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BMC Boot Camp Vol.1 Journals （論文・雑誌の基礎知識のまとめ）. Journals: Menu. 第１日 論文の要素と本文の構造 第２日 雑誌の種類と代表例 第３日 雑誌の影響力 おまけ BMC 各分野の専門誌例. 第１日 論文の要素と本文の構造. 論文とは？. 実験論文（原著論文） ， レビュー（総説） が存在 実験論文（原著論文） 新しい知見 を含む論文（狭義での「論文」） 基本的に、実験によって何かの疑問を検証 レビュー（総説） ある話題について 現状の知見 をまとめた論文. 学問の研究成果などを論理的に記した文章.
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BMC Boot Camp Vol.1Journals（論文・雑誌の基礎知識のまとめ）
Journals: Menu 第１日論文の要素と本文の構造 第２日雑誌の種類と代表例 第３日雑誌の影響力 おまけ BMC各分野の専門誌例
論文とは？ 実験論文（原著論文），レビュー（総説）が存在 • 実験論文（原著論文） 新しい知見を含む論文（狭義での「論文」） 基本的に、実験によって何かの疑問を検証 • レビュー（総説） ある話題について現状の知見をまとめた論文 学問の研究成果などを論理的に記した文章
論文に含まれるもの • タイトル（Title）、著者（Author） • 抄録（Abstract） • 本文 • 図表（Figure, Table, Box, …） • 参照文献（Reference） • 謝辞（Acknowledgement） これらのレビューを例に説明
タイトル、著者、Abstract タイトル 著者 抄録（Abstract）＝論文の概容 論文のテーマと内容を大まかに推測
本文 Introduction …between CycT1 and Tat3. 脚注（Referenceに対応） 大見出し 小見出し
図表（１）：Figure 流れ図のようなものから 画像・グラフまで様々 Panel：Figure内の個々の図 Legend：図の説明文 内容の理解に活用！
図表（２）：Table, Box Table＝表、 Box＝囲み記事
Reference、謝辞 Reference （参照文献） Zhang. J. et al. HIV-1 TAR RNA enhances the interaction between Tat and cyclin T1. J. Biol. Chem.275, 34314-34319 (2000). タイトル 著者 年 号 ページ 雑誌 協力者への謝辞
実験論文の構造 IMRADと呼ばれ、以下の4項目を含む 実験結果 実験方法 結論 実験目的
レビューの構造 論文によって異なる（以下の流れは一例） 研究領域の現状 研究の将来性 • 研究領域の紹介 • ＋意義、歴史的背景 • 既存の研究成果 • 結論を出せること • まだ未解明なこと • 諸研究間の相互比較 • 既存の知見の意義 • 他分野との関連 • 今後の応用性 • 今後の研究課題
雑誌の大まかな分類 分野による分類 • 総合誌 • 専門誌（多数） 論文の種類による分類 • 一般誌（多数） • 総説誌 • 速報誌 出版形式による分類 • 商業誌（多数） • Open Access雑誌
総合誌と専門誌 • 総合誌 あらゆる分野の論文を収録した雑誌 • Nature, Science：代表的な総合科学誌 • 他の総合科学誌の例：Proc Nat Acad Sci U S A（PNAS） • 総合医学誌の例：N Engl J Med（NEJM）, Lancet • 専門誌 特定分野の論文を集めた雑誌 • Cell：代表的な科学専門誌（細胞生物学） • 他の例：J Neurosci（神経科学）、J Biol Chem（生化学）
Nature, Cellの姉妹誌 Nature, Cellには、細分化された姉妹誌が多く存在 （いずれも本家同様に権威が高い） • Nature Immunology • Nature Chemical Biology • Nature Genetics • Nature Cell Biology • Nature Neuroscience • Nature Biotechnology • Nature Materials • Nature Medicineetc. • Neuron • Immunity • Molecular Cell • Developmental Cell • Cancer Cell • Cell Metabolism • Cell Host & Microbe • Cell Stem Cell etc.
総説誌と速報誌 • 総説誌 総説（レビュー）を集めた雑誌 • 代表例：Nature Reviews（Nat Rev ～）、 • 図書の形のものも（例：Annual Reviews(Ann Rev ～)） • 速報誌 短報（レター）を集めた雑誌 • 速報性重視のため、論文の完成度はそう高くない • 例：FEBS Lett、Biochem Biophys Res Commun（BBRC）
商業誌とOpen Access雑誌 • 商業誌 出版社が刊行・販売している雑誌（多くの雑誌） • 読者の購読料でコストを賄う • 値上げによる販売数の減少が問題になっている • Open Access雑誌 無料で無制約に利用できるオンライン雑誌 • 著者の投稿料や外部資金でコストを賄う • 例：PLoS（PLoS ～）、BioMed Central（BMC ～）
雑誌の影響力を表す指標 収録する文献が「他の論文に引用される」ことが １つの大きな目安になる • インパクトファクター（Impact Factor, IF） • 5年インパクトファクター（5-year IF） • 最新文献指数（Immediately Index） • アイゲンファクター（Eigen Factor, EF） • 被引用半減期（Cited Half-time）
インパクトファクター（IF） • 直前2年分に収録された文献全体について、 （総被引用回数）÷（掲載文献の総数） • 2008年の掲載文献240 被引用回数6002009年の掲載文献260 被引用回数400 なら… 2010年のIF＝（600+400）÷（240+260）＝2.0 • 同様の計算による他の指標 • 直前5年分で同じことをやる→5年IF • 直前1年分で同じことをやる→Immediately Index
インパクトファクターの特徴 • 「その雑誌の平均的なレベルの文献の影響力」を 「最近の論文に引用されている頻度」で評価 • 5年IF（5年分）は‘より長期的な視点’ • Immediately Index（1年分）は‘より短期的な視点’ • 問題点 • 誤用が多い（異なる分野の雑誌のIFを比較するetc） • 自誌引用を繰り返すとIFが上昇する • 掲載論文数の少ない雑誌はIFが高く出やすい • 総説（レビュー）を多く載せる雑誌はIFが高く出やすい
アイゲンファクター（EF） • 「その雑誌の平均的なレベルの文献の影響力」を「任意の雑誌に引用される確率」で評価 • 計算式は行列を含む複雑なものなので省略 • IFと比べて１回の被引用に重み付けを行った指標 • 特徴 • 直前5年分のデータから算出 • 総被引用数が多いとEFも高くなりやすい （※掲載論文数が多いとEFが高く出るという指摘が存在） cf. Article Influence Score：※の指摘を考慮した指標 ＝EF÷（掲載論文数／当該分野の全論文数）
被引用半減期（Cited Half-life） • 累積被引用回数÷通算被引用回数＞0.5となるまで何年分遡って累積する必要があるかを表す指標 • 2006年時点の通算被引用回数 10000 2006年の被引用回数：1600 （累積1年、比0.16）2005年の被引用回数：1900 （累積2年、比0.35）2004年の被引用回数：2000 （累積3年、比0.55） ⇒被引用半減期は2+{(0.5-0.35)/(0.55-0.35)}=2.75年 • 「その雑誌の平均的なレベルの文献の影響力」を「他の雑誌に頻繁に引用され続ける期間」で評価 • 被引用半減期が長い＝「論文が長持ちする」雑誌
IFなどを調べるには… • Journal Citation Reports（JCR）http://isiknowledge.com/jcr/（図書館契約） ここをクリック
JCRの使用例（１） 遺伝学分野でIFの高い雑誌を知りたい場合 分野を選択 ここをクリック 並び替えの基準を選択
JCRの使用例（２） 雑誌名をクリックすると詳細な情報が得られる
論文単位で調べるには… • Web of Science http://isiknowledge.com/wos/（図書館契約） 検索語を入力
Web of Scienceの使用例（１） ここをクリック 主要な引用元は？ ⇒数字をクリック
Web of Scienceの使用例（２） 「被引用数」を選択
おまけBMC各分野のEF上位20誌 （次のスライド以降の見方） 雑誌名はPubMedと同じ省略形を使用。 雑誌はIF>10、雑誌はIF 5～10、雑誌はIF<3 雑誌は掲載文献数10位以内 ※ EFの値は結局は「雑誌の有名度」みたいなもので、個々の論文の評価を決めるものではないので注意 （⇒結局は自分で読んでみて評価することが必要）
