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iGEM Chiba 2009

iGEM Chiba 2009. E. Coli Time Manager Since 2008. ‘ ０９ CHIBA は流れと精確性のある時間差スイッチをつくる！. ’08Chiba. 他チーム周期時計. ・ 別々の入力であるため、 　同一系内での時間の流れを表現することができない。 ・１通りの時間差しか生み出せていない。. ・周期を系全体であわせるため、シンクロシステムを考える必要がある。 ・ Paris/NYMU/Melbourne 　どの iGEM チームもデバイスができていない。. シンクロシステムが必要ない ’08Chiba タイマーの

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iGEM Chiba 2009

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Presentation Transcript

  1. iGEM Chiba 2009 E. Coli Time Manager Since 2008

  2. ‘０９CHIBAは流れと精確性のある時間差スイッチをつくる！‘０９CHIBAは流れと精確性のある時間差スイッチをつくる！ ’08Chiba 他チーム周期時計 ・別々の入力であるため、 　同一系内での時間の流れを表現することができない。 ・１通りの時間差しか生み出せていない。 ・周期を系全体であわせるため、シンクロシステムを考える必要がある。 ・Paris/NYMU/Melbourne　どのiGEMチームもデバイスができていない。 シンクロシステムが必要ない’08Chibaタイマーの 計れる時間の種類・正確性を増すことができれば、周期時計を使わなくとも時間の流れを表現できる！

  3. 時限装置の集合で流れを作る 並列型 直列型

  4. 並列・直列の精確性面の特徴 並列型 直列型 ・順番を追い越す。 ・入力が全てのスイッチに入らなければ、全てのスイッチが動くということはない。 ・初めの入力で全てのスイッチを起動することができれば、出力の時間間隔は一定の時間を保つ事ができる。 ・逆に初めの入力で全てのスイッチを起動できなかった場合、出力の時間感覚は一定の値を保つことができない。 ・順番を追い越さない ・１部分に入力が入ることで全てのスイッチが連動する。 ・全てのスイッチを初めに起動させる必要がないので、出力の時間間隔が、最初の入力によって左右されることがない。

  5. ◎→ Σ①！ ◎→Σ②！ 並列型：LuxR Mutant Σ①！ ◎→ pTet-LuxR pLux-GFP Σ②！ pLac-LuxI pTet-LuxR pLux-GFP

  6. ◎→ Σ①！ ◎→Σ②！ ↑ 並列型：Mutant parts 作成 Wild type よりも30分以上蛍光強度上昇の様子が早まったor遅れたモノだけ PCRでbiobrick仕様の制限酵素サイトをつけ、p15Aのプラスミドにのせる。 P15A LuxR mutant

  7. ◎→Σ①！→Σ②！ 直列型：Lux-Lasカスケード Σ①！→ Σ②！ ◎→ pTet-LuxR pLux-LasI-RFP pTet-LasR pLas-GFP pLac-LuxI

  8. ◎→Σ①！→Σ ②！ ↑ 直列型：LasCheck 昨年度動作を確認していないLasのCheckをします。 K091118: 千葉にあります Plac LasI K091118 : 注文中です LasR plas GFP

  9. ◎→Σ①！→Σ②！ 直列型： パーツ作成実験 ◎ : LuxI(Sender) BBa_K084012 を使用。 plac LuxI ① :LuxR(Receiver ) + Reporter + LasI(Sender) 作成が必要。 ptet LuxR plux GFP LasI ②: LasR(Receiver) + Reporter 作成が必要。 ptet LasR plas GFP LasI

  10. ◎→Σ①！→ Σ②！ ↑ 直列型：パーツ① LuxR-pLux-RFP-LasI 初号機 :LuxR(Receiver ) + Reporter + LasI(Sender) ptet LuxR plux RFP LasI I731012 : 注文中です ptet LuxR plux RFP C0178 LasI 1, T9002からPCRでターミネーターを取り除く。（Reverseプライマーデザイン必要） 2, C00178を作成して完成

  11. ◎→Σ①！→Σ②！ ↑ 直列型：パーツ②LasR-pLas-GFP 弐号機 : LasR(Receiver) + Reporter ptet LasR plas GFP R0040 pTet K091118 : 注文中です LasR plas GFP 1, R0040をつなげる。

  12. ほしいデータデモンストレーション • 野澤＆山本がホワイトボードで説明します。

  13. 優先順位 1, LuxR Mutant 選別/データーとり 1, LasI-LasR稼働実験 3, MutantのBiobrick化/データとり 4, デモンストレーション用データとり 4, 直列型作成

  14. 各種〆切日 09/18 ・Jamboree attendance fee due ・Request for variance due ・Track selection due ・Project abstracts due ・Team rosters due 10/21 ・Project and part documentation due ・BioBrick Part DNA needs to be received ・Judging form due ・Wiki FREEZE

  15. 具体的なスケジュール 画面切り替えます

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