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Modèle de détection de QTL LD/LDLA prenant en compte des haplotypes d’origines différentes

Modèle de détection de QTL LD/LDLA prenant en compte des haplotypes d’origines différentes. C. Moreno, O. Filangi , H. Gilbert, A. Legarra , P. Le Roy, J.M. Elsen. Pourquoi?.

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Modèle de détection de QTL LD/LDLA prenant en compte des haplotypes d’origines différentes

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  1. Modèle de détection de QTL LD/LDLA prenant en compte des haplotypes d’origines différentes C. Moreno, O. Filangi, H. Gilbert, A. Legarra, P. Le Roy, J.M. Elsen

  2. Pourquoi? • Lorsqu’on considère des croisements entre races, un même haplotype par état peut avoir une histoire DL différente entre les races • Exemple: INRA401  pas de sélection sur la résistance au parasitisme BB  sélection naturelle (lente) pour la résistance au parasitisme (milieu tropical) Les haplotypes de résistance/sensibilité sont-ils les mêmes quelque soit la race malgré leur histoire différente?

  3. L’idée de base • Prendre en compte l’origine raciale de l’haplotype si elle est connue pour différentier un même haplotype IBS venant de races différentes.

  4. Modèle • Utilisation du modèle Legarra and Fernando (2009) modifié et programmé dans QTLMAP par Elsen : • Definition des haplotypes courts IBS (max 5 marqueurs k=1,nh) présents chez les parents ayant chacun un effet haplo(k) • 2 MODELES DISPONIBLES dans QTLmap: • LD: estimation des effets haplo(k) après avoir déterminé la transmission des haplo parentaux chez les descendants • LDLA: Y= estimation simultanée des effets haplos (IBS) et de l’effet QTL (LA: effet QTL pere et/ou mere estimé conditionellement à la transmission entre parent et des )

  5. Modification de QTLMAP • Pré requis 1: Implémentation des races pour les individus de races pures (parents ou grands parents) en entrée • Pré requis 2: Génotypages des ancêtres de race pure pour les parents issus de croisement • Le vecteur contenant les haplotypes parentaux IBS  haplotypes différents et haplotypes identiques et issus de races différentes • Création d’un vecteur race de l’haplotype

  6. Comment indiquer à QTLMAP un modèle LD race? • Prérequis : • Donner des parents ou grands parents de races pures • Connaitre le génotype d’au moins l’un des grands parents • Donner le nom du fichier origine des populations dans le fichier paramètre: in_pop= breed_file Pedigree file 922961 911287 902206 1 944547 924758 911714 1 944985 922961 915321 1944985 922961 915321 2 961924 922961 944547 2 961925 922961 944547 2 961926 922961 944547 2 963187 922961 944985 2 963188 922961 944985 2 963189 922961 944985 2 963190 922961 944985 2 Population file 911287 1 902206 2 924758 1 911714 2 922961 1 915321 2 Ne peut être utilisé qu’avec les méthodes LD/LDLA

  7. Quelles sorties peut-on avoir? • Haplotypes effects • AAAA(race=2, freq=0.14) yes 0.606 0.338 • GAAA(race=2, freq=0.03) yes 1.262 0.376 • AGAA(race=2, freq=0.18) yes 0.921 0.335 • GGAA(race=2, freq=0.03) yes 0.251 0.386 • AAGA(race=2, freq=0.02) yes 0.980 0.455 • GAGA(race=2, freq=0.10) yes 0.423 0.338 • AGGA(race=2, freq=0.03) yes 0.579 0.392 • GGGA(race=2, freq=0.01) yes 1.151 0.467 • AAAT(race=2, freq=0.05) yes 0.309 0.370 • GAAT(race=2, freq=0.01) yes -0.420 0.458 • AAGT(race=2, freq=0.15) yes 1.172 0.335 • GAGT(race=2, freq=0.22) yes 0.420 0.330 • AGGT(race=2, freq=0.03) yes 0.935 0.371 • AAAA(race=1, freq=0.50) yes 1.232 0.362 • GAAA(race=1, freq=0.25) yes -0.978 0.385 • AGAA(race=1, freq=0.25) yes 0.987 0.468

  8. Quelles applications concrètes? • Des croisements: F2 ou BC • Des mélanges de races • On peut aussi détourner le modèle pour regarder des effets haplotypiques venant de : • sexes différents, • d’environnements différents…

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