universitatea politehnica timi oara n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
UNIVERSITATEA POLITEHNICA TIMIŞOARA PowerPoint Presentation
Download Presentation
UNIVERSITATEA POLITEHNICA TIMIŞOARA

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 20

UNIVERSITATEA POLITEHNICA TIMIŞOARA - PowerPoint PPT Presentation


  • 94 Views
  • Uploaded on

UNIVERSITATEA POLITEHNICA TIMIŞOARA. MASTER SIIS Sisteme Informatice în Îngrijirea Sănătății. www.medinfo.umft.ro/dim / bioinformatica.htm. BIOINFORMATICA. Prof Dr George I Mihala ş UMF Victor Babeş. CURSUL 7. ANALIZA SECVENŢIALĂ. Analiza unei secvenţe Compararea a două secvenţe

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about 'UNIVERSITATEA POLITEHNICA TIMIŞOARA' - gerard


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
universitatea politehnica timi oara

UNIVERSITATEAPOLITEHNICA TIMIŞOARA

MASTER SIIS

Sisteme Informatice în Îngrijirea Sănătății

bioinformatica

BIOINFORMATICA

Prof Dr George I Mihalaş

UMF Victor Babeş

analiza secven ial
ANALIZA SECVENŢIALĂ
  • Analiza unei secvenţe
  • Compararea a două secvenţe
    • Metode simple: Dot Plots și Distanțe
    • Programare dinamică
      • Aliniere globală
      • Aliniere locală
    • Modele complexe
  • Matrici de substituție
    • Pentru Proteine
    • Pentru Acizi nucleici
  • Alinierea multiplă
compararea a dou secven e pairwise alignement
Compararea a două secvenţe“Pairwise alignement”
  • Măsurarea similarităţii, distanţe, substituţii, gap-uri
  • Programare dinamică
    • Aliniere globală: algoritmul Needleman Wunsch
      • Construcţia matricii
      • “traceback”
    • Aliniere locală: algoritmul Smith Waterman
    • Potriviri repetate, suprapuse, hibride, complexe
  • Matrici de substituţie
    • PAM
    • BLOSUM
  • Semnificaţia scorului de aliniere
  • Lanţuri Markov
  • Lanţuri Markov Ascunse (Hidden Markov Models HMM)
programare dinamic
Programare dinamică
  • Compararea directă: 4m+n comparaţii
  • Aliniere:
    • Globală - Needleman-Wunsch (1970)
    • Locală
      • Smith-Waterman (1981)
      • Potriviri repetate
      • Potriviri suprapuse
      • Modele hibride
  • Paşi:
    • Iniţializare
    • Completare
    • Aliniere (traceback)
alinierea global algoritmul needleman wunsch
ALINIEREA GLOBALĂAlgoritmul Needleman-Wunsch
  • Aliniere globală
  • Matricea de programare dinamică
    • Cele două secvenţe pe axe
    • Calculul unui element diagonal F(i,j), i = indice prima secv (oriz)[i = coloană, j=linie]
slide10

Schema de scor

    • Potrivire = +5
    • Nepotrivire = -3
    • Indel (gap) = -4
alinierea local algoritmul smith waterman
ALINIEREA LOCALĂAlgoritmul Smith Waterman
  • Aplicaţii
    • Detecţie domenii comune în proteine
    • Secţiuni extinse de ADN
    • Foarte sensibil la detecţia similarităţii între secvenţe divergente(cu origine comună; doar o parte se păstrează)
  • Aspecte teoretice
    • Marginile sunt 0
    • Conţine numai valori 0 sau pozitive
    • Alinierea se poate opri oriunde în matrice
    • La “traceback” pornim nu din colţul dreapta-jos ci de la cea mai mare valoare