1 / 13

Praca na klastrach i komupterach w centrach obliczeniowych

Praca na klastrach i komupterach w centrach obliczeniowych. Reguły pracy na serwerach obliczeniowych: Zadania są uruchamiane przez system kolejkowania lub (znacznie rzadziej) w systemie rezerwacji. Puszczanie zadań dłuższych niż parominutowe „z ręki” jest niedopuszczalne.

fred
Download Presentation

Praca na klastrach i komupterach w centrach obliczeniowych

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Praca na klastrach i komupterach w centrach obliczeniowych • Reguły pracy na serwerach obliczeniowych: • Zadania są uruchamiane przez system kolejkowania lub (znacznie rzadziej) w systemie rezerwacji. Puszczanie zadań dłuższych niż parominutowe „z ręki” jest niedopuszczalne. • Każdy użytkownik ma przydzieloną kwotę (limit miejsca) na dysku/dyskach. • Do celów bieżących obliczeń można wykorzystywać dedykowane dyski stanowiące „przestrzeń ścieralną” (scratch space); pliki tam się znajdujące są usuwane przez system po czasie 1-7 dni. • Większe centra dysponują systemami archiwizacji (MassStore), w których można składować starsze pliki. Dostęp do tych archiwum jest wolniejszy niż do dysku.

  2. Zasoby centrów obliczeniowych • Komputery dużej mocy. • Systemy plików. • Systemy archiwizacji plików. • Systemy wizualizacyjne. • Interfejsy zarządzania zadaniami. • Hardwarde do realizacji usług (www, ftp, itp.). • Systemy zarządzania zadaniami i plikami, kompilatory i biblioteki, oprogramowanie użytkowe. • Dostęp do zasobów centrów jest na ogół zdalny.

  3. Systemy operacyjne na serwerach obliczeniowych Unix: Linux, IRIX (SGI), SunOS (SUN), UNICOS (CRAY) Windows (rzadko; np. na klastrze obliczeniowum w Cornell Theory Center) VMS (w zasadzie już nieobecny).

  4. Systemy kolejkowania: PBS (Portable Batch System): najbardziej uniwersalny system kolejkowania dostępny zarówno w wersji darmowej jak i profesjonalnej. Zaprojektowany dla klastrów linuxowych ale obecnie używany wszędzie. LSF (Load Shearing Facility): zaprojektowany dla serwerów SGI ale obecnie używany wszędzie. LoadLeveler: zaprojektowany dla serwerów IBM. NQE (Network Queuing Enviroment): zaprojektowany dla serwerów CRAY.

  5. Uruchamianie zadań w systemie PBS

  6. Przykład skryptu PBS: uruchamianie programu AMBER na klastrze piasek.chem.univ.gda.pl #PBS -N Mut58-Asp #PBS -q long #PBS -l nodes=2:amd2800 set NPROCS=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS -nolocal \ /users/amber/a80/amber8/exe/sander.mpi -O \ -i md.in \ -o 3md5.o \ -e 3md5.e \ -c 2md5.r \ -p Mut58-Asp.top \ -r 3md5.r \ -x 3md5.x

  7. $PBS_NODEFILE zmienna środowiskowa wskazująca na plik z nodami na których będzie chodziło zadnie. $PBS_O_WORKDIR zmienna środowiskowa wskazująca na katalog roboczy na którym będzie chodzilo zadanie $NPROCS liczba procesorów przydzielonych do zadania

  8. Uruchamianie zadań w systemie LoadLeveler

  9. Przykład skryptu w systemie LoadLeveler # @ job_name = ENH # @ comment = "BGL Job by Shape" # @ error = $(job_name).$(jobid).out # @ output = $(job_name).$(jobid).out # @ environment = COPY_ALL; # @ wall_clock_limit = 24:00:00 # @ notification = always # @ notify_user = epl010 # @ job_type = bluegene # @ bg_connection = TORUS # @ bg_size = 512 # @ executable = /usr/local/bin/mpirun # @ arguments = -exe `/bin/pwd`/wait_bgl.rts \ # -verbose 1 -args "-t 15" # @ queue

  10. Programy do obliczeń molekularnej mechaniki kwantowej GAMESS (ab initio i półempiryka) http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/ GAUSSIAN (ab initio i półempiryka) http://www.gaussian.com/g_ur/g03mantop.htm MOPAC (półempiryka) http://www.cachesoftware.com/mopac/index.shtml

  11. Programy do obliczeń mechaniki i dynamiki molekularnej Minimalizacja energii, analiza drgań normalnych, dynamika molekularna, dynamika z więzami, obliczenia termodynamiczne, QM/MM AMBER (pole siłowe AMBER) http://amber.scripps.edu/ CHARMM (pole siłowe Charmmxx) http://www.charmm.org/ GROMOS i GROMACS (pole siłowe GROMOS) http://www.igc.ethz.ch/gromos/ http://www.gromacs.org/external/online-reference-manual.html XPLOR (pole siłowe Charmmxx) http://www.embl-heidelberg.de/nmr/xplor/htmlman/ NAMD (dynamika molekularna; pole siłowe Charmxx) http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

  12. Minimalizacja energii, optymalizacja globalna ECEPPAK (pole siłowe ECEPP/3) http://cbsu.tc.cornell.edu/software/eceppak/ Dokowanie ligandów do receptorów AUTODOCK http://autodock.scripps.edu/ Skrócony opis programów po polsku ICM Warszawa http://www.icm.edu.pl/kdm/Oprogramowanie CI TASK Gdańsk http://wiki.task.gda.pl/wiki/Kategoria:Chemia

  13. Pakiety zintegrowane: Accelrys (mechanika i dynamika molekularna, mechanika kwantowa, QM/MM, modelowanie białek) http://www.accelrys.com/ Schroedinger (mechanika kwantowa, QM/MM) http://www.schrodinger.com/ TRIPOS (modelowanie biomolekularne) http://www.tripos.com/

More Related