Évaluations génomiques fiables d’une race et d’un pays à l’autre - PowerPoint PPT Presentation

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Évaluations génomiques fiables d’une race et d’un pays à l’autre

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  1. Évaluations génomiques fiables d’une race et d’un pays à l’autre Sander de Roos CRV, Pays-Bas

  2. Valeurs d’élevage estimées génomiques (VÉEG) fiables • Nous voulons tous des VÉEG plus fiables • Sélection plus précise • Usage des jeunes taureaux avec confiance • (VÉEG) fiables ~ N * h2 • N = taille du cheptel de référence • h2 = héritabilité des phénotypes Daetwyleret al. 2008 Goddard 2009

  3. Goddard et Hayes 2009 Exactitude des VÉEG – bêtes non phénotypées Nombre d’individus dans la population de référence

  4. Des VÉEG fiables • Échanges internationaux • un plus grand cheptel N • mais une moins grande h2 (rG < 1) • P. ex.EuroGenomics (N = 4 000  N = 16 000) • profondeur du pis : + 15 % en fiabilité • cellules somatiques : + 11 % • fertilité : + 7 % • rendement en protéines : + 6 % Lund et al. 2011

  5. Que pouvons-nous faire d’autre? • Vaches • Autres races • Objectif = définir les possibilités et les défis

  6. Pourquoi utiliser des vaches? • Pour accroître la population de référence (réf.) • 100 000 vaches de réf.  24 000 taureaux de réf. (h2 = 0,2) • Un nombre illimité • Petites races • De nouveaux pays ou environnements (G x E) • De nouveaux caractères génétiques • Sélection des femelles

  7. Les coûts • Coût du génotypage: 40 euros (€) • 100 000 vaches x 40 € (BovineLD) = 4 000 000 € • Valeur commerciale pour le producteur : 10-30 € • Choisir les meilleurs veaux femelles • Bœuf / conventionnel / sexé / récolte d’embryons • Meilleur rendement du capital investi (RCI) quand l’intensité de la sélection est grande De Roos 2011 Pryce et Hayes 2012 Dassonneville 2012

  8. Biais • VÉEG = VÉE conventionnelle + info génomique • biais dû à un traitement préférentiel • biais dû au génotypage sélectif • Stratégies • ajuster phénotypes des vaches (Wigganset al. 2011; 2012) • omettre phénotypes des vaches • n’employer que des troupeaux complets

  9. Troupeaux de référence du CRV • Troupeaux avec d’excellents résultats • production de lait, conformation, fertilité… • santé de la pince, composition du lait (soins de santé) • Génotypage de toutes les femelles • Le producteur paie 15 € par veau, 0 € par vache • Aujourd’hui : 20 troupeaux, 4 000 femelles • Objectif : 600 troupeaux, 120 000 femelles

  10. Pourquoi utiliser d’autres races? • Prédire les VÉEG des races métissées (croisées) • Les métis affichent davantage de variation génétique • p. ex. production des Holstein + fertilité des Jersey • Utiliser sujets métissés dans le cheptel de réf. • Utiliser race A pour améliorer VÉEG de la race B • Exploiter les mutations causales (les SNP en sont très proches)

  11. Les animaux métissés • Les métis portent de grands segments de chromosomes hérités d’ancêtres pur sang • Les SNP retracent cet héritage au fil des générations F0 F1 F2

  12. Les animaux métissés • Les métis portent de grands segments de chromosomes hérités d’ancêtres pur sang • Les SNP retracent cet héritage au fil des générations • Les phénotypes des sujets métissés sont utiles • Pour estimer l’effet des segments de chromosomes ancestraux • Les VÉEG des métis • La somme des effets des segments de chromosomes ancestraux

  13. Utiliser la race A pour prédire la race B • Les QTL doivent exister dans les deux races • Il faut toute la séquence du génome, ou • les BovineHD (777 k), afin que la phase des SNP-QTL persiste • Les QTL individuels ont un très petit effet • Il faut un cheptel de réf. extrêmement grand et un modèle bayésien pour distinguer les QTL du « bruit de fond » • Peut-être détecter des QTL de taille moyenne

  14. Exemples • Les Holstein et Jersey de Nouvelle-Zélande Harris et al. 2011 • Des VÉEG précis pour les sujets métissés • Les races rouges nordiques Brøndumet al. 2011 • Hausse de 7 % de la fiabilité multiraceversus race unique • Les Holstein et Jerseyaustraliennes Erbeet al. 2012 • Hausse de 4 % de la fiabilité chez les Jersey en intégrant des taureaux de réf. Holstein • Hausse de 0 % de fiabilité chez les Holstein en intégrant des taureaux de réf. Jersey

  15. Calculs • Supposons 160 000 bovins de réf., 777 000 SNP • 8 x plus d’animaux, 15 x plus de SNP = 120 x plus • 3 années de calculs • Considérons aussi l’imputation des FD vers HD • Considérons aussi toute la séquence du génome

  16. Conclusions • Vaches : intéressantes pour agrandir la population de réf. • Plus grande fiabilité, de nouveaux caractères, de nouvelles races, de nouveaux pays • Coût encore trop élevé pour l’adoption à grande échelle • Nous devons nous occuper des biais potentiels • Population de référence multirace • Simple dans les populations métissées • De nombreux animaux X SNP denses avec un modèle bayésien • Tout un défi sur le plan des calculs