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第十章 族群遺傳 (Population Genetics)

第十章 族群遺傳 (Population Genetics). 大綱 幾個重要的定義 族群內個體的多型性 Hardy-Weinberg 的理論 何計算對偶基因頻率與基因型頻率 影響族群內對偶基因頻率與基因型頻率的因子 近親繁殖 . 族群 (Population) 某特定地區內,一群可以互相交配的生物個體。 族群是由同種的生物組成,如一座山內所有的白頭翁總和,就 組成一個白頭翁的族群 基因池 (gene pool) 一個族群內所有的生物個體對偶基因的總和。 人類基因池 : 是指一個族群內所有人類基因的總和

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第十章 族群遺傳 (Population Genetics)

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  1. 第十章 族群遺傳 (Population Genetics) • 大綱 • 幾個重要的定義 • 族群內個體的多型性 • Hardy-Weinberg的理論 • 何計算對偶基因頻率與基因型頻率 • 影響族群內對偶基因頻率與基因型頻率的因子 • 近親繁殖

  2. 族群(Population) • 某特定地區內,一群可以互相交配的生物個體。 族群是由同種的生物組成,如一座山內所有的白頭翁總和,就 組成一個白頭翁的族群 • 基因池(gene pool) • 一個族群內所有的生物個體對偶基因的總和。 人類基因池:是指一個族群內所有人類基因的總和 • 孟德爾族群(Mendelian population) • 具有相同基因池的生物互相交配形成的一個穩 定且不再演化的族群,即一個平衡的族群。

  3. 族群遺傳學(Population genetics) • 研究孟德爾族群內對偶基因出現的頻率及對偶基因之間的相互影響 • 族群遺傳是以數學的方式來表示族群隨著時間的變化,族群內對偶基因頻率的改變。 • 族群遺傳學家是研究某基因池內,個體差異 的程度,以及這些差異如何被保留在一個基因池中,族群遺傳的研究有助於我們瞭解演化的機制 • 演化(Evolution) • 演化是組成族群的生物體代代相傳、長久時間下,因突變、 天擇等因素,牠們的基因型發生改變,於是生物個體間產生差 異,而此差異又可傳到下一代,造成演化

  4. 族群內個體的多型性 • 族群內,個體的差異性比我們想像的還高,有些差異造成外表不同, 有些差異,外表看不出來。 • 藉助細胞遺傳學,生化或分子生物學 的研究,便可發現同一個族群的個體之間差異很大 • 型態多型性(Morphological polymorphism) 指在一個族群內,存在有兩種或更多種的不同外型的生物個 體。 例如王蛇(King snake)一種是一節黃一節黑,一種是一條黃一條黑。

  5. 例如:蛋黃蝸牛(圓10-1)殼上的條紋數目不定 • 有0、1、3 或5條。 這種差異是因allele不同造成 • 在不同地區,每種 allele佔的百分比不同 • 空曠地區,無條紋的蝸牛不易被鳥捕食,在草叢區有條紋的蝸牛不易被鳥捕食,隨環境不同,經鳥篩選,造成在不同地區每一種allele佔的百分比不同 • 染色體多型性 • 同一種生物,牠們的染色體圖應該一樣 • 有額外染色体(extra chromosome)、異位、倒轉、重複等染色體異常現象。 • 有些生物染色體變化太多,甚至無法決定那一種才是標準

  6. http://delta-intkey.com/britmo/images/hnemor01.jpg

  7. 如北美西部的一種果蠅在加 州、德州、亞利桑那等地,每一區都具各種不同的染色體倒轉 ,且倒轉佔的比例也相差很多 • 蛋自質多型性 • 族群內,個體的差異性比我們想像的還高,生物體外型相像, 但內在組成已隱藏著一些差異,這些差異就是造成演化的原動 力 • 果蠅的酶分析 J. L. Hobby & R. C. Lewonton由自然界生長的的果蠅族群,分離出18種酶,用電泳分 離:觀察band的位置,其中9種是每隻果蠅皆相同,另外9種差別很大 • 表示這九個基因至少有2個以 上的對偶基因,其中一個酶有6個不同的結構,表示這個基因,有6個不同的alleles,每一個allele所製出的 蛋白質跑電泳的速度不同。 • 果蠅族群的基因座中, 30%具有2或3種以上的alleles,每 一隻果蠅的基因座約有12%是異型結合的,即每隻果蠅大約具700-1200異型結合基因座

  8. 蛋白質序列不同,蛋白質分子所帶的電價、形狀、大小不同、 蛋白質序列基本上還是由DNA的序列決定 • 老鼠的磷酸葡萄糖異構酶 • S. E. Lewis & F. M. Johnson研究16隻老鼠的磷酸葡萄糖異構酶,經電泳分析,共出現三種條紋型: • 只有一個條紋,移動很快 FF • 只有一個條紋,移動慢 SS • 有兩個條紋,一移動快,一個移動慢: FS • 酶的移動快慢即為酶的外表型,酶移動快慢的改變是由核苷酸序列決定 • 同一基因,不同的對偶基因產生的一組酶稱為異型酶(allozymes),通常是共顯性,故異型結合會顯出兩個異型酶

  9. 16隻老鼠,基因型的分佈: 5FF 、 7FS 、 4 SS 對偶基因F的頻率: [(2x5) +7] /(2x16) = 0.53 對偶基因S的頻率: [7+(2x4)] /(2x16) = 0.47

  10. 異型酶(allozyme):指同一基因座,不同的allele控制產生的酶(圖10-2)異型酶(allozyme):指同一基因座,不同的allele控制產生的酶(圖10-2) • 同功酶( isozyme ) • 有的具多條 polypeptides,電泳跑出多種不同的條紋,並非對偶基因的不同,而是次單位間的作用 • 例如 LDH ( lactose dehydrogenase)跑電泳出現5種條紋,分別 是A、B兩個基因產物組合成: AAAA、AAAB、 AABB、ABBB、BBBB (圖) • 有的僅具一 條polypeptides ,電泳跑出不同條紋,可能allele不同,功能相同,胺基酸序列不同

  11. 突變( mutation)以及有性生殖的基因重組(sexual recombination)會造成遺傳上的差異 • 基因多型性(gene polymorphism) • 由檢查蛋白質或基因之後才發現族群內遺傳變異非常大。 • 多型性的比例(proportion of polymorphism) • 當最常出現的allele的頻率<0.95就稱該基因是多型性的 • 16隻老鼠的分析:F的頻率<0.95 就是多型性 • 已分析過的植物與脊椎動物,約有20%的酶是屬於多型性,顯示個體間遺傳變異很普遍,多型性的百分比很高

  12. 異型結合性:人類基因中約有6.7% 為異型結合。我們稱人類的異型結合性為0.067、大象為0.089、果蠅為0.12 、豹為0.0 • 異型結合愈低代表該生物愈純種, 適應力愈低,豹是哺乳類中異型結合最低的, 有人預估豹可能因某種病毒感染或環境的變遷而絕 種 • DNA多型性(DNA polymorphism) • 限制片段多型性( RFLP restriction fragment length polymorphism)人類或其它生物的基因組內RFLP是很常見的 • 是一種共顯性的遺傳標誌,用限制酶切人類DNA,因DNA序列不同, 切出的長短不同,就顯出人類DNA • 圖顯示人類族譜內RFLP對偶基因的分離現象

  13. Allele A1有三個限制酶切割點, A2只有兩個切割點,切出的 DNA先跑gel,經Southern blot‘用DNA probe去雜化,可看出Al的DNA片段較短,跑得較快, A2 DNA較長,跑得較慢 RFLP的分離現象,父母基因型均為AlA2::子女有A1A1、 A1A2、A2A2比例為1:2:1。同型結合體只有一個條紋,異型結合體有兩個條紋

  14. 簡單前後重複多型性( STRP , simple tandem repeat polymorphism) • 一小段DNA前後重複多次,不同個體 間某染色體上所具重複次數不同,代表生物DNA的多型 性。 • 基因體內有很多不同區具有STRP。可以利用特殊的primer經PCR技術,量化基因體內某一區的STRP,然後跑gel後可決定重複次數

  15. Hardy-Weinberg的理論 • 英國數學家G. H. Hardy和德國醫生W. Weinberg二人分別提 出相同的原則來解釋一個族群中,某個對偶基因出現的頻率,後來稱為哈帝一溫伯平衡原則 (Hardy-Weinberg equilibrium) • 定義:在一個平衡的族群(Mendelian population)內 • 生物代代相傳, allelic frequency不會改變 • Genotype的產生,可依二項式分佈 (p+q)2=1 p:對偶基因A頻率; q:對偶基因a頻率 p2=f(AA) ;基因型AA頻率 2pq=f(Aa) :基因型Aa頻率 q2=f(aa) ;基因型aa頻率 此原則的前題必須要在一個平衡的族群

  16. 要達到平衡的族群需要下列的條件 • 無天擇(no natural selection) • 無突變(no mutation) • 無遺傳漂變(no genetic drift) • 無減數分裂趨勢(no meiotic drive) • 無遷移(no migration) • 逢機交配random mating • 極大的族群large population • 這些條件下,產生的一個平衡且不再演化的族群 • 自然界幾乎找不到一個平衡且不再演化的族群, 因為自然界的對偶基因頻率是不斷在變化,且以上的幾個條件也不可能完全達到 • 為了計算對偶基因頻率,仍依Hardy­Weinberg的公式,好比在化學上,我們依「理想狀況j下來計算氣 體的體積,摩爾數等的關係 • Hardy&Weinberg公式是假設在「理想狀況」下,來計算某對偶基因頻率與基因型頻率。 同時我們可以由數代相傳中某對偶基因變化的大小及方向,來推知產生此變化的原因。

  17. 在一個平衡族群中有allele A/a,每一個對偶基因可用百分比表示 p = f (A); q = f (a) 一般allele只有兩種A或a ‘故p+q=l • 例如一個族群中, allele A出現的機率是48% ’ allele a出現的機率就是q=1-p=52%。 • 如何計算對偶基因頻率(allelic frequency)、基因 型頻率(genotypic frequency) • 共同顯性(codominance) 血型有一種稱俄亥俄(Ohio) MN血型,基因M/ N有二種對偶基因,但此二種對偶基因均為顯性,故有3種外表型 (phenotype)

  18. 自由度(degree of freedom) = 1 (雖然有三種外表型,只有2個alleles M & N, df=2-1=1) 查chi square table (第三章) df = 1 ' at 0.05 level,chi square 值=3.841 實驗值為0.58 < 3.841 chi square代表實驗值與理論值的差異。 當chi square 小,表示實驗值與理論值差異小,即接受假說:表示 實驗值符合Hardy& Weinberg equilibrium

  19. 完全顯性(Complete dominance) 假設有280人作PTC試驗。 • PTC (phenylthiocarbamide)是一種化學物質又稱phenylthiourea,實驗時將濾紙泡在PTC溶液中,取出乾燥,以舌尖舔‘會 有下列幾種情況 • 有味覺( taster)嘗起來,大部份人覺得非常苦,極少數人 覺得甜。 • 無味覺(nontaster)嘗起來,無味

  20. 請問對偶基因T, t,基因型TT, Tt, tt的頻率? 解:設p=f (T)q=f(t) 先計算同型隱性結合子的頻率 q2 = f (tt) = 82/280 = 0.2929 Q = 0.5412..·......f (t) p+q = l p= 1-q = 0.4588······f (T) • 有味覺198人中,有同型結合的TT也有異型結合的Tt,利用Hardy-Weinberg公式 (p+q)2 = p2+2pq+q2 f(TT) = p2 = 0.2105 f(Tt) = 2pq = 0.4966 f (tt) = q2 = 0.2929

  21. 多重對偶基因(Multiple allele) • 人類的血型分A, B, O, AB四型,它們是由3個對偶基因(IA, IB, i)控制,其中IA對i or IB對i是完全顯性(complete dominance); IA對IB是共同顯性(codominance) 要計算這三種對偶基因的頻率先假設: f(IA)=p f(IB)=q f(i) =r p+q+r = l (p+q +r) 2 = p2+q2+r2十2pq十2pr+2qr • 例: 173人,檢查血型結果如下,請問對偶基因lA, IB及i的頻率?

  22. 性連對偶基因(sex -linked alleles) • 性染色體上的對偶基因頻率與前面所討論的體染 色體上的對偶基因頻率不同。 • 原因:雄XY只有X染色體上帶有基因,而Y帶的基因很少,故性連性狀的基因型頻率為:

  23. 例:男性色盲為性連隱性,若8%的男人 是色盲,請問女性色盲的機率?女性正常異型結合體的機率 ? q=0.08, p = 1-0.08 = 0.92 女性色盲機率 q2 = (0.08)2 = 0.0064 女性異型結合體機率 2pq=2 x 0.92 x 0.08=0.1472 以上所討論的是依Hardy-Weinberg原則來計算一個族群的 allelic frequency與genotypic frequency 。 • 先決的條件:假設在一個無天擇(no selection) ,無突變(no mutation) ,無遺傳漂變(no genetic drift) ,無減數分裂趨勢 (no meiotic drive) ,無遷移(no migration) ,且是逢機交 配(random mating)的大族群(large population)

  24. 影響族群內對偶基因頻率與基因型頻率的因子 • 天擇(Natural selection) • 天擇適者生存,不適者淘汰的過程。 • 天擇是改變對偶基因頻率的主要因素,因為天 擇的結果使某種基因型的個體減少,因而改變原有的對偶基因頻率。天擇分兩大類: • 部份篩選(Partial selection) 經環境的篩選,有部份的個體被淘汰,此淘汰的過程是漸進且緩慢的。

  25. 例如A_的個體產生100個子代,在某環境下,這100個子代皆全部長大,且能生育後代。 若aa個體也生100個子代,在某環境下,只有的個子代會長大,生育後代。 • 以W表適應值(adaptive value or fitness) • W:某種基因型的個體可以適應者佔全部的比例 • 我們以s表篩選係數(selective coefficient) • s :表某種基因型的個體被淘汰者佔全部的比例 • W+s= 1··············· (1) 此例中A_的個體W= l s=0 aa的個體W= 0.8 s=0.2 • 若天擇是淘汰隱性對偶基因,淘汰前後,對偶基因頻率的變化:

  26. 基因型 總數 AA Aa aa 篩選前p2 適應值1 篩選後, 2pq q2 1 l-s 2pq q2(1-s) p2+2pq+q2二I p2+2pq+q2 (1-s)二1-sq2

  27. 由於p+q=1, p=l-q 上表改寫成以q代替p

  28. 篩選後Aa產生的a配子佔全部的比例:q(1-q)/1-sq2 aa產生的a配子佔全部的比例:q2(1-s)/1-sq2 全部a的頻率: q(1-q)+ q2(1-s) /1-sq2=q-sq2/1-sq2 q0表親代對偶基因a頻率 q1表篩選一代後對偶基因a頻率 q1= q0-sq02/1-q02 上面所舉的例子中,若要知道篩選一代後allele a頻率: q0=0.5, s=0.2,由公式(2)可計算 q1= [0.5-0.2X0.52] / [l-0.2X0.52]=0.4737 若要再計算由親代到子代間,對偶基因頻率的改變,可將公式 (2)再推演成公式(3) • q = q1-q0 = -sq02 (1-q0) /1-sq02···············(3) • 公式(3)可計算每一代篩選中q的改變量 上例中可算出q = -0.0263 不同的s值代表族群的不同趨勢,當S很小(表淘汰少)  q 愈趨近於零

  29. 完全篩選(Complete selection) • 經環境的篩選,基因型aa的個體,完全被淘汰,我們稱這種個體帶有致死基因 • aa個體的s=l, 子代的基因型剩AA, Aa • 若天擇是完全淘汰,淘汰前後,對偶基因的變化如下:

  30. 要計算篩選後,任何一代對偶基因頻率變化,可推演成公式(4) qn=qo/l +nq0····(4) q0 :篩選前某隱性基因的頻率 qn :經n代篩選後該隱性基因的頻率 上例中經過一代 q0=0.5, n=1 q1=0.5 /[1 + (1 X 0.5) ] = 0.33 若要計算由q0變成另一值qn需要經過幾代,可將公式(4)改寫成: n = 1/qn- 1/q0…………(5) 假設q0=0.5 '請問要達到qn=0.33需要經過幾代? n = 1/0.33 - 1/0.5 = 1 : 1 • 適者的條件並非絕對的,而是由環境來決定何者為適者。

  31. 一種胡椒蛾(pepper moth) 野生種A_:外表淡胡椒色 突變種aa :外表黑色 • 19世紀胡椒蛾都棲息在長有地衣的樹或石頭上。 蛾的顏色與背景很相像,不易被鳥發現,故以胡椒色蛾居多。 • 20世紀中葉,工業的污染造成地衣死亡,樹幹石頭又保持原來的暗色,於是黑色的蛾居多。 • 近年來防治污染,黑煙排放量減少,地衣又長出,淡色蛾的比例又提高。 • 由此例可看出黑色蛾並非永遠優於淡色蛾,所謂“適者”是視環境、時間、地點等來決定。 • 對偶基因頻率會隨環境而變化,此變化會經天擇而 改變。

  32. 突變(Mutation) • 突變(mutation)的結果使原有對偶基因(allele)變成新的對偶基因如allele A→allele a 。於是對偶基因頻率與基因型頻率都發生改變。 • 引起突變的原因:包括自然突變及誘導突變,例如化學 物質、x ray 、紫外線等 • 突變的影響 • 自然突變非常低,約1/1000~1/百萬, 故自然突變對對偶基因頻率的影響很小,必須經過很長的 時間,才能看出突變對對偶基因頻率的影響。 • 突變主要是產生“新的對偶基因(new alleles) ”,然後由『篩選』來決定那一種“對偶基因”得以保存下來。 • 能適應環境的突變個體才能保存下來。 突變會發生,也會再變回

  33. u : allele A變成a的突變率 v : allele a變成A的突變率 野生型→突變型,稱為正向突變 突變型→野生型,稱為回復突變 • 對偶基因A和a的頻率會受u和v影響 • 假設原族群對偶基因A的頻率是p , 對偶基數a的頻率是q。 當族群達到穩定平衡時:

  34. 突變與篩選共同作用(Combined effects of mutation & selection) • 自然界突變與篩選共同作用造成對偶 基因的改變 • 例如長期使用抗生素會造成抗藥性細菌愈多。 原因是:具抗藥性品系經抗生素的篩選留下,又經繁殖使數目增 加。此例中突變是自然產生,抗生素只是一個篩選劑而非突變劑 • 突變是將一個對偶基因變成另一個新的 對偶基因。 • 篩選是將某一對偶基因由一接群中淘汰 • 當突變與篩選共同作用達到一個平衡時: 突變產生的新allele數目=篩選淘汰的allele數目。 若allele a是一個不利生存的對偶基因,在篩選中會被淘汰,達平 衡時,突變率(u) =淘汰率(sq2) u = Sq2 q2 = u/s q = √u/s

  35. 例:Allele A變a的突變率6x10-5,基因型aa的適應力=0.2 當達到突變一天擇平衡時, allele a的機率? W=0.2 s=1-0.2=0.8 q=√u/s= √(6 X 10-5/0.8) = 8.66 x 10-3 • 例假設某種遺傳疾病由正常突變成隱性致死基因的突變率是 6x 10-6,請問達突變一天擇平衡時,該致死基因的頻率? q=√u/s,當突變是致死基因時 s = l 完全淘汰,無適應性。 q=√u/1=/√6x10-6 = 2.449 x 10-3

  36. 遷移(Migration) • 定義:遷移是指一族群中有生物個體或配子移進移出 • 影響 遷移是讓兩個原本隔離的的族群間有基因流通,遷移是演化的一個動力。 • 例如:歐洲ABO血型的B allele:由東到西是呈一種梯度變化,在中亞最高,愈往西愈低,到西班牙東北達最低,這是因蒙古 人遷移到歐洲而造成的 • 人類細胞表面的HIV病毒受器( receptor) • HIV病毒會感染人類是因白血球細胞表面有CCR5受器,病毒表面有外套 膜會與細胞表面的CD4結合,之後外套膜 又會與CCR5受器結合,誘導病毒外套膜與細胞膜融合而進 入細胞

  37. 有的人突變帶CCR5-32 allele (有32個base缺 失) ,製出的受器不完整, HIV病毒無法進入細胞,不會變成 AIDS • CCR5-32 allele可能源於18世紀歐洲東北的高加索族群,後來往西擴散,東北頻率最高,往西往南遞減 • 基因流動稱遷移壓力( migration pressure) • 指一個族群 中,失去某些allele或有某種外來的allele進入,而改變原有對偶基因頻率,遷移與突變都會 造成對偶基因頻率的增加或減少 • 基因流動的結果使族群之間的差異:變小 • 篩選的結果會使族群問的差異:變大 • 篩選使族群在不同地理區域更能適應該地理區的環境,生物若由於地理隔離且無遷移(無基因的流動) ,長久之後就可能產生新種

  38. 遺傳漂變(genetic drift) • 定義:生物代代相傳,某一對偶基因頻率雖然保持相當穩定,仍有一 些差異產生,此種差異的輻度稱為遺傳漂變(genetic drift) • 影響:在一個很大的族群中,遺傳漂變的影響很小,可忽略。 在一個小的族群中,遺傳漂變的影響較大 • 造成遺傳漂變的原因是因逢機交配時,不是很平均,有時會有 一些偏差 • 例如: AaXAa交配生的後代, 理論上AA: Aa: aa= 1 : 2 : 1 子代數目愈多愈接近1 : 2 : l 若子代數目少, 假設第一代生下的AA、Aa多, aa少,於是第二代,第三代繼 續下去,A佔的愈多, aa愈少,可能到第十代時,A佔90% 以上,即f(A)愈高, f (a)愈低 • 這種對偶基因機率的變化稱為遺傳漂變,造成遺傳漂變的原因多半是因族群小

  39. 造成遺傳飄變的兩種情況 • 創始者作用(founder effect) • 某一族群內,少數幾個個體移民到某一孤島或與外界隔離的 地區,經繁衍產生新族群,於是新族群與母族群之間具有不同 的基因池,且新族群的對偶基因頻率與母族群間也有差異,造成的一種遺傳漂變。 • 例如美國賓州一個荷蘭村,起源於少數幾個祖 先他們的生活與外界隔離,不與外界通婚,全村17000人,約 有13%帶有某種同型隱性對偶基因,外表矮小,具有額外小指頭。雖此基因也出現在世界其它地區,但以該區出現的機率最高,可能是祖先中有數人帶有這種對偶基因,經長期互相通婚,造成對偶 基因頻率的差異。

  40. 族群瓶頸(population bottleneck) • 某族群因某因素(非天擇造成) ,使人口急速減少造成的一種 遺傳漂變,例如19世紀,加州沿岸的海象被大肆屠殺,只剩20頭, 19世紀末,美國與墨西哥政府保護政策,而使海象的數量又增加為3萬, 124隻海象作遺傳分析,發現有21個基因座都是同型結合的。 顯示在經過這種族群瓶頸的過 程,使海象的遺傳差異性變小,適應性變差,此外海象是一夫 多妻制,也可能造成海象族群中同型結合的機會

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