kontrol af indberettede afstamningsoplysninger
Download
Skip this Video
Download Presentation
Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 26

Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger - PowerPoint PPT Presentation


  • 81 Views
  • Uploaded on

Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger. Delprojekt af Brugbare Data Kevin Byskov, Jørn Pedersen og Anders Fogh. Disposition. Baggrund for projekt Indsamling af data Hvordan er test foregået Resultater Sammenligning - andre forældreskabsundersøgelser Effekt i avlsværdivurdering

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about 'Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger' - sidone


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
kontrol af indberettede afstamningsoplysninger

Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger

Delprojekt af Brugbare Data

Kevin Byskov, Jørn Pedersen og Anders Fogh

disposition
Disposition
  • Baggrund for projekt
  • Indsamling af data
  • Hvordan er test foregået
  • Resultater
  • Sammenligning - andre forældreskabsundersøgelser
  • Effekt i avlsværdivurdering
  • Hvordan følger vi op
baggrund for delprojektet
Baggrund for delprojektet
  • Udvikling af ny SNP baseret forældreskabstest
    • Billigere end nuværende microsatellit-metode
  • Genbestemmelse af fejlrate i afstamningen hos dansk malkekvæg
    • I forbindelse med udvikling CVM-testen blev der estimeret en fejlrate mellem far og afkom på 3,8 % hos Holstein
  • Undersøge sammenhænge mellem fejlrate og forskellige besætningsfaktorer
slide4
Data
  • Øreklipprøver indsamlet i 2008
  • 1230 kalve og 1184 køer i 54 besætninger
    • Tvillinger, koen kunne ikke findes mm.
  • Data fra 3 besætninger gik tabt under oprensning af DNA (74 ko-kalv par)
  • Manglende DNA på mor/far for dårlig/lidt DNA
  • 996 kombinationer af kalv-ko-tyr testet
test af reklip dna
Test af øreklip-DNA
  • Alle dyr er testet med den nyudviklede metode (VeraCode)
  • DNA-mængde og kvalitet var ikke altid tilstrækkelig til VeraCode-metoden
    • Øreklipene, som metoden var testet på inden dette projekt, indeholdt mere DNA-meteriale
  • SNPs udvalgt så test skulle kunne anvendes på tværs af racer (kød og malkekvæg)
    • For få informativeSNPs inden for race, når en del SNPs samtidig udgik på grund af dårlig DNA-kvalitet
test af reklip dna1
Test af øreklip-DNA

Resultat af VeraCode

Udvalgt til microsatellit

test af reklip dna2
Test af øreklip-DNA
  • Ekstra blodprøve er indsamlet fra 10 kalve og deres mødre, for at verificere at den afviste afstamning på basis af øreklipprøven er korrekt afvist
    • Kontrol af prøveudtagningen i første runde
  • Mødre med microsatellit-test er sammenhold MF
    • Finder vi omtrent samme resultater?
hvor opst r fejlene
Hvor opstår fejlene
  • Da ikke alle dyr er testet med en sikker metode, er det svært at påvise sammenhænge mellem fejlrate og besætningsfaktorer
    • Meget forskelligt fra besætning til besætning hvor mange dyr, som er testet med microsatelliter
  • Der er alligevel nogle ting, som står klart på baggrund af de resultater, vi har til rådighed
hvor opst r fejlene1
Hvor opstår fejlene
  • Ca. 2/3 af de fundne fejl skyldes fejlmatch mellem ko og kalv
    • Obs! Undersøgelsen er foretaget i store besætninger, hvor denne type fejl muligvis er hyppigere
  • Fejlmatch af ko og kalv tæller ”dobbelt”
    • En Ko-fejl kommer sjældent alene…
  • Svag tendens til, at besætninger med fælles- kælvningsboks har en højere fejlrate
    • Men også mange ko-kalv fejl i besætnigner med enkelt-kælvningsbokse
hvor opst r ko kalv fejlene
Hvor opstår KO-KALV fejlene
  • I 19 af de 50 undersøgte besætninger er der ikke fundet tilfælde af fejlmatch mellem ko og kalv
  • I de resterende 31 besætninger har der i gennemsnit ved de testede dyr været 1 fejl for ca. hver 11. kviekalv
    • For hver 22 fødte kalve sker der én ombytning
tyrfejl
Tyrfejl
  • Kun ca. 1/3 af de fundne fejl skyldes alene fejl mellem tyr og kalv
    • Oftest vil kalven også optræde med forkert far, hvis mor er forkert
  • 1/3 af de fundne fejl mellem tyr og kalv er resultat af en inseminering foretaget af ejerinseminør
    • Kun 1/9 af de undersøgte kalvene er resultat af en inseminering foretaget af ejerinseminør
    • højere fejlrate hos ejerinseminører
niveau i andre lande
Niveau i andre lande

* Fejlrate i 5 afkomsgrupper af Angeltyre

effekt i avlsv rdiberegningerne4
Effekt i avlsværdiberegningerne
  • Endvidere bliver estimater for fx heritabilitet mindre, hvis der er fejl i afstamning

(Van Vleck (1970) )

hvor p = andelen af korrekt identificerede afkom

  • USA: 11 % af døtre fik påsat ny far tilfældigt
    • lavere trend i forhold til rutine avlsværdivurdering

(Banos et al. 2001)

effekt i avlsv rdiberegningerne5
Effekt i avlsværdiberegningerne
  • Eksempel:

Arvbarhed 0,30

Antal døtre 100

  • Ingen fejl i afst:

Sikkerhed på grundlag af døtre = 0,89

  • 10 % fejl I afstamning  h2= (1-0,10)2*0,30

Sikkerhed på grundlag af døtre = 0,87

  • Reduktion i avlsfremgang ~ 1-1,5%
konklusion udvikling af ny test
Konklusion – udvikling af ny test
  • VeraCode-metoden er billigere og arbejdsmæssigt nemmere at gennemføre end microsatellit-metoden
  • VeraCode-metoden er ikke velegnet på små øreklip
    • Metoden er velegnet til blod- og sædprøver
  • VeraCode-metoden er allerede overhalet af nye metoder
    • Stor udvikling inden for området bl.a. pga. genomisk selektion
konklusion fejlrate og bes tningsfaktorer
Konklusion – Fejlrate og besætningsfaktorer
  • Fejlraten er højere end forventet
    • Specielt flere fejl mellem ko og kalv end forventet
  • Der er for mange fejl
    • Lavere sikkerhed på avlsværdivurdering
    • Para TB – sanering?
    • Salg af levedyr – eksport
  • Bekendtgørelse om mærkning, registrering og flytning af kvæg, svin, får eller geder §17 stk. 3

4) ”Moders CKR-nummer. I tilfælde af embryotransplantation indberettes både donor- og recipientmoder”

hvordan forholder vi os fremadrettet
Hvordan forholder vi os fremadrettet
  • På lang sigt:
    • Forældreskabstest tænkes ind i nye projekter
    • Genomisk selektion - Storskalaindsamling af DNA
  • På kort sigt:
    • Information om resultater
    • Hvad er det der skal speciel fokus på – registrering af kalvens mor
    • Rutiner
slide24
Standard

Operationel

Procedures

anerkendelse
Anerkendelse

Det Europæiske Fællesskab og Fødevareministeriet ved Direktoratet for FødevareErhverv har deltaget i finansieringen af denne aktivitet.

DNA-ordog

ad