1 / 29

Lipid-Mediated Interactions between Membrane Proteins

Lipid-Mediated Interactions between Membrane Proteins. 29.6.04 Julia Weiß. Gliederung. Einleitung Verschiedene Methoden zur Berechnung der Kräfte zwischen integralen Membran-Proteinen Zusammenfassung. Einleitung.

gizi
Download Presentation

Lipid-Mediated Interactions between Membrane Proteins

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. Lipid-Mediated Interactions between Membrane Proteins 29.6.04 Julia Weiß

  2. Gliederung • Einleitung • Verschiedene Methoden zur Berechnung der Kräfte zwischen integralen Membran-Proteinen • Zusammenfassung Julia Weiß

  3. Einleitung • Welche Wechsel- wirkungen bestehen in Membranen, die Integralproteine enthalten? • Welche Rolle spielen die Lipide? • Was ist die treibende Kraft zur Oligo- merisierung? Julia Weiß

  4. Analogie zum Hydrophoben Effekt • Binden 2er Proteine in Wasser => Reduzierung der ‚solvent-exposed surface area‘ • Assembly eines Membran-proteinkomplexes Julia Weiß

  5. Monte Carlo • Modell: • Lipidbilayer mit 2 integralen Proteinen • NL = 2 x500 Lipidmoleküle -> M = 5 Monomere ≙ 3-4 CH2-Gruppen • Rigide Zylinder mit Durchmesser σp • Abschätzung der Kräfte zwischen Inklusionen und ihrer Reichweite Julia Weiß

  6. Ergebnisse • Wahrscheinlichkeitsverteilung • Abstand von ca. 2 Å am wahrscheinlichsten • Lipidorientierung und -dichte • Nähern sich mit wachsendem Abstand dem Durchschnittswert Julia Weiß

  7. 2 Typen von Anziehung: • Depletion-Induced: • Reichweite: r<1σL(Durchmesser eines Lipidkopfes) • Fluctuation-Induced: • Reichweite: 1σL<r<6σL • Entsteht durch Überlappung der Dichtegradienten und Fluktuationen der Lipide in der Umgebung der Proteine Julia Weiß

  8. Integralgleichungen • Modell: • Proteine = harte repulsive Zylinder (Radius σ =2,5 Å /5 Å /9 Å ) • WW nur mit aliphatischen Ketten <-> keine WW mit polaren Kopfgruppen • Laterale Störung der durchschnittlichen Struktur der Hydrocarbonketten • PMF = Potential of Mean Force • Mittels Korrelationsfunktionen und Integralgleichungen (MD Simulation) • „Freie Energie“-Charakter Julia Weiß

  9. Lipiddichte in Nachbarschaft der Inklusion • Trotz komplizierter Referenzwerte relativ simpel: • σ : Reichweite ca. 20 Å • Ähnliche Verteilungen für Proteine mit r = 5 Å bzw. 9 Å • Depletion Area • Crowded Area Julia Weiß

  10. Entropie der Lipide • Um nahe an eine Inklusion heranzukommen -> Einschränkung der Konformationen => Entropieverlust => effektive Lipid-Proteinabstoßung Julia Weiß

  11. Freie Energie + Mean Force • Anziehung beider Proteine beginnt genau am Punkt der maximalen Freien Energie • Effektive Kräfte sind größenabhängig • Für großes Protein wurde kein stabiler Zustand gefunden Julia Weiß

  12. Ergebnisse • Auffällig: • 2,5 Å -> 15 Å = 3 * Ø Kette (keine Aussage) • 5 Å -> 10 Å = 2 * Ø Kette • 9 Å -> 5 Å = 1 * Ø Kette Julia Weiß

  13. Hydrophober Mismatch • Positiv: Streckung der Lipide • Negativ: Stauchung der Lipide • Folgen: • Kippen der Proteine • Neusortierung der Lipide • Konformationsänderungen Julia Weiß

  14. Chain Packing Theorie • Hydrophobe Dicke des Proteins = Dicke der ungestörten Membran (kein hydrophober Mismatch) • Hydrophober Kern ist einheitlich mit Kettensegmenten bepackt Julia Weiß

  15. Chain Packing Theorie • Generierung aller möglichen Konformationen der Lipide => Wahrscheinlichkeitsverteilung der Kettenkonformationen bzgl. aller Abstände => Freie Energie der Wechsel- wirkungen zwischen 2 Inklusionen Julia Weiß

  16. Ergebnisse • FE ist non-monoton • Starke Depletions- Anziehung bei kleinem d • Repulsive Barriere bei mittlerem d • Kleines WW-Volumen => Verdrängung • Überlappung der gestörten Zonen => größerer Entropieverlust Julia Weiß

  17. Ergebnisse • Reaktion der Lipide in Abhängigkeit des Abstandes zwischen 2 Inklusionen • „verbotene“ Konformationen => Abwinklung der Lipidketten => leichte Streckung der gewinkelten Ketten Julia Weiß

  18. Simple Director Model • Trotz Einfachheit in der Lage das qualitative Verhalten von zu beschreiben • = „Director“ = durchschnittliche Kettenlänge in der ungestörten Membran • Alle Orientierungen gleichwahr-scheinlich Julia Weiß

  19. Simple Director Model • Verlust an Konformationsfreiheit durch Anteil der „verbotenen“ Orientierungen bestimmt • Qualitativ gleiche Ergebnisse wie Chain Packing Theorie • Aufgrund der Gleichverteilung der Orientierungen: größere durch-schnittliche laterale Ausdehnung => repulsive Barriere tritt früher auf Julia Weiß

  20. Phänomenologischer Ansatz • Elastizitätsbeitrag • Hydrophobe Membrandicke • Director Field (Lipidwinkelung) • Konformationsbeitrag • Simple Director Model • Annahme: Julia Weiß

  21. Elastizitätsbeitrag • Feste Inklusion erfordert Anpassung => als Energiestrafe • Relative Veränderung der hydrophoben Dicke • h = h(r): lokale hydrophobe Dicke • : hydrophobe Dicke der ungestörten Membran Julia Weiß

  22. Freie Energie Elastizität 1) Beitrag der Kettenstreckung K =Kettenstreckungsmodulus (exp. 2K=0,4 /Ų) 2)+3) Energie der Lipidketten (Spreizen) κ = Biegung = spontane Krümmung des Monolayers (exp. κ =10 und -0,03≤ Å ≤0,03) 4) Energie für Kippung des Monolayers Kippmodulus = Kippwinkel der Lipidketten bzgl. der Normalenrichtung 5) Windung der Lipidmoleküle innerhalb des Lipidlayer K‘ ist unbekannt, trotzdem K‘ << κ Julia Weiß

  23. Konformationseinschränkungen • Rigide Inklusion hat direkte Auswirkungen auf benachbarte Lipidketten => Reduzierung der Bewegungsfreiheit => als Energiestrafe Julia Weiß

  24. Freie EnergieKonformationseinschränkungen 1) n(r) : durchschnittliche Orientierungen der Lipidketten am Ursprung r 2) : spontanes Director Field Julia Weiß

  25. Ergebnisse • für c0>0:u0<0: -> 2 einzelne Inklusionen bevorzugt u0>0: -> Dimerisierung bevorzugt • für c0<0: -> unabhängig von u0 ist 0 (Anziehung) Julia Weiß

  26. Zusammenfassung • Alle Methoden lieferten qualitativ ähnliche Ergebnisse: • Anziehung (Depletion/Fluktuation) • Energie-Barriere • MC: nur Anziehung, weil das Simulationssystem zu klein war • IgG: Freie Energie ist abhängig von Inklusionsgröße Julia Weiß

  27. Zusammenfassung • Chain Packing Theorie: - detaillierte Informationen auf Molekularlevel über konformationale Eigenschaften der Ketten - rechenzeitaufwendig, da vollständige Energieminimierung des Membransystems durchgeführt wird • Kombination des Director Model mit Elastizitätstheorie gibt die Ergebnisse der Chain Packing Theorie gut wieder Julia Weiß

  28. Ausblicke + weitere Aufgaben • Erweiterung der Integralgleichung-Theorie • Abhängigkeit der lipidvermittelten WW von der Membranzusammen-setzung • Betrachtung komplizierterer Protein-oberflächen Julia Weiß

  29. Quellen • Bohinc, K., Kralj-Iglic, V., and May, S., (2003) J. Chem. Phys., 119, 7435-7444. Interaction between two Cylindrical Inclusions in a Symmetric Lipid Bilayer. • May, S. and Ben-Shaul, A., (2000), PCCP, 2, 4494-4502. A Molecular Model for Lipid-Mediated Interaction between Proteins in Membranes. • Lagüe, P., Zuckermann, M.J., and Roux, B., (2000) Biophys. J., 79, 2867-2879. Lipid-Mediated Interactions between Intrinsic Membrane Proteins: A Theoretical Study Based on Integral Equations. • Sintes, T. and Baumgärtner, A., (1997) Biophys. J., 73, 2251-2259. Protein Attraction in Membranes Induced by Lipid Fluctuations. • Helms, H. (2002) EMBO reports vol.3 no.12 1133-1138 Attraction within the Membrane • Lagüe, P., Zuckermann, M.J., and Roux, B., (2001) Biophys. J., 81, 276-284. Lipid-Mediated Interactions between Intrinsic Membrane Proteins: Dependence on Protein Size and Lipid Composition. • May, S., http://www.ichf.edu.pl/jadwkonf/sylvmayabs1/abstract1.html Interactions between soft membranes and rigid, hydrophobic, biopolymers Short summary Julia Weiß

More Related