TACHE 6 EXPERIMENTAL DESIGN

1. TACHE 6 EXPERIMENTAL DESIGN • Point à l’issue de la précédente réunion : • Quand on a un protocole LA organisé en familles, vaut-il mieux l’enrichir avec de nouvelles familles ou de nouveaux individus/famille ? -> Dana • Est utile d’organiser le protocole en famille comme pour le LA puisque la plupart des méthodes LD supposent un non apparentement ? ->Simon • Quid des croisements de race ? ->Carole • Tout cela mesuré en terme de robustesse/puissance/précision de la localisation Groupe Méthode – 08/09/09

2. 1 - Rajouter des individus à un protocole LA(Dana) • A partir de simulations fondées sur un protocole « réel » • Comparaison LA / LDLA avec ajout de famille/produits par famille • Problème de convergence M&G version lait-jouy • Pas de conclusions possibles à ce jour • Tentative d’essayer LDLA Legarra,Fernando 2009 de QTLMAP Groupe Méthode – 08/09/09

3. 2 – Les apparentements dans les protocoles LD ? (Simon) • Déterminer la robustesse et la puissance des méthodes « simples » uni-SNP que tout le monde utilise en présence d’apparentements (volontaire=famille ou involontaire=ancêtres communs) • LD : Regression, Grammar LDLA : QTDT • Fait algébriquement (présentation QTLMAS2010) • Reste : • FASTA (version améliorée de grammar GenAbel) • Dernières vérifications simulations • HW ? • Ecriture article définitif • Répondre à la question famille / non famille en LD/LDLA uniSNP? Groupe Méthode – 08/09/09

4. 3 – Les protocoles en croisement • ? Carole ? Biblio ? Questions qui demeurent ? Groupe Méthode – 08/09/09

5. Extensions • Situations de protocole étudiées • Familles + produits extrêmes intra famille • Méthodes étudiées • Etude théorique il manque « haplotypes » • Manque la précision de la localisation: modèle génétique SNP/QTL Groupe Méthode – 08/09/09