uma aplica o web para c lculo de similaridade em acessos de cana de a car n.
Download
Skip this Video
Loading SlideShow in 5 Seconds..
Uma aplicação web para cálculo de similaridade em acessos de cana-de-açúcar . PowerPoint Presentation
Download Presentation
Uma aplicação web para cálculo de similaridade em acessos de cana-de-açúcar .

Loading in 2 Seconds...

play fullscreen
1 / 85

Uma aplicação web para cálculo de similaridade em acessos de cana-de-açúcar . - PowerPoint PPT Presentation


  • 76 Views
  • Uploaded on

Uma aplicação web para cálculo de similaridade em acessos de cana-de-açúcar. Aluno: José Júnior de Oliveira Silva Orientador: Elthon Alex da Silva Oliveira Co-orientador: Cícero Carlos de Sousa Almeida. SUMÁRIO. Introdução; Fundamentação teórica; Trabalhos relacionados;

loader
I am the owner, or an agent authorized to act on behalf of the owner, of the copyrighted work described.
capcha
Download Presentation

PowerPoint Slideshow about 'Uma aplicação web para cálculo de similaridade em acessos de cana-de-açúcar .' - eolande-orcoran


An Image/Link below is provided (as is) to download presentation

Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author.While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server.


- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - E N D - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
Presentation Transcript
uma aplica o web para c lculo de similaridade em acessos de cana de a car

Uma aplicação web para cálculo de similaridade em acessos de cana-de-açúcar.

Aluno: José Júnior de Oliveira Silva

Orientador: Elthon Alex da Silva Oliveira

Co-orientador: Cícero Carlos de Sousa Almeida

sum rio
SUMÁRIO
  • Introdução;
  • Fundamentação teórica;
  • Trabalhos relacionados;
  • O software proposto;
  • Trabalhos futuros;
  • Considerações finais.

Bacharelado em Ciência da Computação

introdu o
Introdução
  • Iniciou com o projeto de pesquisa sistema de certificação de variedades de cana-e-açúcar utilizando “fingerprinting” de DNA, financiado pelo CNPq;
  • Esse projeto foi realizado no período de 2009 a 2010;
  • Envolveu as áreas de Agronomia e Ciência da Computação;
  • Objetivo de desenvolver um software que desse suporte apesquisadores de genética molecular;
  • Realização de cálculo de similaridade entre os acessos de cana-de-açúcar;
  • Acessos são variedades diferentes de plantas, que podem até ter as mesmas características morfológicas mas são geneticamente diferentes.

Bacharelado em Ciência da Computação

introdu o1
Introdução
  • Necessidades iniciais:
    • Armazenamento de dados genéticos;
    • Comparação de acessos de cana-de-açúcar;
    • Teste de paternidade ;
    • Possibilidade de compartilhar os dados via web;
    • Ferramenta fácil de usar;
    • Possibilidade de acessar remotamente o sistema.

Bacharelado em Ciência da Computação

introdu o2
Introdução
  • Solução:
    • Implementação de um software para cálculo de similaridade entre acessos de plantas;
    • Linguagem de programação PHP;
    • Banco de dados MySql;
    • Utilização de Zend Framework;
    • Disponível na web;
    • Interface simples e de fácil uso.

Bacharelado em Ciência da Computação

introdu o3
Introdução
  • Contribuições:
    • Prover um ambiente simples e fácil de usar;
    • Identifica a similaridade entre acessos de plantas;
    • Identifica uso indevido de acessos de plantas;
    • É a base para o melhoramento genético vegetal;
    • A partir das informações geradas pode-se inferir quais cruzamentos podem ser mais proveitosos em uma determinada cultura.

Bacharelado em Ciência da Computação

introdu o4
Introdução
  • Diferencial:
    • Interface simples e fácil de usar comparada com a maioria dos softwares com finalidades semelhantes;
    • Idioma português;
    • Comparação de marcadores e não de sequências;
    • Possibilidade de interação entre muitos pesquisadores.

Bacharelado em Ciência da Computação

sum rio1
SUMÁRIO
  • Introdução;
  • Fundamentação teórica;
  • Trabalhos relacionados;
  • O software proposto;
  • Trabalhos futuros;
  • Considerações finais.

Bacharelado em Ciência da Computação

fundamenta o te rica
Fundamentação Teórica
  • Implementar uma aplicação requer um certo conhecimento do seu domínio;
  • Termos utilizados nas classes, relacionamentos e entidades de banco de dados podem ser muito complexos;
  • Entender o significado de cada termo é fundamental para a implementação;
  • Nem sempre essa tarefa é trivial;
  • Em muitos casos existe a necessidade de recorrer a um especialista na área;
  • A bioinformática e a biologia computacional:
    • Utilizam a Ciência da Computação para solucionar problemas biológicos.

Bacharelado em Ciência da Computação

fundamenta o te rica1
Fundamentação Teórica
  • DNA;
  • Alelos;
  • Marcadores moleculares;
  • PCR;
  • Cálculo de similaridade;
  • Matriz de características;
  • Coeficientes de similaridade;
  • Matriz de distância;
  • Método de agrupamento UPGMA;
  • Dendograma.

Bacharelado em Ciência da Computação

slide11
DNA

DNA

Estrutura do DNA

  • Presente nas células de todo indivíduo;
  • Carrega informações genéticas;
  • Diferente para cada indivíduo;
  • Formado por uma dupla hélice ligada por bases nitrogenadas;
  • Essa dupla hélice forma a sequência genética de um indivíduo;
  • Combinações de ACGT.

Bacharelado em Ciência da Computação

fundamenta o te rica2
Fundamentação Teórica
  • DNA;
  • Marcadores moleculares;
  • Alelos;
  • PCR;
  • Cálculo de similaridade;
  • Matriz de características;
  • Coeficientes de similaridade;
  • Matriz de distância;
  • Método de agrupamento UPGMA;
  • Dendograma.

Bacharelado em Ciência da Computação

marcadores moleculares
Marcadores moleculares
  • Herdados geneticamente;
  • Servem como base para diferenciar indivíduos;
  • SSR – Simplesequencerepeats:
    • Caracterizado da repetição de uma sequências com 1 a 6 nucleotídeos;
    • São usados primerspara marcar o início e fim de cada marcador.

Bacharelado em Ciência da Computação

fundamenta o te rica3
Fundamentação Teórica
  • DNA;
  • Marcadores moleculares;
  • Alelos;
  • PCR;
  • Cálculo de similaridade;
  • Matriz de características;
  • Coeficientes de similaridade;
  • Matriz de distância;
  • Método de agrupamento UPGMA;
  • Dendograma.

Bacharelado em Ciência da Computação

alelos
Alelos
  • São diferentes versões de um marcador em um indivíduo;
  • Podem significar a presença de características morfológicas;
  • A presença de mais de um alelo em um indivíduo é chamada de polimorfismo.

Bacharelado em Ciência da Computação

fundamenta o te rica4
Fundamentação Teórica
  • DNA;
  • Marcadores moleculares;
  • Alelos;
  • PCR;
  • Cálculo de similaridade;
  • Matriz de características;
  • Coeficientes de similaridade;
  • Matriz de distância;
  • Método de agrupamento UPGMA;
  • Dendograma.

Bacharelado em Ciência da Computação

pcr polimerase chain reaction
PCR – Polimerasechainreaction
  • Reação em cadeia de polimerase;
  • Cria múltiplas cópias de DNA sem a utilização de um organismo vivo;
  • Utilizada principalmente em situações em que a quantidade de DNA disponível é reduzida;
  • Utiliza primers, que delimitam a área a ser amplificada.

Bacharelado em Ciência da Computação

fundamenta o te rica5
Fundamentação Teórica
  • DNA;
  • Marcadores moleculares;
  • Alelos;
  • PCR;
  • Cálculo de similaridade;
  • Matriz de características;
  • Coeficientes de similaridade;
  • Matriz de distância;
  • Método de agrupamento UPGMA;
  • Dendograma.

Bacharelado em Ciência da Computação

c lculo de similaridade
Cálculo de similaridade
  • Calcular a distância genética entre os indivíduos;
  • Utiliza-se diferentes versões dos marcadores (alelos) como base para calcular a similaridade;
  • Cada acesso será caracterizado com a presença ou ausência de determinado alelo para cada marcador apresentado por ele;
  • A comparação entre os acessos, utilizando uma metodologia específica, é o que determina a distância genética entre os indivíduos;
  • Para esta tarefa são usados coeficientes de similaridade;
  • Os dados podem ser representados em uma matriz de distância e/ou em uma árvore denominada dendograma.

Bacharelado em Ciência da Computação

fundamenta o te rica6
Fundamentação Teórica
  • DNA;
  • Marcadores moleculares;
  • Alelos;
  • PCR;
  • Cálculo de similaridade;
  • Matriz de características;
  • Coeficientes de similaridade;
  • Matriz de distância;
  • Método de agrupamento UPGMA;
  • Dendograma.

Bacharelado em Ciência da Computação

matriz de caracter sticas
Matriz de características
  • As linhas dessa matriz representa os diferentes acessos de plantas;
  • As colunas representam os alelos que eles apresentam;
  • É preenchida com 1 ou 0. Representando a presença ou ausência de um alelo respectivamente.
  • Essa matriz serve de base para encontrar a similaridade entre cada par de acessos.

Bacharelado em Ciência da Computação

fundamenta o te rica7
Fundamentação Teórica
  • DNA;
  • Marcadores moleculares;
  • Alelos;
  • PCR;
  • Cálculo de similaridade;
  • Matriz de características;
  • Coeficientes de similaridade;
  • Matriz de distância;
  • Método de agrupamento UPGMA;
  • Dendograma.

Bacharelado em Ciência da Computação

coeficientes de similaridade
Coeficientes de similaridade
  • Os coeficientes de similaridade mais usuais são:
    • Baseados na distância (geralmente euclidiana);
    • Baseados na correlação entre pares de valores;
    • Baseado na associação entre caracteres qualitativos;
  • Neste trabalho foi usada a última abordagem, utilizando dados binários.

Bacharelado em Ciência da Computação

similaridade utilizando caracteres qualitativos bin rios
Similaridade utilizando caracteres qualitativos binários
  • Tomados dois objetos, temos as seguintes situações representadas por uma letra do alfabeto:
    • A, se estes apresentarem o mesmo caractere ;
    • B, se o caractere estiver presente no primeiro e ausente no segundo;
    • C, se estiver ausente no primeiro e presente no segundo;
    • D, se estiver ausente em ambos.

Bacharelado em Ciência da Computação

coeficientes de similaridade bin rios
Coeficientes de similaridade Binários
  • Utilizam os valores A, B, C e D de dois objetos para encontrar a similaridade entre eles;
  • Existem vários coeficientes que expressam similaridade;
  • Neste trabalho foi usado o de Jacard:
    • simJaccard = a/(a+b+c)

Bacharelado em Ciência da Computação

similaridade utilizando caracteres qualitativos bin rios1
Similaridade utilizando caracteres qualitativos binários
  • Exemplo utilizando uma matriz de dados binários:
    • O valor das variáveis é obtido como mostra a figura;
    • Ao final de cada comparação o número de ocorrência de cada variável é usado por um coeficiente de similaridade como o de jaccard para encontrar a distância genética entre os pares de acessos.

Bacharelado em Ciência da Computação

fundamenta o te rica8
Fundamentação Teórica
  • DNA;
  • Marcadores moleculares;
  • Alelos;
  • PCR;
  • Cálculo de similaridade;
  • Matriz de características;
  • Coeficientes de similaridade;
  • Matriz de distância;
  • Método de agrupamento UPGMA;
  • Dendograma.

Bacharelado em Ciência da Computação

matriz de dist ncia
Matriz de distância
  • Aplicando o coeficiente jaccard à todos os pares da matriz anterior obtém-se a matriz de distância;
  • Esta matriz representa a distância genética entre os indivíduos;
  • Valores vão de 0 a 1, representando o grau de similaridade entre cada par;
  • Sendo 1 similaridade total e 0 nenhuma similaridade.
  • A partir dos resultados dessa matriz pode-se agrupar os acessos mais próximos geneticamente

Bacharelado em Ciência da Computação

teste de paternidade
Teste de paternidade
  • Objetiva identificar possíveis utilizações ilegais de uma variedade de planta;
  • Procedimento semelhante à comparação de acessos;
  • O acesso suspeito junta-se a matriz de características do formada pelos acessos do banco de dados;
  • O resultado mostrará o quão similar este acesso (suspeito) é dos demais presentes no banco;
  • O resultado também será mostrado em uma matriz de distância, mas com uma linha e uma coluna a mais.

Bacharelado em Ciência da Computação

fundamenta o te rica9
Fundamentação Teórica
  • DNA;
  • Marcadores moleculares;
  • Alelos;
  • PCR;
  • Cálculo de similaridade;
  • Matriz de características;
  • Coeficientes de similaridade;
  • Matriz de distância;
  • Método de agrupamento UPGMA;
  • Dendograma.

Bacharelado em Ciência da Computação

m todo de agrupamento upgma
Método de agrupamento UPGMA
  • Agrupa indivíduos semelhantes;
  • Resultado da matriz de distância pode ser convertido em um dendograma;
  • Os nós desse dendograma são encontrados da seguinte forma:
    • Identifica-se o par com distância mínima entre o número total de pares;
    • Combinar esses dois objetos como um único par;
    • Recalcula-se as distâncias entre os outros pares para formar uma nova matriz;
    • Identifica-se a menor distância entre os pares da nova matriz;
    • Repete-se os passos até que os últimos dois grupos sejam analisados.

Bacharelado em Ciência da Computação

m todo de agrupamento upgma exemplo
Método de Agrupamento UPGMA - Exemplo
  • Considere 5 indivíduos (A, B, C , D e E);
  • Com a matriz de distância a seguir;
  • Agrupa-se o par com menor distância (AB);
  • A distância em relação aos demais pares deve ser recalculada;
  • Exemplo:
    • A distância de C para AB = (60 + 50)/2 = 55

Bacharelado em Ciência da Computação

m todo de agrupamento upgma exemplo1
Método de Agrupamento UPGMA - Exemplo
  • Como resultado do procedimento anterior obtém-se a seguinte matriz:
    • Os passos devem ser seguidos até restarem apenas dois grupos.

Bacharelado em Ciência da Computação

fundamenta o te rica10
Fundamentação Teórica
  • DNA;
  • Marcadores moleculares;
  • Alelos;
  • PCR;
  • Cálculo de similaridade;
  • Matriz de características;
  • Coeficientes de similaridade;
  • Matriz de distância;
  • Método de agrupamento UPGMA;
  • Dendograma.

Bacharelado em Ciência da Computação

dendograma
Dendograma
  • Os valores mínimos obtidos em cada passo são usados pra construir o dendograma, que é mostrado a seguir:
  • Agrupa elementos mais próximos;
  • Nós descrevem a distância entre elementos, entre elementos e grupos ou entre grupos;
  • Agrupam-se pares com menor distância.

Bacharelado em Ciência da Computação

sum rio2
SUMÁRIO
  • Introdução;
  • Fundamentação teórica;
  • Trabalhos relacionados;
  • O software proposto;
  • Trabalhos futuros;
  • Considerações finais.

Bacharelado em Ciência da Computação

trabalhos relacionados
Trabalhos Relacionados
  • BLAST:
    • Programa de alinhamento mais usado no mundo;
    • Realiza cruzamento de sequências;
    • Trabalha com banco de dados públicos;
    • Pode ser usado via web.
  • FASTA:
    • Primeiro programa largamente utilizado para encontrar similaridade em banco de dados;
    • Dele deriva-se o formato de arquivo fasta;

Bacharelado em Ciência da Computação

trabalhos relacionados1
Trabalhos Relacionados
  • CrustalW:
    • Versão web do crustal um dos programas de alinhamento mais utilizados;
    • Possui interface gráfica, proporcionando um ambiente agradável para o usuário.

Bacharelado em Ciência da Computação

sum rio3
SUMÁRIO
  • Introdução;
  • Fundamentação teórica;
  • Trabalhos relacionados;
  • O software proposto;
  • Trabalhos futuros;
  • Considerações finais.

Bacharelado em Ciência da Computação

ferramenta desenvolvida
Ferramenta Desenvolvida
  • Objetivos;
  • Metodologia;
  • Reuso de código (Zend Framework);
  • Diagramas UML;
  • Telas do sistema;
  • Implementação;
  • Exemplo prático.

Bacharelado em Ciência da Computação

ferramenta desenvolvida1
Ferramenta Desenvolvida
  • Objetivos:
    • Armazenar dados genéticos;
    • Realizar comparações entre acessos de plantas;
    • Realizar testes de paternidade;
    • Poder ser utilizado via web;
    • Ser simples e fácil de usar;
    • Realizar comparações usando marcadores moleculares.

Bacharelado em Ciência da Computação

ferramenta desenvolvida2
Ferramenta Desenvolvida
  • Objetivos;
  • Metodologia utilizada;
  • Reuso de código (Zend Framework);
  • Diagramas UML;
  • Telas do sistema;
  • Implementação;
  • Exemplo prático.

Bacharelado em Ciência da Computação

ferramenta desenvolvida3
Ferramenta Desenvolvida
  • Metodologia utilizada:
    • Desenvolvido na linguagem PHP;
    • Banco de dados MySql;
    • Zend Framework;
    • Padrão MVC;

Bacharelado em Ciência da Computação

ferramenta desenvolvida4
Ferramenta Desenvolvida
  • Objetivos;
  • Metodologia utilizada;
  • Reuso de código (Zend Framework);
  • Diagramas UML;
  • Telas do sistema;
  • Implementação;
  • Exemplo prático.

Bacharelado em Ciência da Computação

reuso de c digo zend framework
Reuso de código (Zend Framework):
  • Por que usar um framework?
  • Por que Zend Framework?
  • Padrão MVC;
  • Zend Config;
  • Zend Table;
  • Zend Form;
  • Zend Auth;
  • Zend Layout;

Bacharelado em Ciência da Computação

por que usar um framework
Por que usar um framework?
  • Em projetos não triviais deve-se fazer a escolha por utilizar um framework existente ou criar um próprio;
  • O uso de um framework reduz o tempo de desenvolvimento;
  • Classes já vem testadas;
  • Utilizam padrões de projeto.

Bacharelado em Ciência da Computação

reuso de c digo zend framework1
Reuso de código (Zend Framework):
  • Por que usar um framework?;
  • Por que Zend Framework?;
  • Padrão MVC;
  • Zend Config;
  • Zend Table;
  • Zend Form;
  • Zend Auth;
  • Zend Layout;

Bacharelado em Ciência da Computação

por que zend framework
Por que Zend Framework?
  • Framework de código aberto para desenvolvimento web;
  • Orientado a objetos;
  • Implementado em PHP 5;
  • Objetiva simplificar o desenvolvimento web;
  • Componentes podem ser usados de forma padrão (MVC) ou da forma que fizerem sentido na aplicação.
  • Alguns componentes:
      • Zend layout;
      • Zend Form;
      • Zend DbTable;
      • Zend Auth;
      • Zend Config.

Bacharelado em Ciência da Computação

reuso de c digo zend framework2
Reuso de código (Zend Framework):
  • Por que usar um framework?
  • Por que Zend Framework;
  • Padrão MVC;
  • Zend Config;
  • Zend Table;
  • Zend Form;
  • Zend Auth;
  • Zend Layout;

Bacharelado em Ciência da Computação

padr o mvc
Padrão MVC
  • Camada de negócio (models);
  • Camada de representação (view);
  • Camada de controle ( controller);

Bacharelado em Ciência da Computação

reuso de c digo zend framework3
Reuso de código (Zend Framework):
  • Por que usar um framework?
  • Por que Zend Framework;
  • Padrão MVC;
  • Zend Config;
  • Zend Table;
  • Zend Form;
  • Zend Auth;
  • Zend Layout;

Bacharelado em Ciência da Computação

zend config
Zend_Config
  • Arquivo de configuração compartilhado pelas classes do sistema;
  • Pode ser personalizado para que outras variáveis estejam sempre visíveis ao sistema;
  • Exemplo parâmetros do banco de dados:

;Conexao com o banco de dados

resources.db.adapter=Pdo_Mysql

resources.db.params.host =localhost

resources.db.params.username =root

resources.db.params.password =

resources.db.params.dbname=genetic

resources.db.params.charset= utf8

resources.db.isDefaultTableAdapter=true

Bacharelado em Ciência da Computação

reuso de c digo zend framework4
Reuso de código (Zend Framework):
  • Por que usar um framework?
  • Por que Zend Framework;
  • Padrão MVC;
  • Zend Config;
  • Zend Table;
  • Zend Form;
  • Zend Auth;
  • Zend Layout;

Bacharelado em Ciência da Computação

zend db table
Zend_Db_Table
  • Possui métodos para utilização do banco de dados de forma simplificada.
  • O trabalho do programador é minimizado;
  • Exemplo de inserção na classe SSR, usando Zend_Db_Table:

publicfunctioninserir($ssr, $est, $tipo, $repeat, $arquivo, $tm, $alelos, $primer_r, $primer_f, $fasta, $polimorfico){

$id = 0;

try{

$id = parent::insert(array('marcador'=>$ssr, 'est'=> $est, 'tipo'=> $tipo, 'repeat'=> $repeat,

'arquivo'=> $arquivo, 'tm'=> $tm, 'alelos'=> $alelos, 'primer_r'=> $primer_r, 'primer_f'=> $primer_f,

'fasta'=>$fasta, 'polimorfico'=>$polimorfico

));

} catch (Exception $e) {

echo$e;

}

//retorna o id do marcador inserido

return$id;

}

Bacharelado em Ciência da Computação

reuso de c digo zend framework5
Reuso de código (Zend Framework):
  • Por que usar um framework?
  • Por que Zend Framework;
  • Padrão MVC;
  • Zend Config;
  • Zend Table;
  • Zend Form;
  • Zend Auth;
  • Zend Layout;

Bacharelado em Ciência da Computação

zend form
Zend_Form
  • Criação dinâmica de formulários;
  • Tratamento e validação de dados;
  • Molda-se as necessidades do programador;
  • Formulários como classes:

classForm_LoginextendsZend_Form

{

...

}

$form= newForm_Login();

  • Os elementos podem ser adicionados de forma simples:

$username=$this->CreateElement('text','login');

  • Personalizaçãofeita com Zend_Decorators.

Bacharelado em Ciência da Computação

reuso de c digo zend framework6
Reuso de código (Zend Framework):
  • Por que usar um framework?
  • Por que Zend Framework;
  • Padrão MVC;
  • Zend Config;
  • Zend Table;
  • Zend Form;
  • Zend Auth;
  • Zend Layout;

Bacharelado em Ciência da Computação

zend auth
Zend_Auth
  • Classe de autenticação do Zend;
  • Permite múltiplos usuários e restrições de acesso;
  • Os dados podem ser enviados com uma chave de criptografia;

Bacharelado em Ciência da Computação

zend auth1
Zend_Auth

$login= $form->getValue('login');

$senha = $form->getValue('senha');

$dbAdapter= Zend_Db_Table::getDefaultAdapter();

//Inicia o adaptador Zend_Auth para banco de dados

$authAdapter= newZend_Auth_Adapter_DbTable($dbAdapter);

$authAdapter->setTableName('usuario')

->setIdentityColumn('login')

->setCredentialColumn('senha')

->setCredentialTreatment('SHA1(?)');

//Define os dados para processar o login

$authAdapter->setIdentity($login)

->setCredential($senha);

//Efetua o login

$auth= Zend_Auth::getInstance();

$result= $auth->authenticate($authAdapter);

Bacharelado em Ciência da Computação

reuso de c digo zend framework7
Reuso de código (Zend Framework):
  • Por que usar um framework?
  • Por que Zend Framework;
  • Padrão MVC;
  • Zend Config;
  • Zend Table;
  • Zend Form;
  • Zend Auth;
  • Zend Layout;

Bacharelado em Ciência da Computação

zend layout
Zend_Layout
  • Criação de layouts de forma simples e rápida;
  • Tudo feito com um único comando;
  • Basta editar o script gerado pelo comando e ele aparecerá em todas as páginas.

Bacharelado em Ciência da Computação

ferramenta desenvolvida5
Ferramenta Desenvolvida
  • Objetivos;
  • Metodologia utilizada;
  • Reuso de código (Zend Framework);
  • Diagramas UML;
  • Telas do sistema;
  • Implementação;
  • Exemplo prático.

Bacharelado em Ciência da Computação

diagramas uml
Diagramas UML
  • Diagrama de casos de uso;
  • Diagrama de classes;
  • Diagrama de sequência;

Bacharelado em Ciência da Computação

diagrama de casos de uso
Diagrama de casos de uso

Bacharelado em Ciência da Computação

diagramas uml1
Diagramas UML
  • Diagrama de casos de uso;
  • Diagrama de classes;
  • Diagrama de sequência;

Bacharelado em Ciência da Computação

diagrama de classes
Diagrama de classes

Bacharelado em Ciência da Computação

diagramas uml2
Diagramas UML
  • Diagrama de casos de uso;
  • Diagrama de classes;
  • Diagrama de sequência;

Bacharelado em Ciência da Computação

diagrama de sequ ncia
Diagrama de sequência

Bacharelado em Ciência da Computação

ferramenta desenvolvida6
Ferramenta Desenvolvida
  • Objetivos;
  • Metodologia utilizada;
  • Reuso de código (Zend Framework);
  • Diagramas UML;
  • Telas do sistema;
  • Implementação;
  • Exemplo prático.

Bacharelado em Ciência da Computação

telas do sistema
Telas do Sistema
  • Tela inicial;
  • Autenticação de usuários;
  • Ambiente do usuário;
  • Cadastro de marcadores;
  • Lista de marcadores;
  • Inserção de análise;

Bacharelado em Ciência da Computação

autentica o de usu rios
Autenticação de usuários
  • Utiliza a classe Zend_Auth;
  • Os dados são criptografados com uma chave de criptografia SH1;
  • Formulário criado com Zend_Form;
  • Permite criar sistemas multiusuários de forma rápida e fácil;
  • Interação com o banco de dados.

Bacharelado em Ciência da Computação

ambiente do usu rio
Ambiente do usuário
  • Mostra as possíveis opções que o usuário pode realizar;
  • Restrições de acesso;

Bacharelado em Ciência da Computação

cadastro de novos marcadores
Cadastro de novos marcadores
  • Realização do cadastro de novos marcadores SSR;
  • Herda de Zend_Form.

Bacharelado em Ciência da Computação

lista de marcadores
Lista de marcadores
  • Lista os marcadores do banco de dados;
  • Opções de edição e deleção;
  • Inserção de análise.

Bacharelado em Ciência da Computação

inser o de an lise
Inserção de análise
  • A análise é composta pelo nome do acesso e uma sequência de números (1 ou 0) representando presença e ausência de algum alelo;

Bacharelado em Ciência da Computação

algoritmos
Algoritmos
  • Comparação entre dois acesos;
  • Comparação entre vário acessos;
  • Construção da matriz de características;
  • Construção da matriz de distância.

Bacharelado em Ciência da Computação

compara o entre dois acessos
Comparação entre dois acessos:

Entrada: acessosComuns nulo

Entrada: contador 0

para cada valor v em vetor1faça

para cada valor v2 em vetor2faça

sev1 = v2então

Entrada: acessosComuns[contador] v1

Entrada: contadorcontador + 1

fim para cada

fim para cada

retornaacessosComuns

Bacharelado em Ciência da Computação

compara o entre acessos
Comparação entre acessos:

Entrada: acessosComunsnulo

Entrada: contador 0

Entrada: acessosComuns acessos(marcadoresSelecionados[1])

Parai de 2 até tamanho de marcadoresSelecionadosfaça

Entrada: dados acessos(marcadoresSelecionados[i])

Entrada: acessosComunscompararAcessos(dados, acessosComuns)

fim para

retornaacessosComuns

Bacharelado em Ciência da Computação

algoritmo de cria o da matriz de caracter sticas
Algoritmo de criação da matriz de características

Entrada: linhasMatriz null

Entrada: contador 0

Entrada: contLinhaMatriz0

para cada valor vem matrizDeAcessosComunsfaça

Entrada: arraynull

Entrada: array[′acesso′] v

para cada marcador mem marcadoresSelecionadosfaça

Entrada: dadosbuscaSql(m,v)

para cada dado dem dadosfaça

Entrada: array[contador] d

Entrada: contadorcontador+ 1

fimparacada

fimparacada

Entrada: contador0

Entrada: linhasMatriz[contLinhaMatriz] array

Entrada: contLinhaMatrizcontLinhaMatriz+ 1

fimparacada

retornalinhasMatriz

Bacharelado em Ciência da Computação

algoritmo de cria o da matriz de dist ncia
Algoritmo de Criação da matriz de distância

Entrada: matrizDistancianulo

Entrada: contador 0

para cada linha l da matriz matrizDeCaracteristicasfaça

para cada linha j da matriz matrizDeCaracteristicasfaça

Entrada: a 0

Entrada: b 0

Entrada: c  0

Entrada: d 0

parai de 1 até o tamanho de lfaça

sel[i] =1 e j[i] = 1 entãoaa + 1

sel[i] =1 e j[i] = 0 entãobb + 1

sel[i] =0 e j[i] = 1 entãocc + 1

sel[i] =0 e j[i] = 0 entãodd + 1

fim para

Entrada: matrizDistancia[contador]  a/a + b + c

Entrada: contadorcontador+contador + 1

fim para cada

fim para cada

retornamatrizDistancia

Bacharelado em Ciência da Computação

sum rio4
SUMÁRIO
  • Introdução;
  • Fundamentação teórica;
  • Trabalhos relacionados;
  • O software proposto;
  • Trabalhos futuros;
  • Considerações finais.

Bacharelado em Ciência da Computação

trabalhos futuros
Trabalhos Futuros
  • Criação de dendogramas:
    • Classes já prontas, mas falta a integração com o sistema.
  • Sistema para múltiplos projetos em genética molecular:
    • Possibilita a outros pesquisadores a criação de seus próprios projetos.

Bacharelado em Ciência da Computação

sum rio5
SUMÁRIO
  • Introdução;
  • Fundamentação teórica;
  • Trabalhos relacionados;
  • O software proposto;
  • Trabalhos futuros;
  • Considerações finais.

Bacharelado em Ciência da Computação

considera es finais
Considerações Finais
  • A utilização de recursos computacionais para a realização de certas tarefas torna-se primordial para que pesquisas na área de genética molecular possam fluir com maior rapidez.
  • Implementar software desse tipo requer um conhecimento técnico mais próximo da genética;
  • O ideal é que um profissional especializado dê suporte a implementação.

Bacharelado em Ciência da Computação

uma aplica o web para c lculo de similaridade em acessos de cana de a car1

Uma aplicação web para cálculo de similaridade em acessos de cana-de-açúcar.

Aluno: José Júnior de Oliveira Silva

Orientador: Elthon Alex da Silva Oliveira

Co-orientador: Cícero Carlos de Sousa Almeida