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D ocenti: Dr. Stefania Bortoluzzi, Dr Alessandro Coppe Dipartimento di Biologia Universita' di Padova viale G. Colombo

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Master FSE 2005 - c3 - 006/732 Modulo di Bioinformatica 24 ore. D ocenti: Dr. Stefania Bortoluzzi, Dr Alessandro Coppe Dipartimento di Biologia Universita' di Padova viale G. Colombo 3, 35131, Padova Tel. 0039 049 8276214 Email: stefibo@bio.unipd.it. II LEZIONE.

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Presentation Transcript
slide1

Master FSE 2005 - c3 - 006/732Modulo di Bioinformatica24 ore

Docenti:

Dr. Stefania Bortoluzzi, Dr Alessandro Coppe

Dipartimento di Biologia

Universita' di Padova

viale G. Colombo 3, 35131, Padova

Tel. 0039 049 8276214

Email: stefibo@bio.unipd.it

ii lezione
II LEZIONE
  • Database di interesse per la genetica e la biologia molecolare
  • Portali per l'accesso a database e servizi bioinformatici
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DATABASE DI GENETICA E BIOLOGIA MOLECOLARE

OMIM Online Mendelian Inheritance in Man

EntrezGene curated sequence and descriptive information about genetic loci

UniGene experimental system for automatically partitioning GenBank sequences into a non-redundant set of gene-oriented clusters

GenCards database of human genes, their products and their involvement in diseases

HGMD Human Gene Mutation Database: information about disease-causing mutations in genes

slide4

DATABASE DI GENETICA E BIOLOGIA MOLECOLARE

OMIM

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM

EntrezGene

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=gene

UniGene

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=unigene

GenCards

http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/

HGMD

http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

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OMIM

Online Mendelian Inheritance in Man

Catalogo di geni umani e malattie genetiche (Dr. Victor A. McKusick, Johns Hopkins + NCBI)

Contiene informazione testuale, riferimenti bibliografici e links a MEDLINE, sequenze e ad altre risorse

OMIM gene map

Posizioni di mappa citogenetica di geni-malattia e altri geni descritti in OMIM

OMIM morbid map

Posizioni di mappa citogenetica di geni-malattia indicizzati in OMIM

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Use OMIM

to explore

Rett

syndrome

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There are entries

for both the

disease and the

gene

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OMIM number

Link to NCBI map viewer

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Numbering and Symbols

  • ID e’ un numero di 6 cifre.
  • * 1----- (100000- ) Autosomal dominant (before 1994)
  • * 2----- (200000- ) Autosomal recessive (before 1994)
  • * 3----- (300000- ) X-linked loci or phenotypes
  • * 4----- (400000- ) Y-linked loci or phenotypes
  • * 5----- (500000- ) Mitochondrial loci or phenotypes
  • 6----- (600000- ) Autosomal loci or phenotypes
  • Asterisco (*) significa che il fenotipo legato al gene e’ diverso da quelli rappresentati da altre entries con l’asterisco e che si conosce il tipo di ereditabilita’.
  • Se manca l’asterisco non sono chiari la separazione da altri loci o il modo in cui si eredita il fenotipo.
  • (#) il fenotipo puo’ essere causato da 2 o piu’ geni (eterogeneita’ genetica).

OMIM

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OMIM

Varianti alleliche

stesso ID piu’ un altro numero di 4 cifre.

Sono MUTAZIONI CHE CAUSANO MALATTIE

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ENTREZ GENE

Interfaccia unificata per cercare

informazioni su sequenze e loci genetici. Presenta informazioni sulla nomenclatura ufficiale, accession numbers, fenotipi, MIM numbers, UniGene clusters, omologia, posizioni di mappa e link a numerosi altri siti web.

slide15

ENTREZ GENE

Gene Table

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GeneCards

Weizmann Institute of Science, Israele

GeneCards is a database of human genes, their products and their involvement in diseases. It offers concise information about the functions of all human genes that have an approved symbol, as well as selected others.

The information presented here has been automatically extracted from various resources. GeneCards™ is particulary useful for people who wish to find information about genes of interest in the context of functional genomics and proteomics.

http://www.genecards.org/

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GeneCards

  • INFORMAZIONI SU
  • Aliases and Additional Descriptions
  • Chromosomal Location
  • Proteins
  • Protein Domains/Families/Ontologies
  • Transcripts/Sequences
  • Expression in Human Tissues
  • Similar Genes in Other Organisms
  • Related Human Genes - Paralogs
  • SNPs/Variants
  • Disorders & Mutations
  • Medical News
  • Research Articles
  • Links to the entry of the gene in Other Genome Wide Resources, in general or specialized databases
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GeneCards is an integrated database of human genes that

includes automatically-mined genomic, proteomic and

transcriptomic information, as well as orthologies, disease

relationships, SNPs, gene expression, gene function and more.

GeneNote is a database of human genes and their expression

profiles in healthy tissues (Weizmann Institute of Science

DNA array experiments, Affymetrix HG-U95 )

GeneAnnot provides a revised and improved annotation of

Affymetrix probe-sets from HG-U95, HG-U133 and HG-U133

Plus2.0.

GeneLoc presents an integrated map for each human

chromosome, based on data integrated by the GeneLoc

algorithm. GeneLoc includes further links to GeneCards,

NCBI's Human Genome Sequencing, UniGene, Genome

Database, and mapping resources.

GeneTide is an automated system for human transcripts

(mRNA & ESTs) annotation and elucidation of de-novo

genes.

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UniGene

UniGene è un altro "gene indexing" database, mantenuto all'NCBI

UniGene si propone di rappresentare l'insieme dei geni umani espressi attraverso il raggruppamento in un unico "cluster" di tutte le EST e le sequenze annotate di DNA genomico, mRNA, derivanti dai database GenBank e dbEST, simili tra loro e ipoteticamente afferenti alla medesima unità trascrizionale.

Il sistema di "clusterizzazione" si basa sulla similarità di sequenza e non sull'allineamento e le sequenze di scarsa qualità non vengono prese in considerazione.

Le sequenze vengono comparate ognuna con tutte le altre in occasione di ciascuna delle frequenti versioni di UniGene e quelle che mostrano una similarità statisticamente significativa vengono inserite in un unico gruppo.

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UniGene

Non viene costruita alcuna sequenza di consenso tra quelle di un "cluster", poiché a una singola unità trascrizionale possono corrispondere diversi contigui di sequenze espresse, a causa di fenomeni molto comuni quali o lo splicing alternativo o l'uso di diversi promotori per diverse isoforme.

Il processo di "clusterizzazione" si svolge in diversi passaggi, con stringenza decrescente.

Prima vengono filtrate le sequenze contaminanti, ripetute o a bassa complessità e quelle ribosomiali e mitocondriali, in modo che ogni restante sequenza, di lunghezza superiore a 100 bp sia candidata per far parte di un "UniGene cluster".

Poi vengono comparate tra loro e raggruppate le sequenze di geni e messaggeri; a questi "cluster" vengono aggiunte le EST correlate per similarità di sequenza o per informazioni sul clone di derivazione.

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UniGene

I "cluster" che non contengono il segnale di poliadenilazione vengono scartati, mantenendo solo i "cluster" "ancorati", ovvero quelli per cui è nota la sequenza 3', requisito fondamentale per l'identificazione di un gene.

Gli ultimi stadi del processo provvedono all'assegnazione delle EST "orfane" e dei "cluster" di dimensione 1 a uno dei "cluster" "ancorati", con minore stringenza. Infine a ogni "cluster" viene assegnato il numero di identificazione, cercando di assicurare la massima continuità possibile con le precedenti versioni del database.

I parametri usati da UniGene per il processo di raggruppamento delle sequenze in "UniGene entry" sono caratterizzati da un grado di stringenza piuttosto basso percio’ ci si aspetta che esista in UniGene un singolo gruppo di trascritti a rappresentare ogni gene umano, ovvero che, di converso, le sequenze di trascritti diversi, ottenuti per splicing alternativo da un medesimo gene, siano raggruppate insieme in un'unica "entry" .

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HGMD

http://archive.uwcm.ac.uk/uwcm/mg/hgmd0.html

  • Human Gene Mutation Database (HGMD)raccoglie le mutazioni conosciute (pubblicate) in geni umani, responsabili di malattie genetiche
  • Creato per studiare il meccanismo delle mutationi nel genoma umano, per riconoscere le regioni e i loci ipermutabili
  • Ora e’ importante anche come raccolta di dati. Utile per diagnosi molecolare di patologie e consulenza genetica.
  • Non include mutazioni somatiche o mitocondriali, mutazioni silenti.
  • Dal marzo 1999, HGMDinclude disease-associated polymorphisms.
  • Basato sull’analisi di >250 riviste scientifiche.
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Portali per l'accesso a database e servizi bioinformatici

  • NCBI (SNP,SAGE, gene Expression Omnibus, Cancer Chromosomes database, …)
  • ExPASy Proteomics Server (http://www.expasy.org/)
  • EBI (EMBL Nucleotide Database, UniProt Knowledgebase,
  • Macromol. Structure Database, ArrayExpress, Ensembl,…, TOOLBOX) (http://www.ebi.ac.uk/services/)