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Universidad Pablo de Olavide-CSIC. CURSO DE FORMACIÓN EN SEVILLA: “ACCESO AL GENOMA NO CULTIVADO”. ORGANIZA: UNIVERSIDAD PABLO DE OLAVIDE. COMIT É ORGANIZADOR: Manuel Ferrer Ram ó n Rossell ó -Mora Eduardo Santero Juan Luis Ramos. 2ª reuni ó n Metagen ó mica-Consolider. Enero ‘ 09.

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Universidad Pablo de Olavide-CSIC.

CURSO DE FORMACIÓN EN SEVILLA:

“ACCESO AL GENOMA NO CULTIVADO”

ORGANIZA:

UNIVERSIDAD PABLO DE OLAVIDE

COMITÉORGANIZADOR:

Manuel Ferrer

Ramón Rosselló-Mora

Eduardo Santero

Juan Luis Ramos

2ª reunión Metagenómica-Consolider. Enero ‘09

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Universidad Pablo de Olavide-CSIC.

CURSO DE METAGENÓMICA:

  • FORMATO:
    • 1.1. Contenido: teórico-práctico
    • 1.2. Idioma: español salvo algunas sesiones de bioinformática
    • 1.3. Duración: del 2 al 6 de febrero de 2009

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2. CONTENIDOS DEL CURSO

  • 2.1 CONTENIDOS TEÓRICOS:
  • Lunes 2 de febrero
  • - La edad de oro de la “eco-genómica” Dr. Manuel Ferrer (ICP)
  • - Aislamiento de DNA ambiental y creación de “eco-genotecas” Dra. Ana Beloqui (ICP)
  • Martes 3 de febrero
  • - Secuenciación masiva de DNA: aplicaciones y retos Dr. Julián Pérez (SECUGEN)
  • Miércoles 4 de febrero
  • - Biodiversidad y moléculas con actividad biológica Dra. Olga Guenilloud (MERCK)
  • -Bioinformática aplicada a (meta)genómica bacteriana
  • Dr. Javier Tamames (Instituto Cavanilles)
  • Jueves 5 de febrero
  • - Revelando la identidad de los fragmentos de ADNDr. Ramón Rosselló-Mora (IMEDEA)

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2. CONTENIDOS DEL CURSO (cont.)

2.2 CONTENIDOS PRÁCTICOS:

2.2.1.CONSTRUCCIÓN DE LIBRERÍAS METAGENÓMICAS

EN DIVERSOS VECTORES

1.- EXTRACCIÓN Y CUANTIFICACIÓN DE MUESTRAS DE ADN AMBIENTAL

Extracción directa manual y con kits de purificación

Enriquecimiento en bacterias con la resina Nicodenz®

Cuantificación del ADN ambiental con Quant-iT™ PicoGreen®

2.- PREPARACIÓN DEL ADN AMBIENTAL

Fragmentación de las muestras de ADN al tamaño adecuado

Amplificación de ADNr bacteriano ambiental con los cebadores 16F530 y 16R1492

3.- PREPARACIÓN DE VECTORES

Lambda-ZAP

Fósmidos pCC1FOS y derivados

pLAFR3

pGEMT-Easy y pUC19

4.- LIGACIÓN, EMPAQUETAMIENTO (EN SU CASO) Y TRANSFECCIÓN (O ELECTROTRANSFORMACIÓN)

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2. CONTENIDOS DEL CURSO (cont.)

2.2 CONTENIDOS PRÁCTICOS:

2.2.2.TRATAMIENTO Y ANÁLISIS DE SECUENCIAS DE ADN

1.- INTRODUCCIÓN AL SOFTWARE ARB:

2.- COMPARACIÓN DE ARB CON OTRAS HERRAMIENTAS DE ALINEAMIENTO AUTOMÁTICO

3.- RAxML, UNA SOLUCIÓN RÁPIDA PARA EL ANÁLISIS FILOGENÉTICO DE MILES DE SECUENCIAS BASADO EN “MAXIMUM LIKELIHOOD”

4.- FRECUENCIA DE TETRANUCLEÓTIDOS PARA ESTABLECER LA RELACIÓN ENTRE FRAGMENTOS METAGENÓMICOS

5.- CÁLCULO DE LA IDENTIDAD MEDIA DE NUCLEÓTIDOS EN SECUENCIAS CORTAS “454”

6.- GENERALIDADES DEL PROCESAMIENTO DE DATOS METAGENÓMICOS

7.- ANOTACIÓN DE MUESTRAS METAGENÓMICAS MG-Rast Y ANÁLISIS DE SERIES DE DATOS METAGENÓMICOS

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2. CONTENIDOS DEL CURSO (cont.)

2.2. CONTENIDOS PRÁCTICOS:

2.2.3.SOFTWARE A UTILIZAR

1.- ARB: Base de datos central de secuencias procesadas, con datos adicionales a la mera

secuencia y con un paquete de herramientas asociadas para el manejo de la base

de datos y para análisis de datos:

- xfig

- gv

- transfig

- fig2dev

- xview

2.- RAxML: Realiza un análisis filogenético de secuencias basado en “maximum likelihood”

3.- CustalX: Alinea múltiples secuencias

4.- BLAST: Comparauna secuencia problema frente a las secuencias de las bases de datos

5.- Tetra: Correlaciona patrones de tetranucleótidos entre distintas secuencias de ADN

6.- Ocount: Asociado a Tetra, cuenta oligonucleótidos en secuencias de ADN y computa

z-scores basado en el modelo de Markov

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3. PROGRAMA DEL CURSO

  • Lunes 2 Febrero
  • 10:00 – 11:00 Recepción de bienvenida y presentación del curso (Aula 205, Edificio 29)
      • Drs. Eduardo Santero, Manuel Ferrer y Juan Luis Ramos
  • 11:00 – 11:30 Café (cafetería/comedor)
  • 11:30 – 12:30 La edad de oro de la “eco-genómica” (Aula 205, Edificio 29)
  • Dr. Manuel Ferrer (ICP)
  • 12:30 – 13:30 Aislamiento de DNA ambiental y creación de “eco-genotecas”
  • (Aula 205, Edificio 29) Dr. Ana Beloqui (ICP)
  • 13:30 – 15:00 Almuerzo (cafetería/comedor)
  • 15:00 – 19:00 Prácticas de laboratorio: aislamiento de DNA (Lab de prácticas, Edificio 24C)
        • Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites
        • (ICP). Con pausa para café

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3. PROGRAMA DEL CURSO (cont.)

  • Martes 3 Febrero
  • 9:30 – 12:30 Prácticas de laboratorio: construcción de “eco-librerías” y preparación de vectores (1)
  • Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites (ICP).
  • Con pausa para café
  • 12:30 – 13:30 Secuenciación masiva de DNA: aplicaciones y retos
  • Dr. Julián Pérez (SECUGEN)
  • 13:30 – 15:00 Almuerzo
  • 15:00 – 19:00 Prácticas de laboratorio: construcción de “eco-librerías” y preparación de vectores (2)
      • Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites (ICP).
      • Con pausa para café

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3. PROGRAMA DEL CURSO (cont.)

  • Miércoles 4 Febrero
  • 9:30 – 12:00 Prácticas de laboratorio: construcción de “eco-librerías” (3)
  • Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites (ICP).
  • Con pausa para café
  • 12:00 – 13:00 Biodiversidad y moléculas con actividad biológica
  • Dra. Olga Guenilloud (MERCK)
  • 13:00 – 14:00 Bioinformática aplicada a (meta)genómica bacteriana
  • Dr. Javier Tamames(Instituto Cavanilles)
  • 14:00 – 16:00 Almuerzo
  • 16:00 – 20:00 Prácticas de ordenador: análisis (meta)genómico y bioinformática (edificio 10
  • aula de informática 3). Giuseppe D'Auria (Instituto Cavanilles) de 16:00 a
  • 18:00 y Pablo Yarza (IMEDEA) de 18:00 a 20:00

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3. PROGRAMA DEL CURSO (cont.)

Jueves 5 Febrero

9:30 – 13:30 Prácticas de laboratorio: construcción de “eco-librerías” (4)

Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites (ICP)

Con pausa para café

13:30 – 14:30 Revelando la identidad de los fragmentos de ADN

Dr. Ramón Rosselló(IMEDEA)

14:30 – 16:00 Almuerzo

16:00 – 20:00 Prácticas de ordenador: Phylogenetic analysis and bioinformatics (2)

Michael Richter (IMEDEA)

21:30 – … Cena Curso ofrecida por el consorcio CONSOLIDER

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3. PROGRAMA DEL CURSO (cont.)

  • Viernes 6 Febrero
  • 9:30 – 12:30 Prácticas de laboratorio: construcción de “eco-librerías” (5)
  • Yamal al-ramahi, Ana Beloqui, M.E. Guazzaroni, José María Vieites (ICP)
      • Con pausa para café
  • 12:30 – 13:30 Resumen del curso
  • Drs. Ramón Rosselló, Manuel Ferrer y Eduardo Santero
  • 13:30 – 15:00 Almuerzo

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2ª Parada autobús

Línea 36

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4. SEDE DEL CURSO:

CAMPUS DE LA UNIVERSIDAD PABLO DE OLAVIDE

CABD

Laboratorios de prácticas

Comedor

Aula Teoría

Edif. 29 Aula 205

Aula informática 3

2ªplanta

Edif. 10

1ª Parada autobús

Línea 36

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5. VIAJE Y ALOJAMIENTO

5.1. VIAJES:

Todos los viajes están financiados por el presupuesto para la realización del curso del proyecto Consolider. El viaje se lo organiza cada uno de los asistentes, sean estudiantes o profesores. A posteriori me envían los justificantes de los gastos (billetes y tickets de taxi, o permiso de circulación del vehículo) y la UPO le hará una transferencia al banco que haya indicado.

5.2 ALOJAMIENTO: El alojamiento también va a cargo del presupuesto para la realización del curso del proyecto Consolider. Todos los asistentes de fuera de Sevilla, tanto estudiantes como profesores, tienen reserva en el Hotel Pasarela****

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UBICACIÓN DEL HOTEL

Hotel Pasarela

Avenida Borbolla 11

41004 Sevilla

954 415 511

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