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  1. 50 60 70 80 90 100 50 60 70 80 90 100 Representative strain Cluster (number of strains) CCBAU 45026 3 (29) CCBAU 61180 2 (4) CCBAU 33064 2 (6) CCBAU 61189 2 (2) CCBAU 05106 6 (1) CCBAU 05043 6 (2) CCBAU 05182 6 (1) CCBAU 61196 9 (2) CCBAU 05036 1 (9) CCBAU 05053 5 (8) CCBAU 25091 4 (7) CCBAU 2609T 4 (1) CCBAU 41216 7 (17) CCBAU 45079 8 (3) Supplementary Fig. A.

  2. Similarity (%) 100 60 55 80 50 65 70 75 85 90 95 Strain Species of host (bacterium) Phenon L. cuneata CCBAU 61192 CCBAU 61194 L. cuneata CCBAU 61193 L. cuneata CCBAU 61201 L. cuneata 1 B. japonicum L. virgata CCBAU 61183 USDA 6T (B. japonicum) CCBAU 05036 L. davurica CCBAU 05038 L. inschanica L. cuneata CCBAU 61200 CCBAU 61180 L. virgata USDA 76T 2 B. elkanii (B. elkanii) L. virgata CCBAU 61184 CCBAU 61189 L. virgata L. cuneata CCBAU 61196 CCBAU 10071T (B. yuanmingense) CCBAU 61191 L. virgata CCBAU 45028 L. virgata CCBAU 45091 L. virgata L. cuneata CCBAU 45217 L. davurica CCBAU 45196 L. davurica CCBAU 45207 CCBAU 45099 L. inschanica 3 M. amorphae L. davurica CCBAU 45142 CCBAU 45150 L. virgata CCBAU 45224 L. davurica CCBAU 45225 L. virgata L. inschanica CCBAU 45122 CCBAU 45139 L. virgata CCBAU 25161 L. virgata ACCC 19665T (M. amorphae) CCBAU 25006 L. virgata (M. huakuii) CCBAU 2609T CCBAU 25056 L. inschanica 4 M. huakuii L. davurica CCBAU 25091 CCBAU 25053 L. davurica CCBAU 65129 L. cuneata CCBAU 65133 L. cuneata CCBAU 65130 L. cuneata CCBAU 65132 L. cuneata 5 S. meliloti L. davurica CCBAU 05188 L. cuneata CCBAU 65135 L. davurica CCBAU 05053 USDA 1002T (S. meliloti) L. inschanica CCBAU 05106 CCBAU 05182 L. davurica 6 Rhizobium sp. L. davurica CCBAU 05043 CCBAU 05145 L. davurica CCBAU 61370 CCBAU 45129 L. cuneata L. davurica Supplementary Fig. B