90 likes | 192 Views
Crystal Structure and Deletion Analysis Show that the Accessory Subunit of Mammalian DNA Polymerase γ, PolB, Functions as a Homodimer. Molecular Cell, Volume 7, Issue 1 , 1 January 2001, Pages 43-54 PDB ID:1G5H. 作者簡介.
E N D
Crystal Structure and Deletion Analysis Show that the Accessory Subunit of Mammalian DNA Polymerase γ, PolB, Functions as a Homodimer Molecular Cell, Volume 7, Issue 1 , 1 January 2001, Pages 43-54 PDB ID:1G5H
作者簡介 • 作者一覽:Jose A. Carrodeguas*, Karsten Theis^*, Daniel F. Bogenhagen*, and Caroline Kisker^* • *紐約州立大學石溪分校,藥理科學系。 • ^結構生物學中心。 • Caroline Kisker,美國紐約州立大學石溪分校,藥理科學系副教授。
Main Biological Question • 已知PolγB會形成Dimer的型式與PolγA結合,組成Polγ holoenzyme,作為ATP-dependent processivity factor 。然而其dimerization與DNA binding motif到目前還是沒有人研究過。本篇作者便是為了解答上述的問題,而解出PolγB的結構。
Results • 決定了mouse PolγB的結構 • PolγB具有類似於Glycyl-tRNA syhthase的folding方式,且有著額外的Dimerization Domain • 找到DNA binding site
What I interesting • PolγB 的DNA binding motif與Glycyl-tRNA syhthase在立體結構上如此相似,是否表示了不同酵素的DNA binding motif在演化上有親緣關係? • DNA polymerase是無論各種生物都有的,為了能達到high processive,幾乎所有的replicase都有processivity factor。但PolγB與PCNA之間,作用機制卻完全不相同,是否可為內共生說之證據? • 或許能採用3D結構比對配合序列比對進行演化親緣關係的研究。
預期結果 • 配合3D結構比對與序列比對,透過演算法(如果有的話)計算出各種具有相似DNA binding motif的蛋白質間的distance,藉以描繪出DNA binding protein的樹狀關係圖,配合分子時鐘,或許找到並描繪出最早的protein-DNA interaction的情景。