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Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima

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Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima - PowerPoint PPT Presentation


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Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima. Conceito de verossimilhança ( Likelihood ) Cálculo da verossimilhança Busca de árvores ótimas

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reconstru o filogen tica verossimilhan a m xima
Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima
  • Conceito de verossimilhança (Likelihood)
  • Cálculo da verossimilhança
  • Busca de árvores ótimas

Objetivos: Compreender como o critério de verossimilhança pode ser aplicado na inferência de árvores filogenética e, também, a necessidade de busca de árvores ótimas.

slide2

Método de verossimilhança máxima

1. Conceito de verossimilhança

181

slide3

Métodos de distâncias

1. Distâncias genéticas

181

slide4

Métodos de distâncias

Sequências alinhadas

Árvore

Comprimentos dos ramos

Modelos de substituição

1. Distâncias genéticas

  • Inferência filogenética por verossimilhança máxima

Verossimilhança (L)  Probabilidade (Amostra | Hipóteses)

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Método de verossimilhança máxima

T

1. Conceito de verossimilhança

183

reconstru o filogen tica verossimilhan a m xima1
Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima
  • Conceito de verossimilhança (Likelihood) 
  • Cálculo da verossimilhança
  • Busca de árvores ótimas
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Método de verossimilhança máxima

2. Cálculo da verossimilhança

reconstru o filogen tica verossimilhan a m xima2
Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima
  • Conceito de verossimilhança (Likelihood) 
  • Cálculo da verossimilhança 
  • Busca de árvores ótimas
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Método de verossimilhança máxima

3. Busca de árvores ótimas

183

slide10

Método de verossimilhança máxima

3. Busca de árvores ótimas

189

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Método de verossimilhança máxima

3. Busca de árvores ótimas

The number of (unrooted) binary tree topologies increases tremendously with the number of taxa (n), which can be computed according to

190

slide12
Número de possíveis árvores filogenéticas

Número de árvores com raiz com bifurcações, NR, para n OTUs

Número de árvores sem raiz com bifurcações, NU, para n OTUs

Método de verossimilhança máxima

3. Busca de árvores ótimas

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945

945

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Método de verossimilhança máxima

3. Busca de árvores ótimas

6.4.2 Full-tree rearrangement

Full-tree rearrangement operations change the structure of a given tree with n leaves. They employ the following principle. From a starting tree a number of trees (the neighborhood of the starting tree) are generated according to specified rules.

190

slide16

Método de verossimilhança máxima

3. Busca de árvores ótimas

190

reconstru o filogen tica verossimilhan a m xima3
Reconstrução filogenética: Verossimilhança máxima
  • Conceito de verossimilhança (Likelihood) 
  • Cálculo da verossimilhança 
  • Busca de árvores ótimas 