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CHERCHEUR DE METAPHASES

CHERCHEUR DE METAPHASES. APPLIED SPECTRAL IMAGING. Colloque ATC-20/21 Septembre 2010 Chevallier Suzanne Gegas Laëtitia. Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans. CHERCHEUR DE METAPHASES. APPLIED SPECTRAL IMAGING.

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CHERCHEUR DE METAPHASES

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  1. CHERCHEUR DE METAPHASES APPLIED SPECTRAL IMAGING Colloque ATC-20/21 Septembre 2010 Chevallier Suzanne Gegas Laëtitia Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans

  2. CHERCHEUR DE METAPHASES APPLIED SPECTRAL IMAGING Colloque ATC-20/21 Septembre 2010 Chevallier Suzanne Gegas Laëtitia Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans

  3. CHERCHEUR DE METAPHASES APPLIED SPECTRAL IMAGING Colloque ATC-20/21 Septembre 2010 Chevallier Suzanne Gegas Laëtitia Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans

  4. CHERCHEUR DE METAPHASES APPLIED SPECTRAL IMAGING Colloque ATC-20/21 Septembre 2010 Chevallier Suzanne Gegas Laëtitia Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans

  5. CHERCHEUR DE METAPHASES APPLIED SPECTRAL IMAGING Colloque ATC-20/21 Septembre 2010 Chevallier Suzanne Gegas Laëtitia Hôpital Necker-Enfants Malades Histologie, Embryologie et Cytogénétique Pr Vekemans

  6. Au commencement, il y avait… Avant l’arrivée du Chercheur (2008) Post-natal 1200 caryotypes • sang, • fibroblastes. Onco-hématologique 1200 caryotypes • sang, • moelle, • ponctions. Pré-natal 800 caryotypes • liquide amniotique, • villosités choriales, • sang fœtal. Moléculaire 2000 FISH • préparations cytogénétiques, • apposition de tissus, • cryocoupes, • coupes paraffinées.

  7. 2 techniciens détachés à l’informatique et la gestion du matériel.

  8. Comment dégager du temps pour suivre l’évolution de la discipline ? Développer la CGH-array. Réduire l’étape chronophage de recherche des métaphases qui occupe 60% du temps technique. • Acquérir un Chercheur !

  9. Cahier des charges publié en 2008 • Peut traiter tous les types de préparations du laboratoire, • Travaille aussi bien en lumière transmise qu’en épi-fluorescence, • Permet la recherche de métaphases et d’interphases, • S’adapte au mieux à l’organisation existante, • Fonctionne via le réseau de l’hôpital. Solution globale...

  10. Présentation du chercheur

  11. Applications en cytogénétique post-natale : mode « tout automatique ».

  12. Configuration de l’installation Serveur de fichiers Stations de traitements Archivage (1 image tiff=1 megaocte) (800 Go/ an) RESEAU institutionnel (APHP) RESEAUdu labo. Etiquettes code à barres S.G.L (système de gestion de labo.) Transmission des données patients Chercheur de Métaphases

  13. Installation des lames sur le plateau.

  14. Mise en place du plateau dans le chargeur.

  15. Mise en route de SCANVIEW, le logiciel de Scan.

  16. START…le technicien peut rentrer chez lui !

  17. Chargement du plateau sur la platine et lecture des codes à barres de chaque lame. Le code à barres permet l’identification du patient et l’association entre la lame et le type de paramètres de lecture à appliquer.

  18. Les lames sont scannées à l’objectif 10 par balayages gauche-droite sur la surface définie. Le temps de scan dépend du nombre d’éléments présents sur la lame :  environ 4 minutes pour 1000 éléments.

  19. L’huile est distribuée et étalée automatiquement.

  20. Les 30 premières métaphases classées par « qualité » sont relocalisées à l’objectif 100 de façon automatique :  environ 15 secondes par métaphase. Dés la relocalisation terminée, le plateau est replacé dans le chargeur. Les métaphases capturées sont accessibles sur le logiciel de traitement (Bandview).

  21. Applications en cytogénétique moléculaire.

  22. Recherche de métaphases au DAPI à l’objectif 10. Relocalisation des métaphases à l’objectif 100 avec la séquence de filtres paramétrée.

  23. Recherche des objets à l’objectif 63 et capture simultanée des objets correspondant aux critères morphologiques d’un noyau avec la séquence de filtres et suivant le nombre de plans paramétrés.  Durée très variable et fonction de la densité cellulaire (20 à 40 min/plage d’HIS)

  24. Analyse automatique du nombre de signaux. Présentation des résultats sous forme graphique. • Nécessité d’une relecture. Résultats bruts : Résultats après relecture :

  25. L’automatisation de la FISH en pratique  Temps de rendu d’un dossier FISH automatisé 1h10. Scan métaphasique (10 min) + scan interphasique (40 min) + analyse des données (20 min) = 1h10 ! Acceptable uniquement pour les dossiers non urgent (scan pendant la nuit).  20 % des dossiers nécessitent une relecture manuelle. (scan inexploitable : pb. de foccus, de surexposition) L’automatisation est inadaptée quand on doit répondre dans l’urgence ou à un nombre restreint d’échantillons !

  26. 1 an après l’installation (2010).Bilan global • Mise en place difficile, • Amélioration de l’ergonomie et facilitation de la validation médicale, • Cet automate nous a permis d’affronter la rigueur budgétaire.

  27. Au bout du compte, il y a… Bilan secteur par secteur Post-natal  fonctionnement en « tout automatique »,  maintien de l’activité malgré la perte d’un poste de technicien. Onco-hématologique  fonctionnement en « semi-automatique »,  augmentation de l’activité à moyen humain constant. Pré-natal  n’utilise pas le chercheur : paramètres de capture à améliorer, pas de fusion possible sur les métaphases « éclatées ». Moléculaire  pas de gain de temps,  aucune urgence,   qualité du rendu de résultat .

  28. Pour une automatisation sans « douleur » • Apprendre une méthode de relaxation collective ! • Bien s’entourer : • Détacher un référent, choisir un fabricant ayant un SAV disponible, proche géographiquement et parlant français. • Anticiper l’automatisation : • Standardisation et homogénéisation des techniques entre les différents secteurs (plage et densité d’étalement, numérotation des dossiers), mise en place d’étiquettes code à barres. • Tester en condition réelle : • fonctionnement via le réseau informatique, compatibilité avec les antivirus et systèmes d’exploitations institutionnels.

  29. Bon courage à tous ceux qui se lancent dans un projet d’automatisation.

  30. Le chercheur est plus efficace qu’un technicien Sauf si on supprime le technicien.

  31. Un paramétrage très accessible… La création des profils de pilotage et d’acquisition du chercheur se fait par emboitement de paramètres gigognes définissant les différentes actions à exécuter. Région Probe Template Application Process Classifieur

  32. En modifiant les sous-paramètres ont peut créer des profils à l’infini. Et s’adapter ainsi facilement aux différents prélèvements et techniques du laboratoire.

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