1 / 53

The pathway of gene expression

The pathway of gene expression. תהליך עיבוד ה- RNA. גואניל טראנספראז מעביר G לקצה ה-5' של ה RNA. בתאים אוקריוטים ל mRNA מוסף מבנה CAP בקצה ה-5'. גואניל 7 מתיל טראנספראז. גואניל טראנספראז. 2'- O -מתיל טראנספראז. פוליאדנילישן סיגנל. CAP.

kkline
Download Presentation

The pathway of gene expression

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. The pathway of gene expression תהליך עיבוד ה-RNA

  2. גואניל טראנספראז מעביר G לקצה ה-5' של הRNA

  3. בתאים אוקריוטים לmRNA מוסף מבנה CAP בקצה ה-5' גואניל 7 מתיל טראנספראז גואניל טראנספראז 2'-O-מתיל טראנספראז

  4. פוליאדנילישן סיגנל CAP פולי A פולימראז - אינזים המוסיף נוקלאוטידים ללא template

  5. Alternative polyadenylation

  6. Capping, poly A, splicing • mRNA processing sum

  7. The pathway of gene expression שיחבור

  8. אינטרונים אקסונים

  9. רצפים שמורים פוליפרימידין טראק

  10. גן הבטא גלובין ההומני

  11. הכמיה של ראקצית ה-splicing lariat ראקציה דו-שלבית המורכבת משתי ראקציות טראנס-אסטרפיקציה עוקבות

  12. האם ניתן לכתוב תוכנת מחשב שתאתר את האינטרונים בתוך הגן? • 1. כן, התוכנה צריכה לחפש צמדי נוקלאוטידיםAG and GT. • 2. לא, יש הרבה צמדי נוקלאוטידים AG and GT. • שאינם splice site. • 3. כן, בתנאי שהמרחק בין AG לבין ה-GT אינו עולה על 300 נוקלאוטידים. • 4. כן, בתנאי שהמרחק בין AG לבין ה-GT אינו עולה על 1500 נוקלאוטידים.

  13. ראקציית הספליסינג מתרחשת בתוך קומפלקס שמכיל רנא וחלבון – נקראת ספליסוזום . ראקצית הsplicing 50-100 חלבונים U1, U2, U4, U5, U6 snRNP Small nuclear ribonucleoprotein סנרפס

  14. Pre-mRNA splicing involves 5 small nuclear RNAs (snRNAs) U5 U1 חוט השידרה של ראקציית הספליסינג הינה הדרך בה חמשת המולקולות של הרנא עוברות אינטראקציה אחת עם השניה ועם הרצפים השמורים על מנת לאפשר את ראקציית הספליסינג. U2 U6 orange-interaction with the 5’ splice site green-interaction with the branch site blue-interaction between U2 and U6 tan-Sm-binding site (PuAU4-6GPu) flanked by two stem-loop structures U4

  15. Systemic Lupus Erythematosus (SLE) Lupus is a type of immune system disorder known as an autoimmune disease. In autoimmune diseases, the body harms its own healthy cells and tissues. This leads to inflammation and damage of various body tissues. Lupus can affect many parts of the body, including the joints, skin, kidneys, heart, lungs, blood vessels, and brain. Although people with the disease may have many different symptoms, some of the most common ones include extreme fatigue, painful or swollen joints (arthritis), unexplained fever, skin rashes, and kidney problems. Lupus is also known as a rheumatic disease. The rheumatic diseases are a group of disorders that cause aches, pain, and stiffness in the joints, muscles, and bones. 

  16. Capping, poly A, splicing • mRNA processing sum

  17. Splicing of pre-mRNA movie PloA spliceosome

  18. spliceosome מעגל מחזורי של ראקציית השיחבור ספליסוזום

  19. The network of RNA interactions in the spliceosome

  20. אבולוציה של ה snRNP אינטרונים אוטוקטליטים

  21. כ-15% מהמוטציות שגורמות למחלות גנטיות נמצאות האזורים חשובים לראקצית ה-splicing Untreated βthalassemia

  22. Treatment of thalassemia major

  23. antisense

  24. Human genome 2.91 billion base pairs 21,000 genes 1.5% exons (127 nucleotides) 24% introns (~3,000 nucleotides) 75% intergenic (no genes) Average size of a gene is 27,894 bases Contains an average of 8.8 exons Titin contains 234 exons.

  25. Gene number C. elegans 19,000~ Drosophila melanogaster ~13,600 Arabidopsis thaliana 25,500~ Mouse ~21,000 Homo Sapiens ~21,000 Rice (Oryza sativa) ~50,000

  26. Compared to worm and fly, human has shorter exons and longer introns on the extremes of the distribution 150 nt – drosophila 125 nt – Ciona intes. 119 nt - human

  27. 5000 genes 234 introns Multi-introns genes 7.8 introns per gene

  28. זהות של 88% ברצף האקסונים בין אדם לעכבר

  29. Alternative splicing Alternative splicing פוליפרימידין טראק 40% 18% 8% ? 3% איזופורם

  30. 1 18 איזופורמים כ-90% מהגנים שלנו עוברים אלטרנטיב ספליסינג

  31. Alternative splicing regulate pro or anti apoptotic pathways. pro-apoptotic anti-apoptotic

  32. כיצד מערכת השיחבור בוחרת את גבולות האקסון-אינטרון RRM – RNA Recognition Motif

  33. RNA processing

  34. mRNA transport from the nucleus to the cytoplasm mRNA גרעין תעלה Nucleopore ממברנת הגרעין ציטופלזמה

  35. מבנה ה- nucleopore גרעין ציטופלזמה RNP

  36. Protein import to the nucleus • mRNA movment mRNA mov חלבונים המיועדים לגרעין צריכים להכיל רצף חומצות אמינו הנקרא Nuclear localization signal (NLS).

  37. גרעינון Nucleoli or Nucleolus

  38. rRNA processing

  39. Pre-rRNA processing

  40. tRNA processing CCA adding enzyme RNase P

  41. זמן דור של התא

  42. Transport from the nucleus to the cytoplasm • Precursor ribosomal RNA processing (pre-rRNA) • tRNA processing

  43. Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome

  44. How are short exons recognized within vast intron oceans? Schwartz et al., Nature SMB, 2009

  45. Nucleosomes mark exon-intron structure

  46. What drives nucleosomes to exons? Nucleosome positioning is dependent on nucleotide composition Eran Segal from the WIC

  47. Nucleosomes mark exon-intron structure

  48. ChIP-seq in a nutshell

More Related