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DNA microarray 실험 data 의 표준화 작업

DNA microarray 실험 data 의 표준화 작업. 성신여자대학교 200034035 박 연 희. 개요. 서론 본론 - Microarray 방법의 절차 - Microarray 방법으로 생성되는 data 의 형태 - Microarray data 의 표준화 작업 결론 참고 자료. 서론.

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DNA microarray 실험 data 의 표준화 작업

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Presentation Transcript

  1. DNA microarray 실험 data의 표준화 작업 성신여자대학교 200034035 박 연 희

  2. 개요 • 서론 • 본론 - Microarray 방법의 절차 - Microarray 방법으로 생성되는 data의 형태 - Microarray data의 표준화 작업 • 결론 • 참고 자료

  3. 서론 • 기존의 분자생물학에 의한 연구방법의 한계 - 단일 유전자에 대한 실험 - 제한적인 결과물 • DNA microarray 라는 새 기술 도입 - 전체 유전체(genome)의 발현양상 탐색 - 多 유전자들 간의 상호작용 관찰 • Microarray data 공유의 필요성 대두 - 각 실험그룹의 data 비교, 결합 - array platform이나 methodology 비교, 분석 - 실험 방법과 data를 위한 표준화 요구

  4. 본론 • Microarray 방법의 절차 <그림 1. cDNA microarray 실험과정>

  5. DNA microarray 실험단계 • 1단계 – DNA chip 제작 -> cDNA microarray vsoligonucleotide chip • 2 단계 – 시료준비 -> RT-PCR 방법으로 역전사하여 시료의 cDNA 합성 • 3 단계 – hybridization 과정 -> 합성한 두 cDNA를 microarray chip에 결합 • 4 단계 – scanning 과정 -> 각 spot의 형광정도를 읽음 • 5 단계 – 각 유전자의 발현 수치 data 분석 -> 반복실험에 의해 효과적인 data분석, 결과를 공유 및 저장

  6. Microarray방법으로 생성되는 data 형태 • 유전자 발현 data의 3가지 부분 1) gene annotation(주석) 부분 -> 유전자 sequence관련 database에 연결 2) sample annotation 부분 -> 실험에 사용된 시료의 정보를 외부 database에 연결 3) gene expression matrix -> 각 위치의 정보 : 개별적 유전자의 발현 정보

  7. Microarray data의 표준화 작업 • Data의 표준규정 제안 - MIAME : microarray 실험에서의 data종류, 공유할 표준 format, 시료 및 실험 조건에 대한 규정 -> 초안 제안 < MIAME의 6부분 구성> 1) Experimental design 2) Array design 3) Sample 4) Hybridization 5) Measurement 6) Controls

  8. Microarray data의 표준화 작업 • Computer format 개발 - MGED 협회에 참여한 OMG 그룹이 초기 제안 - 표준 data 교환 format : MAGE-ML -> XML에 기반을 둔 format -> 모든 브라우저에 호환성을 가짐

  9. 결론 • Microarray의 활용 - 대량의 유전자 발현 양상 비교, 관찰 - 새로운 유전자 발굴, 기능 예측 - 유전자군의 clustering • Microarray의 한계 극복 - 실험 그룹간 : 표준 format 채택 - 실험자들 : data 표준 규정에 따라 data 입력, 관리 - 저널 편집자들 : 표준화된 논문 심사 -> 생물 정보학의 발전 & 보다 정확하게 생명현상을 이해

  10. 참고 자료 • Woong-Yang Park, Application of DNA Chip Technology to Biomedical Research,대한생화학분자생물학회 • GEO (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) • ArrayExpress (http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress) • MGED (http://www.mged.org) • OMG (http://www.geml.org/omg.htm) • MAGE-ML (http://www.mged.org/Workgroups/MAGE/mage-ml.html) • MIAM version 1.1 document (http://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame1.1_draft5.doc)

  11. 감사합니다^-^

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