1 / 22

- COMPARISON - Multiple Sequences Alignment

- COMPARISON - Multiple Sequences Alignment. Multiple Sequence Alignment ?. Usaha penjajaran (alignment) lebih dari satu sekuen

neve-hoover
Download Presentation

- COMPARISON - Multiple Sequences Alignment

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. - COMPARISON -Multiple Sequences Alignment

  2. Multiple Sequence Alignment ? • Usaha penjajaran (alignment) lebih dari satu sekuen • Berhubungan dengan penentuan hipotesis terhadap beberapa sekuen, yaitu seberapa besar perubahan (evolusi) dari sekuen tersebut yang terjadi melalui proses substitusi, delesi, dan insersi pada residu-residu sekuen tersebut. SEKUEN STRUKTUR FUNGSI

  3. Program Multiple Alignment

  4. Progressive Sequence Alignment

  5. Input data sekuen Program multiple Alignment Clustal X Input data  Sekumpulan sekuen yang homolog (Share a common ancestor) Input Sekuen yang homolog  Fasta format

  6. Hasil Multiple Alignment Residu hasil penjajaran • Perbedaan residu menunjukkan adanya subtitusi • Gap “-”  adanya insersi atau delesi residu • Residu yang muncul di setiap sekuen ditandai dengan tanda bintang “ * ” • Tanda “ : ”  berbeda residu, namun memiliki sifat fisikokimia (hydropathy) yang sama Posisi setiap residu Gap Subtitusi Sekuen Input Non Conserve Conserve

  7. Kriteria dan arti dari Multiple Sequence Alignment

  8. - PREDIKSI -Filogenetika molekuler

  9. Filogeni Ilmu yang mempelajariestimasiataukonstruksisejarahevolusidarisuatuorganismeatausekuen FilogenetikaMolekuler Filogeni yang berdasarkanperbandingan data-data sekuenbiologimolekuler (DNA atau Protein)

  10. TERMINOLOGI • Root • Branch (Edges) = Cabang • Branch Length = Tingkat perbedaan • Gene Tree • Species Tree • Node: • Internal (Last Common Anchestor) • Terminal = Leafs (OTUs) • Outgroup

  11. HOMOLOGY • Homolog = kesamaan yang diperolehdarianchestor (nenekmoyang) yang sama. • Ortolog = duplikasiketikainangmembelah, bersamaandengankeseluruhangenom (vertically transmitted/ parent to offspring)  gen X spesies A dengan gen X spesies B • Paralog =munculkarenaduplikasi gen (multigene family)  Gen X dengan Gen X’  Rentanmisinterpretasi (karenahilangnya gen)

  12. Filogenetik cenderung tidak bias karena informasi yang digunakan adalah sekuen DNA atau protein • Reason to do phylogenetic : • menentukan kekerabatan organisme, pada bateri dengan sekuen 16s rRNA • menentukan fungsi suatu gen • menetukan asal usul gen • melihat persebaran organisme (filogeografi)

  13. DNA vs Protein, the hard choice? • jika organisme/gen berkerabat dekat atau homologi > 70%  DNA • Jika organisme/gen berkerabat jauh atau homologi < 70%  Protein • Dari mana Anda tahu nilai homologinya? BLAST • Pilihan Anda akan berpengaruh pada hasil Multiple Sequence Alignment

  14. Kunci dari filogenetik yang baik  Multiple Sequence Alignment (MSA) yang baik. • Jika MSA Anda tidak cukup baik  pohon filogenetik tidak dapat dipertanggungjawabkan • Jika MSA Anda baik  pohon filogenetik dapat dipertanggungjawabkan.

  15. Metode rekonstruksi pohon filogenetik : • Distance based method : Mengukur perbedaan basa/asam amino antara dua sekuen. Semakin kecil perbedaan  berkerabat dekat. Contoh : Neighbor Joining (NJ) • Sequence based method : rekonstruksi filogenetik berdasarkan perbedaan yang ada padaosisis tertentu dari sekuen DNA/protein. Contoh : Maximum Parsimony, Maximum Likelihood & Bayesian • Semua metode dapat dipertanggungjawabkan

  16. METHODS • Distance Matrix Methods • (Clustering / Algoritmic Methode)  • UPGMA, NJ, Fitch • Discrete Data Methode • (Tree Searching Methods) • Parsimony, Maximum likelihood, Bayesian • BOOTSTRAPPING (Di Uji Kekokohannya)

  17. Bagaimana membaca pohon filogenetik? • Clade adalah pengelompokan utama pada pohon filogenetik • Jarak antar Clade dilihat dengan membandingkan garis horizontal antar dua cabang dengan skala Pohon filogenetik dengan metode NJ

  18. Bagaimana membaca pohon filogenetik ? • Spesies akan memiliki jarak genetik yang kecil • Genus bakteri dengan beberapa spesies dicirikan dengan jarak genetik yang cukup jauh Pohon filogenetik 16s rRNA dengan metode NJ

  19. Jarak antar genus dicirikan dengan jarak genetik yang jauh Pohon filogenetik 16s rRNA dengan metode NJ

  20. BOOTSTRAPPING

  21. Bootstraping adalah pengujian terhadap kestabilan pengelompokan pada pohon filogenetik kita • Semakin tinggi nilai bootstraping semakin stabil pengelompokan dalam pohon filogenetik kita Bootstraping pohon filogenetik 16s rRNA

More Related