slide1 n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
BI 3010H05 PowerPoint Presentation
Download Presentation
BI 3010H05

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 10

BI 3010H05 - PowerPoint PPT Presentation


  • 91 Views
  • Uploaded on

BI 3010H05. BI 3010H05. Populasjonsgenetikk Halliburton Kap 8. Inbreeding 1. Panmixi er en viktig forutsetning for Hardy-Weinbergs lov. Hva blir resultatene hvis denne forutsetningen ikke holder? Det er mange eksempler på ikke-tilfeldig parring i naturen:

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about 'BI 3010H05' - kohana


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
slide1

BI 3010H05

BI 3010H05

Populasjonsgenetikk

Halliburton Kap 8

Inbreeding1

Panmixi er en viktig forutsetning for Hardy-Weinbergs lov. Hva blir resultatene hvis denne

forutsetningen ikke holder? Det er mange eksempler på ikke-tilfeldig parring i naturen:

selvbefruktning hos planter, makevalg ut fra størrelse eller utseende hos dyr og mennesker,

søskenbarn-ekteskap etc.

I vid forstand finnes det tre typer av ikke-tilfledig parring:

1. Innavl (parring mellom individ som er mer i slekt enn gjennomsnittet i populasjonen)

2. Assortativ parring (mellom individ som er mer fenotypisk like enn gjennomsnittet)

3. Dissortativ parring (mellom individ som er fenotypisk mer ulike enn gjennomsnittet)

Innavl

Mellom individ med en (relativt nylig) felles stamfar. En av konsekvensene er en økning i

frekvensen av homozygoter i populasjonen. Recessive skadelige gener kommer da hyppigere

til uttrykk, med utviklingsmessige og morfologiske effekter, og redusert levedyktighet og fruktbarhet.

Dette vil redusere gjennomsnittlig fitness i populasjonen. Hvordan kan man kvantifisere graden av

Innavl på autosomale loci i en populasjon av diploide individer?

Blodsslektskap og innavl

Blodsslektskap er at individer har en felles stamfar. Slike avkom kan ha mottatt kopier av det samme

allel fra stamfaren; slike allelkopier er ibd (identical by descent; se seksjon 7.2); disse avkommene

har altså en ”ikke-null” sannsynlighet for at to allel på et locus er ibd.

Generelt har et individ 2n forfedre etter n generasjoner fra stamfar. Genetiske konsekvenser av

blodsslektskap minker med økende antall generasjoner og kan etter noen tid ignoreres.

En forfaderpopulasjon der ingen individ er i slekt kalles en referanse- eller base-populasjon.

slide2

BI 3010H05

BI 3010H05

Populasjonsgenetikk

Halliburton Kap 8

Inbreeding2

Forskjellige måter å måle graden av slektskap mellom to individer er

Coefficient of relationship = den forventede andel av allelene som er ibd.

I en gruppe avkom (fullsøsken) fra ikke-beslektede foreldre er proporsjonen

lik½(dvs halvparten av allelene forventes å være ibd).

Et mer nyttig mål er coefficient of consanguinity (etter Malecót) som er sannsynligheten

for at to allel, hvert trukket tilfeldig fra samme locus i hvert av to individ i en populasjon, er ibd.

Denne er identisk med begrepet coefficient of coancestry og coefficient of kinship.

Altså; sannsynligheten for at to individ har samme allel er coefficient of relationship, mens

sannsynligheten for at du trekker ut akkurat det allelet er coefficient of coancestry, som er lik

halvparten av coeffisient of relationship og ofte betegnes med g.

[Coeff. of consanguinity (g)] = [coeff. of kinship] = [coeff. of coancestry] = [ ½ coeff. of relationship ]

gxy = S1/2 Pr(X=A1) x 1/2Pr(Y=A1) (sum for alle allel på et locus) [1]

"Path analyse" for coeffisient of coancenstry (g).

(Fig. 8.1 i læreboka):

For to fullsøsken, 4 allel: g = 4[ ½(½) x (½(½) ] = 4[1/16] = 1/4

For søskenbarn, 4 allel: g = 4[ ½(¼) x (½(¼) ] = 4[1/64] = 1/16

slide3

BI 3010H05

BI 3010H05

Inbreeding3

Populasjonsgenetikk

Halliburton Kap 8

Innavlskoeffisient

Vi definerer innavlskoeffisienten som sannsynligheten for at et individ har to allel som er ibd

på et locus. Siden allelene hos et innavlet individ er samplet tilfeldig (ett fra hver av foreldrene),

er innavslkoeffisienten den samme som "coancestry coefficient" for foreldrene, altså g. Man

bruker symbolet f som betegnelse på innavskoeffisienten, med et subscript som indikerer

hvilket individ det er snakk om:

Innavlskoefficient (f) for et individ = "coancestry coeffisient" for foreldrene (g)

Ved "path analysis" er det ganske enkelt å innavlskoeffisienten når man kjenner stamtavlen

til individet (se eksempler på de neste sidene).

slide4

BI 3010H05

BI 3010H05

Populasjonsgenetikk

Halliburton Kap 8

Inbreeding4

slide5

BI 3010H05

BI 3010H05

Populasjonsgenetikk

Halliburton Kap 8

Inbreeding5

NB! I tabell 8.1 er det en

feil i "path" for forelder B.

(K skal være F).

slide6

BI 3010H05

BI 3010H05

Inbreeding6

Populasjonsgenetikk

Halliburton Kap 8

slide7

BI 3010H05

BI 3010H05

Inbreeding7

Populasjonsgenetikk

Halliburton Kap 8

slide8

BI 3010H05

BI 3010H05

Inbreeding8

Populasjonsgenetikk

Halliburton Kap 8

slide9

BI 3010H05

BI 3010H05

Inbreeding9

Populasjonsgenetikk

Halliburton Kap 8

slide10

BI 3010H05

BI 3010H05

Inbreeding10

Populasjonsgenetikk

Halliburton Kap 8