1 / 21

Přehled molekulárně

Přehled molekulárně. biologických technik. Obsah. rozdělení metod využitelnost jednotlivých metod náročnost metod používání metod perspektivy. Obsah. rozdělení metod využitelnost jednotlivých metod náročnost metod používání metod perspektivy. Rozdělení metod.

danae
Download Presentation

Přehled molekulárně

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Přehled molekulárně biologických technik

  2. Obsah • rozdělení metod • využitelnost jednotlivých metod • náročnost metod • používání metod • perspektivy

  3. Obsah • rozdělení metod • využitelnost jednotlivých metod • náročnost metod • používání metod • perspektivy

  4. Rozdělení metod • jednolokusové (sekvenování, SSCP, mikrosatelity, alozymy) • mnoholokusové (DNA hybridizace, imunologické techniky, RFLP, AFLP, RAPD) • poskytující znaková data • poskytující distanční data

  5. Obsah • rozdělení metod • využitelnost jednotlivých metod • náročnost metod • používání metod • perspektivy

  6. Vnitrodruhové studie • mikrosatelity • alozymy • minisatelity • d-loop (mtDNA) • snp

  7. Příbuzné druhy • RFLP totální DNA(repetitivní DNA), např. taxoprinty – odlišení sibling druhů • RAPD • sekvenování mtDNA • sekvenování ITS • AFLP

  8. Vzdálenější druhy • sekvenování úseků jaderné DNA (např. MLST) • SSCP, DGGE • DNA hybridizace • imunologické techniky • inserce transposomů (SINE)

  9. Nejvzdálenější druhy • sekvenování konzervativních genů • DNA hybridizace • studium obsahu genomu • imunologické techniky

  10. Obsah • rozdělení metod • využitelnost jednotlivých metod • náročnost metod • používání metod • perspektivy

  11. Technická a finanční náročnost molekulárně taxonomických metod • vybavení • spotřební materiál • cena za znak • cena za jedince • investice do zavedení metody • investice do zahájení analýzy nového taxonu

  12. Obsah • rozdělení metod • využitelnost jednotlivých metod • náročnost metod • používání metod • perspektivy

  13. Nárůst používání molekulárně taxonomických metod počet článků BADS databáze 1979-1997, název techniky + population genetics, systematics, taxonomy, speciation…)

  14. Relativní využívání jednotlivých technik mezi roky 1979-1997 18% 1% 44% 10% 8% 5% 14%

  15. Relativní využívání jednotlivých technik mezi roky 1979-1997 4% 10,5% 21% 0,8% 33% 16% 7,5% 6%

  16. Změny ve využívání jednotlivých technik mezi roky 1991-2007 Na ose y je vynesen počet článků ve WOS zmiňujících název metody v abstraktu.

  17. Změny v prestiži jednotlivých technik mezi roky 1991-2007 Na ose y je vynesen podíl článků s názvem metody v titulu na celkovém počtu článků zmiňujících metodu v abstraktu.

  18. Změny ve využívání mikrosatelitů a minisatelitů 1987-1997

  19. Obsah • rozdělení metod • využitelnost jednotlivých metod • náročnost metod • používání metod • perspektivy

  20. Perspektivy vývoje molekulární taxonomie • sběr dat • čipy • MLST • ireverzibilní unikátní znaky (SINE) • zpracovávání dat • lepší alignment • vážená pasimonie • WEIGBOR, BIONJ • ML pro proteiny (multiprocesorové počítače) • Camin Sokalova maximální parsimonie a unikátní znaky

  21. Shrnutí • Metody se liší typem informace, kterou nám poskytují • Pro jednotlivé aplikace se hodí jiné typy metod • Používání jednotlivých metod je záležitost historická • Metody se budou dále vyvíjet a je třeba jejich vývoj sledovat

More Related