;H9

60

67

79

Glycine max PHO1;H9

Phaseolus vulgaris PHO1;H6

85

100

Glycine max PHO1;H10

Glycine max PHO1;H10

100

Glycine max PHO1;H11

Glycine max PHO1;H11

100

Glycine max PHO1;H2

100

Glycine max PHO1;H2

100

100

Glycine max PHO1;H7

Glycine max PHO1;H7

100

100

55

Phaseolus vulgaris PHO1;H7

20

Phaseolus vulgaris PHO1;H7

Cucumis sativus PHO1;H1

Cucumis sativus PHO1;H1

77

86

Cucumis sativus PHO1;H6

Cucumis sativus PHO1;H6

Malus domestica PHO1;H8

Malus domestica PHO1;H8

58

50

Malus domestica PHO1;H9

Malus domestica PHO1;H9

100

100

Malus domestica PHO1;H7

Malus domestica PHO1;H7

99

99

Malus domestica PHO1;H10

Malus domestica PHO1;H10

100

100

Prunus persica PHO1;H3

Prunus persica PHO1;H3

55

Vitis vinifera PHO1;H6

Vitis vinifera PHO1;H6

Mimulus guttatus PHO1;H6

Mimulus guttatus PHO1;H6

Class I-A

Vitis vinifera PHO1;H3

Vitis vinifera PHO1;H3

100

100

82

Vitis vinifera PHO1;H2

Vitis vinifera PHO1;H2

83

85

97

Vitis vinifera PHO1;H5

Vitis vinifera PHO1;H5

87

100

Class I

Vitis vinifera PHO1;H4

Vitis vinifera PHO1;H4

Citrus sinensis PHO1;H1

Citrus sinensis PHO1;H1

100

100

Citrus clementina PHO1;H7

Citrus clementina PHO1;H7

100

100

Citrus clementina PHO1;H6

Citrus clementina PHO1;H6

100

99

97

98

Populus trichocarpa PHO1;H12

Populus trichocarpa PHO1;H12

Aquilegia coerulea PHO1;H1

Aquilegia coerulea PHO1;H1

Aquilegia coerulea PHO1;H2

Aquilegia coerulea PHO1;H2

100

100

Aquilegia coerulea PHO1;H5

Aquilegia coerulea PHO1;H5

Capsella rubella PHO1;H4

Citrus clementina PHO1;H4

100

100

64

Arabidopsis thaliana PHO1;H9

Citrus sinensis PHO1;H2

56

Thellungiella halophila PHO1;H3

Populus trichocarpa PHO1;H9

100

98

75

Brassica rapa PHO1;H1

Manihot esculenta PHO1;H5

99

Brassica rapa PHO1;H6

Eucalyptus grandis PHO1;H4

50

55

Carica papaya PHO1;H4

Capsella rubella PHO1;H3

55

72

Citrus clementina PHO1;H2

Arabidopsis thaliana PHO1;H10

100

100

Citrus sinensis PHO1;H5

27

Brassica rapa PHO1;H3

59

Manihot esculenta PHO1;H6

Thellungiella halophila PHO1;H4

100

Manihot esculenta PHO1;H4

Prunus persica PHO1;H5

100

78

Ricinus communis PHO1;H1

Medicago truncatula PHO1;H4

54

100

Populus trichocarpa PHO1;H1

Medicago truncatula PHO1;H3

100

Eucalyptus grandis PHO1;H1

Phaseolus vulgaris PHO1;H2

100

98

100

Eucalyptus grandis PHO1;H2

Glycine max PHO1;H13

100

100

Eucalyptus grandis PHO1;H3

Cucumis sativus PHO1;H7

56

Mimulus guttatus PHO1;H3

Mimulus guttatus PHO1;H7

100

Mimulus guttatus PHO1;H2

Eucalyptus grandis PHO1;H1

100

Cucumis sativus PHO1;H3

Eucalyptus grandis PHO1;H2

100

100

Cucumis sativus PHO1;H2

Eucalyptus grandis PHO1;H3

52

Vitis vinifera PHO1;H7

Citrus clementina PHO1;H2

92

100

Dicotyledon

99

Glycine max PHO1;H6

Citrus sinensis PHO1;H5

100

Glycine max PHO1;H3

100

Manihot esculenta PHO1;H6

100

Phaseolus vulgaris PHO1;H1

Manihot esculenta PHO1;H4

100

100

Medicago truncatulaPHO1;H5

Ricinus communis PHO1;H1

100

57

Medicago truncatulaPHO1;H6

Populus trichocarpa PHO1;H1

61

Malus domestica PHO1;H2

Cucumis sativus PHO1;H3

100

100

Malus domestica PHO1;H1

Cucumis sativus PHO1;H2

100

56

Dicotyledon

Malus domestica PHO1;H11

Vitis vinifera PHO1;H7

100

Prunus persica PHO1;H1

Capsella rubella PHO1;H4

100

Citrus clementina PHO1;H4

Arabidopsis thaliana PHO1;H9

51

100

Citrus sinensis PHO1;H2

Thellungiella halophila PHO1;H3

73

Populus trichocarpa PHO1;H9

Brassica rapa PHO1;H1

100

68

96

Manihot esculenta PHO1;H5

Brassica rapa PHO1;H6

99

Eucalyptus grandis PHO1;H4

Carica papaya PHO1;H4

63

Capsella rubella PHO1;H3

Mimulus guttatus PHO1;H3

84

100

Arabidopsis thaliana PHO1;H10

Mimulus guttatus PHO1;H2

94

100

Brassica rapa PHO1;H3

Glycine max PHO1;H6

51

100

Thellungiella halophila PHO1;H4

Glycine max PHO1;H3

100

Cucumis sativus PHO1;H7

Phaseolus vulgaris PHO1;H1

75

100

Prunus persica PHO1;H5

Medicago truncatula PHO1;H5

100

Medicago truncatulaPHO1;H4

Medicago truncatula PHO1;H6

100

68

99

Medicago truncatulaPHO1;H3

Malus domestica PHO1;H2

100

100

Phaseolus vulgaris PHO1;H2

Malus domestica PHO1;H1

100

100

Glycine max PHO1;H13

Malus domestica PHO1;H11

100

Mimulus guttatus PHO1;H7

Prunus persica PHO1;H1

Selaginella moellendorffii PHO1;H4

Selaginella moellendorffii PHO1;H4

82

81

Selaginella moellendorffii PHO1;H10

Selaginella moellendorffii PHO1;H10

96

95

100

Selaginella moellendorffii PHO1;H3

Selaginella moellendorffii PHO1;H3

100

80

79

Selaginella moellendorffii PHO1;H8

Selaginella moellendorffii PHO1;H8

Selaginella moellendorffii PHO1;H5

Selaginella moellendorffii PHO1;H5

Glycine max PHO1;H8

Glycine max PHO1;H8

100

99

Glycine max PHO1;H5

Glycine max PHO1;H5

100

100

98

Phaseolus vulgaris PHO1;H5

Phaseolus vulgaris PHO1;H5

97

Medicago truncatula PHO1;H1

Medicago truncatulaPHO1;H1

Glycine max PHO1;H4

Glycine max PHO1;H4

100

100

82

84

Glycine max PHO1;H1

Glycine max PHO1;H1

100

100

Phaseolus vulgaris PHO1;H3

Phaseolus vulgaris PHO1;H3

71

72

Medicago truncatula PHO1;H2

Medicago truncatulaPHO1;H2

1

Cucumis sativus PHO1;H4

Cucumis sativus PHO1;H4

Citrus clementina PHO1;H1

Citrus clementina PHO1;H1

100

Class I-B

100

Citrus sinensis PHO1;H4

Citrus sinensis PHO1;H4

Mimulus guttatus PHO1;H5

Mimulus guttatus PHO1;H5

72

78

Aquilegia coerulea PHO1;H4

Aquilegia coerulea PHO1;H4

Vitis vinifera PHO1;H8

Vitis vinifera PHO1;H8

Linum usitatissimum PHO1;H4

Linum usitatissimum PHO1;H4

100

100

Linum usitatissimum PHO1;H1

Linum usitatissimum PHO1;H1

Populus trichocarpa PHO1;H3

Populus trichocarpa PHO1;H3

98

100

Populus trichocarpa PHO1;H10

Populus trichocarpa PHO1;H10

65

70

Manihot esculenta PHO1;H1

Manihot esculenta PHO1;H1

59

51

Manihot esculenta PHO1;H7

Manihot esculenta PHO1;H7

70

56

Ricinus communis PHO1;H4

Ricinus communis PHO1;H4

Malus domestica PHO1;H3

Malus domestica PHO1;H3

83

81

Malus domestica PHO1;H6

Malus domestica PHO1;H6

100

100

Prunus persica PHO1;H2

Prunus persica PHO1;H2

Capsella rubella PHO1;H7

Arabidopsis thaliana PHO1

94

86

Arabidopsis thaliana PHO1

Capsella rubella PHO1;H7

54

Brassica rapa PHO1;H10

Brassica rapa PHO1;H10

Brassica rapa PHO1;H8

100

100

Brassica rapa PHO1;H8

Thellungiella halophila PHO1;H6

Thellungiella halophila PHO1;H6

Eucalyptus grandis PHO1;H8

Eucalyptus grandis PHO1;H8

Eucalyptus grandis PHO1;H6

Eucalyptus grandis PHO1;H6

96

98

100

Eucalyptus grandis PHO1;H7

Eucalyptus grandis PHO1;H7

53

99

72

Zea mays PHO1;H2

Zea mays PHO1;H2

75

100

100

Class II-A

Sorghum bicolor PHOH2

Sorghum bicolor PHOH2

80

100

100

100

100

Setaria italica PHO1;H2

Setaria italica PHO1;H2

95

91

Oryza sativa PHO1;H2

Oryza sativa PHO1;H2

Brachypodium distachyon PHO1;H2

Brachypodium distachyon PHO1;H2

Pinus taeda PHO1;H2

Pinus taeda PHO1;H2

100

100

100

Pinus taeda PHO1;H1

Pinus taeda PHO1;H1

98

Picea glauca PHO1;H3

Picea glauca PHO1;H3

100

100

Picea glauca PHO1;H2

Picea glauca PHO1;H2

Linum usitatissimum PHO1;H2

Glycine max PHO1;H14

100

96

Linum usitatissimum PHO1;H3

Glycine max PHO1;H12

100

Ricinus communis PHO1;H5

Phaseolus vulgaris PHO1;H4

100

Manihot esculenta PHO1;H2

Cucumis sativus PHO1;H5

Angiosperm

Angiosperm

10

Land Plants

Populus trichocarpa PHO1;H8

Eucalyptus grandis PHO1;H5

100

Populus trichocarpa PHO1;H2

Malus domestica PHO1;H4

100

100

Land Plants

Populus trichocarpa PHO1;H5

Malus domestica PHO1;H5

100

Carica papaya PHO1;H1

Prunus persica PHO1;H4

Brassica rapa PHO1;H9

Populus trichocarpa PHO1;H8

52

100

Brassica rapa PHO1;H11

Populus trichocarpa PHO1;H2

75

99

Brassica rapa PHO1;H12

82

Populus trichocarpa PHO1;H5

Thellungiella halophila PHO1;H5

Linum usitatissimum PHO1;H2

100

Gymnosperm

100

Arabidopsis thaliana PHO1;H1

Linum usitatissimum PHO1;H3

Gymnosperm

71

100

Capsella rubella PHO1;H6

100

Ricinus communis PHO1;H5

97

Citrus sinensis PHO1;H3

Manihot esculenta PHO1;H2

100

Citrus clementina PHO1;H3

Brassica rapa PHO1;H11

59

Glycine max PHO1;H14

Brassica rapa PHO1;H9

82

98

Glycine max PHO1;H12

Brassica rapa PHO1;H12

80

100

Phaseolus vulgaris PHO1;H4

Thellungiella halophila PHO1;H5

100

Cucumis sativus PHO1;H5

Capsella rubella PHO1;H6

59

81

Eucalyptus grandis PHO1;H5

Arabidopsis thaliana PHO1;H1

97

58

Malus domestica PHO1;H4

Class II

95

Citrus sinensis PHO1;H3

100

100

62

Malus domestica PHO1;H5

Citrus clementina PHO1;H3

100

Prunus persica PHO1;H4

Carica papaya PHO1;H1

56

Vitis vinifera PHO1;H1

72

Vitis vinifera PHO1;H1

100

Mimulus guttatus PHO1;H4

Mimulus guttatus PHO1;H4

100

91

87

86

Mimulus guttatus PHO1;H1

Mimulus guttatus PHO1;H1

Aquilegia coerulea PHO1;H3

Aquilegia coerulea PHO1;H3

Sorghum bicolor PHOH3

100

Sorghum bicolorPHOH3

100

99

100

Zea mays PHO1;H1

Zea mays PHO1;H1

99

100

Seed Plants

Seed Plants

Setaria italica PHO1;H3

100

Setaria italica PHO1;H3

100

Brachypodium distachyon PHO1;H1

Brachypodium distachyon PHO1;H1

65

75

59

94

Oryza sativa PHO1;H3

59

Oryza sativa PHO1;H3

93

Setaria italica PHO1;H1

Setaria italica PHO1;H1

100

100

Sorghum bicolor PHOH1

Sorghum bicolor PHOH1

100

100

Oryza sativa PHO1;H1

Oryza sativa PHO1;H1

Picea glauca PHO1;H1

Picea glauca PHO1;H1

99

98

Pinus taeda PHO1;H3

Pinus taeda PHO1;H3

Plants

Class II-B

Selaginella moellendorffiiPHO1;H6

Selaginella moellendorffii PHO1;H6

Plants

94

Physcomitrella patens PHO1;H4

88

Physcomitrella patens PHO1;H4

100

100

Physcomitrella patens PHO1;H7

Physcomitrella patens PHO1;H7

100

100

Physcomitrella patens PHO1;H1

Physcomitrella patens PHO1;H1

57

69

Physcomitrella patens PHO1;H6

Physcomitrella patens PHO1;H6

100

100

Physcomitrella patens PHO1;H3

Physcomitrella patens PHO1;H3

Selaginella moellendorffii PHO1;H7

Selaginella moellendorffii PHO1;H7

100

100

Selaginella moellendorffii PHO1;H2

Selaginella moellendorffii PHO1;H2

97

97

Selaginella moellendorffii PHO1;H9

Selaginella moellendorffii PHO1;H9

86

85

Selaginella moellendorffii PHO1;H1

Angiosperm

Selaginella moellendorffii PHO1;H1

Angiosperm

Physcomitrella patens PHO1;H5

Physcomitrella patens PHO1;H5

100

100

Physcomitrella patens PHO1;H2

Physcomitrella patens PHO1;H2

Micromonas pusilla PHO1

Micromonas pusilla PHO1

95

88

Ostreococcus lucimarinus PHO1

Ostreococcus lucimarinusPHO1

Caenorhabditis elegans SYG-1

Caenorhabditis elegans SYG-1

100

Saccharomyces cerevisiae SYG1

Saccharomyces cerevisiae SYG1

99

Mus musculus XPR1

Mus musculus XPR1

100

Homo sapiens XPR1

Homo sapiens XPR1

Gymnosperm

Gymnosperm

0.1

0.1

Class II-Basal

100

100

100

Green algae

Out-groups

Figure S1. ML trees generated using both WAG and LG models.