1 / 12

Konformaatioisomeria

Konformaatioisomeria. Tekijät: Tom Olsson ja Simo Tolvanen. Teoriaa. Konformaatioisomeria tarkoittaa sitä, että molekyylillä voi olla useita avaruudellisia muotoja Esim. butaani (C 4 H 10 ). Butaanin avaruudellisia muotoja, eli konformeereja.

koko
Download Presentation

Konformaatioisomeria

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Konformaatioisomeria Tekijät: Tom Olsson ja Simo Tolvanen

  2. Teoriaa • Konformaatioisomeria tarkoittaa sitä, että molekyylillä voi olla useita avaruudellisia muotoja • Esim. butaani (C4H10) Butaanin avaruudellisia muotoja, eli konformeereja. Lähde: http://www.slc.ac.nz/WorkshopClub/Workshop/isomers-thesamebutdifferenttext.htm

  3. Teoriaa • Butaanin todennäköisintä rakennetta voidaan tutkia laskennallisen kemian menetelmillä • molekyylin avaruudellinen muoto on todennäköisesti sellainen, jossa sen energia on pieni • tietokoneet pystyvät laskemaan arvion esim. butaanin eri avaruudellisten muotojen energiatasoista

  4. Teoriaa • Pienille molekyyleille saadaan laskettua helposti melko tarkka tulos eri avaruudellisten muotojen energialle • Suurten molekyylien vaatimat laskut ovat kuitenkin vaikeita ja tarkkojen tulosten saaminen vaatisi tehokkaan tietokoneen ja paljon aikaa • Laskuja voidaan helpottaa käyttämällä kokeellisesti saatuja tuloksia apuna laskennassa • tällaiset laskut ovat nk. semi-empiirisiä ja niitä voidaan käyttää esim. aspiriinimolekyylin tutkimiseen

  5. Aspiriinin konformaatioisomeria Aspiriinin molekyylimalli. Lähde: http://www.helsinki.fi/luova/2007/10/25/lahikuvassa-molekyylien-tanssi

  6. Aspiriinin konformaatioisomeria • Tutkitaan aspiriinin toisen sivuryhmän kiertymiseen liittyviä energiatasoja käyttämällä apuna laskennallista kemiaa

  7. Aspiriinin konformaatioisomeria • Avaa ohjelma Spartan: start → programs → Spartan Student • Valitse vasemmasta yläkulmasta file → new • Piirrä asetyylisalisyylihappo oOikeassa reunassa Organic- välilehden alta • Valitse Rings- Benzene → klikkaa hiirellä alustaa • Valitse happi, jolla on kaksi sidosryhmää → liitä se bentseenirenkaaseen • Valitse hiili, jolla on kaksoissidos → liitä se happeen • Valitse happi, jolla on kaksoissidos → liitä se hiileen • Valitse hiili, jolla on neljä sidosryhmää → liitä se hiileen • Valitse Groups- Carboxylic Acid → liitä se bentseenirenkaaseen

  8. Aspiriinin konrormaatioisomeria • Paina View- painiketta, iso V-kirjain • Paina Minimize- painiketta, E, jonka päällä nuoli alaspäin • Valitse Setup → Calculations oCalculate: Equilibrium Geometry owith: Semi-Empirical • Paina submit • tallenna työ nimellä”aspiriini.spartan” • Odota ilmoitusta aspiriini.spartan has completed

  9. Aspiriinin konformaatioisomeria • Valitse Geometry → Constrain Dihedral • Valitse kaikki atomit, joiden suhteen torsioliikettä tarkastellaan (metyyliryhmä- hiili- happi bentseenirengas), valitut atomit muuttuvat keltaisiksi. • Paina pientä vaaleanpunaista lukkoa sivun alareunassa, lukko menee kiinni ja ohjelma ilmoittaa sen hetkisen kulman arvon • Paina View- painiketta, iso V-kirjain

  10. Aspiriinin konformaatioisomeria • Valitse Display → Properties, ikkuna: Atom Properties aukeaa • Klikkaa torsiokulman merkkiä molekyylissä, ikkunan nimi muuttuu: Constraint Properties • Valitse Dynamic painike, jolloin ikkunaan ilmestyy kaksi numeroarvoa lisää ovaihda ensimmäinen asteluku 0۫ → paina Enter ovaihda ensimmäinen asteluku 360۫ → paina Enter ovaihda steps kohdan arvoksi 20 → paina Enter • Laske aspiriinin energiaprofiili oSetup → Calculations → Calculate: Energy Profile , paina Submit näppäintä o Odota laskun loppumista

  11. Aspiriinin konformaatioisomeria • Sulje ohjelma • Avaa ohjelma Spartan: start → programs → Spartan Student • Valitse vasemmasta yläkulmasta file → open → aspiriini.Profile1.spartan oohjelma avaa laskun tulokset • Valitse Geometry → Align Molecules valitse kolme hiiliatomia bentseenirenkaasta (1,2 ja 6 hiili, eli happeen sitoutunut hiili sekä sen viereiset hiilet) ja paina Align • Paina View- painiketta, iso V-kirjain

  12. Aspiriinin konformaatioisomeria • Paina Display → Spreadsheet • Paina Add.. → rel. E, vaihda Energy: kJ/mol, paina OK • Valitse Display → Plots oX- axis: molecule oY- axis: rel. E • Vasemmassa ala- kulmassa on näppäimet, joiden avulla voi tutkia eri rakenteiden energiaa.

More Related