konwersatorium n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
Konwersatorium PowerPoint Presentation
Download Presentation
Konwersatorium

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 20

Konwersatorium - PowerPoint PPT Presentation


  • 155 Views
  • Uploaded on

Konwersatorium. Statystyka w medycynie. Dr Marcin Piechota Dr Michał Korostyński Instytut Farmakologii PAN. Plan zajęć: 1 . Wprowadzenie do R – przypomnienie. 2. Metody wizualizacji danych i prezentacji wyników – biblioteka ggplot2.

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about 'Konwersatorium' - jeroen


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
konwersatorium

Konwersatorium

Statystyka w medycynie

Dr Marcin Piechota

Dr Michał Korostyński

Instytut Farmakologii PAN

slide2

Plan zajęć:

1. Wprowadzenie do R – przypomnienie.

2. Metody wizualizacji danych i prezentacji wyników – biblioteka ggplot2.

3. Tabele liczebności, iloraz szans, test chi-kwadrat, dokładny test Fishera - zastosowanie w genetyce.

4. Statystyki parametryczne, test t, ANOVA, wartość P – zastosowanie w biologii.

5. Problem wielokrotnego testowania (metody korekcji) – zastosowanie w genomice.

6. Regresja liniowa.

7. Klasyfikatory – zastosowanie w diagnostyce.

8. Ocena jakości klasyfikatorów (ROC) – zastosowanie w epidemiologii.

9. Stratyfikacja populacji, błąd systematyczny, dobór próby.

10. Planowanie eksperymentów biomedycznych.

slide3

Poszukiwaniegenów związanych z działaniemsubstancjiuzależniającychorazpoznaniedynamikizmianekspresjigenomuw mózgu poichpodaniu.

schemat do wiadczenia
Schematdoświadczenia

Do doświadczenia wykorzystano sześć substancji: kok, met

Tkankę, która stanowiło prązkowie pobrano w czterech punktach czasowych

slide7

Wpływ jednorazowego podania substancji uzależniających na zachowanie myszy

Zestaw klatek do pomiaru aktywności motorycznej myszy

slide8

n=5

SEM

Czas pomiaru

Podanie substancji

slide11

Długotrwałe efekty substancji nagradzających

  • Uzależnienie
  • sensytyzacja (np. lokomotoryczna),
  • tolerancja (np. przeciwbólowa),
  • zależność fizyczna (np. opiatowa).
slide13

Neurobiologiczne podstawy uzależnień

Plastyczność układu nagrody

slide14

Molekularne podstawy neuroplastyczności

Receptor dla

neuroprzekaźnika

Przekazywanie sygnału

wewnątrz komórki

Zmiany aktywności czynników transkrypcyjnych

Ekspresja genów

slide15

Transkrypcja genów

- 20-25 tyś. genów;

- regulowana przez czynniki transkrypcyjne;

  • profil ekspresji
  • charakterystyczny dla typu komórki

Pomiar abundancjitranskryptów

slide16

Transkrypcja genów

- 20-25 tyś. genów

- regulowana przez czynniki transkrypcyjne

Pomiar abundancjitranskryptów

slide18

Plan eksperymentu

2

Naive

1

C57BL/6J

Saline/Vehicle

3

Drug

injection

60 min

120 min

240 min

480 min

Brain tissue collection

4

5

~100

Illumina

BeadArrays

Mouse 6

WholeGenome

STRIATUM

slide19

Profilowanie ekspresji genów

DANE:

6 – substancji + 2 grupy kontrolne

4 - punkty czasowe (1, 2, 4 i 8h od podania substancji)

3 - powtórzenia biologiczne (połączone tkanki od 2 zwierząt

48358 – wyników pomiaru

ZADANIE:

Identyfikacja genów ulegających zmianą ekspresji po podaniu leków.

wp yw podania substancji uzale niaj cych na transkryptom pr kowia
WpływpodaniasubstancjiuzależniającychnatranskryptomprążkowiaWpływpodaniasubstancjiuzależniającychnatranskryptomprążkowia

Badaliśmy jednorazowe podanie, ktore wywoluja zmiany w fizjologii neuronow

Zidentyfikowane transkrypty przedstawiono na tzw. Heatmapie.

Wiersze to... koleumny to. Na kazdy punkt trzy. Na kazda substancje cztery punkty czasowe

Względny poziom transkryptu przedstawiono kolorem. Czerwony wysoki, niebieski niski